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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】吸附的分子又分解了，而且还不收敛，郁闷了，到底哪里错了
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】吸附的分子又分解了，而且还不收敛，郁闷了，到底哪里错了

输入文件
NumberOfAtoms   33

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
        1       79      Au
        2       1       H
        3       6       C
        4       7       N
        5       8       O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType           split
PAO.BasisSize SZ
PAO.EnergyShift 200 meV

LatticeConstant   8.6514 Ang

%block Latticeparameters
       1  1  3.128   90. 90. 120.
%endblock

AtomicCoordinatesFormat Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.00000000    0.00000000    2.35460760 1
  1.44189679    0.83247950    0.00000000 1
  2.88379359    0.00000000    2.35460760 1
  4.32569038    0.83247950    0.00000000 1
  5.76758717    0.00000000    2.35460760 1
  7.20948396    0.83247950    0.00000000 1
-1.44189679    2.49743850    2.35460760 1
  0.00000000    3.32991801    0.00000000 1
  1.44189679    2.49743850    2.35460760 1
  2.88379359    3.32991801    0.00000000 1
  4.32569038    2.49743850    2.35460760 1
  5.76758717    3.32991801    0.00000000 1
-2.88379359    4.99487701    2.35460760 1
-1.44189679    5.82735651    0.00000000 1
  0.00000000    4.99487701    2.35460760 1
  1.44189679    5.82735651    0.00000000 1
  2.88379359    4.99487701    2.35460760 1
  4.32569038    5.82735651    0.00000000 1
  1.79669955    2.39693886    4.45247644 3
  1.97925927    2.34181771    5.59667128 4
  3.46881163    2.27267535    7.62901694 3
  4.32556961    2.32798369    6.97379283 2
  3.65112312    2.20500939    9.01545892 3
  4.64846405    2.20797205    9.42973770 2
  2.54058155    2.13331871    9.86487387 3
  1.24763727    2.12943163    9.32779258 3
  0.39087933    2.07412329    9.98301668 2
  1.06534096    2.19719237    7.94137912 3
  0.06798500    2.19413491    7.52707179 2
  2.17597398    2.26874631    7.09201869 3
  2.73715882    2.06026474   11.36024020 4
  1.77718841    1.99830441   12.09429137 5
  3.85452871    2.06370875   11.82451839 5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block GeometryConstraints
position 1
position  4
position  6
position  8
position  10
position  12
position  14
position  16
position  18
%endblock GeometryConstraints
kgrid_cutoff           30 Ang
%block kgrid_Monkhorst_pack
5 0 0 0.0
0 5 0 0.0
0 0 1 0.0
%endblock

XC.functional   GGA
XC.authors      PBE

MeshCutoff              450 Ry
MaxSCFIterations        150
DM.NumberPulay 8
DM.NumberKick           15
DM.MixingWeight      0.001
DM.tolerance       5.d-5
SolutionMethod  diagon
ElectronicTemperature 100 K
MD.TypeOfRun            CG
MD.NumCGsteps     800
MD.MaxCGDispl           0.1 Ang
MD.MaxForceTol  0.003 eV/Ang
PAO.energy shift 50 meV
DM.AllowReuse              .true. # .true. is default
DM.AllowExtrapolation      .false. # .true. is default
DM.UseSaveDM               .false. # .false. is default
MD.UseSaveXV               .false.      # .false. is default

WriteCoorStep           .true.
WriteForces             .true.
WriteCoorXmol           .true.
WriteMDXmol             .true.


输出结构如下
  79     0.000000     0.000000     2.354608
  79     1.477225     0.843030    -0.278061
  79     2.896309    -0.025734     2.733369
  79     4.325690     0.832480     0.000000
  79     5.766163    -0.004577     2.765347
  79     7.209484     0.832480     0.000000
  79    -1.494599     2.500183     2.745271
  79     0.000000     3.329918     0.000000
  79     1.311405     2.540214     2.241525
  79     2.883794     3.329918     0.000000
  79     4.368079     2.492884     2.746128
  79     5.767587     3.329918     0.000000
  79    -2.885823     4.999363     2.762316
  79    -1.441897     5.827357     0.000000
  79    -0.018963     5.041639     2.738072
  79     1.441897     5.827357     0.000000
  79     2.902356     5.043507     2.739694
  79     4.325690     5.827357     0.000000
   6     1.883956     2.365830     4.387311
   7     1.945563     2.347358     5.485790
   6     3.612296     2.278235     7.604465
   1     4.584955     2.348022     6.731806
   6     3.828853     2.211916     8.967603
   1     4.907387     2.203624     9.650012
   6     2.546443     2.134439     9.859743
   6     1.100608     2.124144     9.353928
   1     0.182998     2.057351    10.210496
   6     0.908787     2.191538     7.968062
   1    -0.207907     2.193948     7.409203
   6     2.172007     2.269452     7.078789
   7     2.724494     2.049535    11.577601
   8     1.456706     1.981410    12.252734
   8     4.204885     2.069137    11.891022
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1楼2010-01-22 12:26:35
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
请问可以详细一点吗？哪里不对？
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-25 23:17:22:
你的输入构型不对。。。。

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5楼2010-01-26 09:14:10
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-26 21:28:05:
另外你的这个分子构型也很奇怪。。
你确定是 CN-C6H4-NO2 这样一个分子么？

非常感谢，但是我用xcrysden查看的时候挺正常的...........
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8楼2010-01-27 10:30:47
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-27 16:02:02:
分子构型没错的话，根据化学直觉，你这个分子吸附的时候应该平躺在表面，就是六元环和表面平行，而且O原子和表面形成化学键的可能性比较大

这个我没试过，这个已经有人做过了，的确是竖着的。我只是修改了一下对位的取代基...
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12楼2010-01-28 09:30:05
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-27 16:08:03:
给你简单生成了个VASP的POSCAR格式的坐标，你可以稍微改下。另外你这个分子比较大，3×3的表面可能有点小，lateral interaction 影响会比较大。
Au C N C H C H C H C H C N O
   1.000000000000000
   7.492 ...

非常感谢你，但是有点看不懂，我试试用4X4的做做看看。
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13楼2010-01-28 09:31:22
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-27 16:08:03:
给你简单生成了个VASP的POSCAR格式的坐标，你可以稍微改下。另外你这个分子比较大，3×3的表面可能有点小，lateral interaction 影响会比较大。
Au C N C H C H C H C H C N O
   1.000000000000000
   7.492 ...

Hi，请问，建立MS的时候会出现类似的一行
PBC 5.7676  2.8838   17.3576   90    90   120（P1）
该如何转换成lattice vector的形式呢？
我转换成
Lattice constant 2.8838 ang
Latticeparameters 2 1 6 90 90 120
前面有人回帖说可能是这个的错误。转换成vector会比较好？
请问该如何转换呢？不胜感激
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14楼2010-01-28 09:43:02
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hyb99 at 2010-01-27 10:45:43:
这个问题有可能是晶格矢量的设置问题

我看你在输入文件中是用Latticeparameters，siesta会根据6个参数自动生成晶格，但是这个晶格可能与你想要的晶格不一样（有旋转）。这种情况下最好要用内坐标，这样不会搞错 ...

Hi，请问，建立MS的时候会出现类似的一行
PBC 5.7676  2.8838   17.3576   90    90   120（P1）
该如何转换成lattice vector的形式呢？
我转换成
Lattice constant 2.8838 ang
Latticeparameters 2 1 6 90 90 120

请问该如何转换成vector呢？不胜感激
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15楼2010-01-28 10:48:02
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hyb99 at 2010-01-28 11:38:29:


有两个方法

1）你在ms中导出坐标是用res格式，这是一种内坐标。 然后在siesta里面
把AtomicCoordinatesFormat设成ScaledByLatticeVectors就行了。

2）你可以在ms中选中晶格，然后在属性栏里面的最底下 ...

谢谢你了，这两个法子我都用不了，我没有MS。额。用的话会被罚款18，000，000日元......
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17楼2010-01-28 12:45:56
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-28 14:55:21:

   1.000000000000000
   7.492315513494470  -4.325690378569650   0.000000000000001
   0.000000000000000   8.651380757139290   0.000000000000000
  -0.000000000000000   0.000000000000000  14.35 ...

额，我查看了我的输出文件，发现 晶矢竟然是
outcell: Unit cell vectors (Ang):
        8.651400    0.000000    0.000000
       -4.325700    7.492332    0.000000
        0.000000    0.000000   27.061579
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20楼2010-01-28 18:05:18
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-01-28 14:55:21:

   1.000000000000000
   7.492315513494470  -4.325690378569650   0.000000000000001
   0.000000000000000   8.651380757139290   0.000000000000000
  -0.000000000000000   0.000000000000000  14.35 ...

很感谢你，但是除了用MS跟VASP，还有其他办法确定晶矢吗，这两种对我来说实施性不强....
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21楼2010-01-28 18:12:33
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