24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 892  |  回复: 20
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】吸附的分子又分解了,而且还不收敛,郁闷了,到底哪里错了

输入文件
NumberOfAtoms   33

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
        1       79      Au
        2       1       H
        3       6       C
        4       7       N
        5       8       O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType           split
PAO.BasisSize SZ
PAO.EnergyShift 200 meV

LatticeConstant   8.6514 Ang

%block Latticeparameters
       1  1  3.128   90. 90. 120.
%endblock

AtomicCoordinatesFormat Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.00000000    0.00000000    2.35460760 1
  1.44189679    0.83247950    0.00000000 1
  2.88379359    0.00000000    2.35460760 1
  4.32569038    0.83247950    0.00000000 1
  5.76758717    0.00000000    2.35460760 1
  7.20948396    0.83247950    0.00000000 1
-1.44189679    2.49743850    2.35460760 1
  0.00000000    3.32991801    0.00000000 1
  1.44189679    2.49743850    2.35460760 1
  2.88379359    3.32991801    0.00000000 1
  4.32569038    2.49743850    2.35460760 1
  5.76758717    3.32991801    0.00000000 1
-2.88379359    4.99487701    2.35460760 1
-1.44189679    5.82735651    0.00000000 1
  0.00000000    4.99487701    2.35460760 1
  1.44189679    5.82735651    0.00000000 1
  2.88379359    4.99487701    2.35460760 1
  4.32569038    5.82735651    0.00000000 1
  1.79669955    2.39693886    4.45247644 3
  1.97925927    2.34181771    5.59667128 4
  3.46881163    2.27267535    7.62901694 3
  4.32556961    2.32798369    6.97379283 2
  3.65112312    2.20500939    9.01545892 3
  4.64846405    2.20797205    9.42973770 2
  2.54058155    2.13331871    9.86487387 3
  1.24763727    2.12943163    9.32779258 3
  0.39087933    2.07412329    9.98301668 2
  1.06534096    2.19719237    7.94137912 3
  0.06798500    2.19413491    7.52707179 2
  2.17597398    2.26874631    7.09201869 3
  2.73715882    2.06026474   11.36024020 4
  1.77718841    1.99830441   12.09429137 5
  3.85452871    2.06370875   11.82451839 5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block GeometryConstraints
position 1
position  4
position  6
position  8
position  10
position  12
position  14
position  16
position  18
%endblock GeometryConstraints
kgrid_cutoff           30 Ang
%block kgrid_Monkhorst_pack
5 0 0 0.0
0 5 0 0.0
0 0 1 0.0
%endblock

XC.functional   GGA
XC.authors      PBE

MeshCutoff              450 Ry
MaxSCFIterations        150
DM.NumberPulay 8
DM.NumberKick           15
DM.MixingWeight      0.001
DM.tolerance       5.d-5
SolutionMethod  diagon
ElectronicTemperature 100 K
MD.TypeOfRun            CG
MD.NumCGsteps     800
MD.MaxCGDispl           0.1 Ang
MD.MaxForceTol  0.003 eV/Ang
PAO.energy shift 50 meV
DM.AllowReuse              .true. # .true. is default
DM.AllowExtrapolation      .false. # .true. is default
DM.UseSaveDM               .false. # .false. is default
MD.UseSaveXV               .false.      # .false. is default

WriteCoorStep           .true.
WriteForces             .true.
WriteCoorXmol           .true.
WriteMDXmol             .true.


输出结构如下
  79     0.000000     0.000000     2.354608
  79     1.477225     0.843030    -0.278061
  79     2.896309    -0.025734     2.733369
  79     4.325690     0.832480     0.000000
  79     5.766163    -0.004577     2.765347
  79     7.209484     0.832480     0.000000
  79    -1.494599     2.500183     2.745271
  79     0.000000     3.329918     0.000000
  79     1.311405     2.540214     2.241525
  79     2.883794     3.329918     0.000000
  79     4.368079     2.492884     2.746128
  79     5.767587     3.329918     0.000000
  79    -2.885823     4.999363     2.762316
  79    -1.441897     5.827357     0.000000
  79    -0.018963     5.041639     2.738072
  79     1.441897     5.827357     0.000000
  79     2.902356     5.043507     2.739694
  79     4.325690     5.827357     0.000000
   6     1.883956     2.365830     4.387311
   7     1.945563     2.347358     5.485790
   6     3.612296     2.278235     7.604465
   1     4.584955     2.348022     6.731806
   6     3.828853     2.211916     8.967603
   1     4.907387     2.203624     9.650012
   6     2.546443     2.134439     9.859743
   6     1.100608     2.124144     9.353928
   1     0.182998     2.057351    10.210496
   6     0.908787     2.191538     7.968062
   1    -0.207907     2.193948     7.409203
   6     2.172007     2.269452     7.078789
   7     2.724494     2.049535    11.577601
   8     1.456706     1.981410    12.252734
   8     4.204885     2.069137    11.891022
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)


ice_rain(金币+1):xiexie~ 1-27 18:28
分子构型没错的话,根据化学直觉,你这个分子吸附的时候应该平躺在表面,就是六元环和表面平行,而且O原子和表面形成化学键的可能性比较大
10楼2010-01-27 16:02:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 21 个回答

chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.

★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+2):xiexie 1-25 09:05
minmin_0082003(金币+2):可能不是这个原因,这个东西已经有人做过,我只是重复一下而已 1-25 13:02
分解就分解呗
说明这个分子就不能以分子形式吸附上。
那这样的话,你已一个分子形式吸附,初始构型和基态构型之间差别较大,收敛不了也就正常,你把它打开成原子试试。
快乐科研,快乐生活。
2楼2010-01-25 08:41:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyb99

金虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+3):谢谢 1-25 10:54
minmin_0082003(金币+5):谢谢,我改了,看看结果如何,不过用SZ也只是希望计算的快一点 1-25 13:03
粗略看了一下,有两个问题

PAO.BasisSize      SZ
SZ的计算结果基本不可信,还是换成缺省的DZP

MD.MaxForceTol  0.003 eV/Ang
这个收敛精度太高了,一般设在 0.01 ~ 0.05 eV/Ang
3楼2010-01-25 10:41:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)

你的输入构型不对。。。。
4楼2010-01-25 23:17:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见