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舞影脚

金虫 (职业作家)

应助: 0 (幼儿园)
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专业: 流弦术

[交流] 【求助/交流】求助nifH基因序列提交问题

初次做实验，也没人教，自己一个人弄，结果几次了，人家都说有点问题，但我又没搞清楚他到底要我杂子，我到底应该怎么做？望明理人帮我看看呢，他在第一次来信中提到：We are currently processing your GenBank record GU338701-GU338708 and have come across an issue that requires your attention.

Upon doing a BLAST similarity search of your sequence GU338708, we noticed that there may be a reading frame shift in the translation of the nifH gene around nt1-25, relative to similar proteins. Please confirm the sequence and translation of your submission so that we can continue to process your record.

Please send this information to: gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

Appended for your reference is the GenBank flatfile with the
information we have currently and the relevant BLAST results.
他在第二次来信中说到：However BLAST similarity search results suggest possible frameshifts in the beginning of sequence in GU338708.

Please verify whether the nucleotide sequences and the corresponding features are correct. If the sequences are incorrect, please send us the corrected sequence. If the sequences in your submission are correct, then please send the correct features.

Send this information to: gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov
然后，这个是我的GU3380708，CCCGGTACTGCATTCAGGACAGACACCGTCATGGAGATGGCCGCATCCGCCGGCTCGGTGGAAGACCTCGAGCTGGAAGA
CGTGCTGCAGATCGGCTACGGCGGCGTCAAGTGCGTCGAGTCCGGCGGTCCTGAGCCGGGCGTCGGCTGCGCCGGCCGCG
GCGTGATCACCGCGATCAACTTCCTGGAAGAGGAAGGCGCCTACAGCGACGACCTGGACTTCGTGTTCTACGACGTGCTG
GGCGACGTGGTGTGCGGCGGCTTCGCCATGCCGATCCGCGAGAACAAGGCCCAGGAAATCTACATCGTCAAT
期待有人能帮哈我

P.S.这是帮朋友问的，谢谢大家^_^

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满月凌空，魅弦飘洒。

1楼 2010-01-21 20:25:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jsz001

木虫 (职业作家)

夜猫族之木虫孤魂...

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★ ★
舞影脚(金币+2,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢~ 1-22 13:16

引用回帖:

Originally posted by 星级迪拜 at 2010-1-21 22:05:

其它怎么提交啊，这些都没问题了，现在是他说这个序列可能是我发错了，或者是载体污染，但我确信没发错，载体污染可能性也应该不大撒。我去比对了，也能比对出相似性很高的固氮基因。现在他让我确认序列并发送相 ...

你可以参考http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1582559 里面对照一下你自己填写的地方有没有不妥的地方

对你所投序列所属物种分类（拉丁名）要有所了解，这通常是出错的地方

[ Last edited by jsz001 on 2010-1-21 at 22:40 ]