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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助nifH基因序列提交问题
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舞影脚

金虫 (职业作家)

[交流] 【求助/交流】求助nifH基因序列提交问题

初次做实验，也没人教，自己一个人弄，结果几次了，人家都说有点问题，但我又没搞清楚他到底要我杂子，我到底应该怎么做？望明理人帮我看看呢，他在第一次来信中提到：We are currently processing your GenBank record GU338701-GU338708 and have come across an issue that requires your attention.

Upon doing a BLAST similarity search of your sequence GU338708, we noticed that there may be a reading frame shift in the translation of the nifH gene around nt1-25, relative to similar proteins.  Please confirm the sequence and translation of your submission so that we can continue to process your record.

Please send this information to:  gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

Appended for your reference is the GenBank flatfile with the
information we have currently and the relevant BLAST results.
他在第二次来信中说到：However BLAST similarity search results suggest possible frameshifts in the beginning of sequence in GU338708.

Please verify whether the nucleotide sequences and the corresponding features are correct. If the sequences are incorrect, please send us the corrected sequence. If the sequences in your submission are correct, then please send the correct features.

Send this information to: gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov
然后，这个是我的GU3380708，CCCGGTACTGCATTCAGGACAGACACCGTCATGGAGATGGCCGCATCCGCCGGCTCGGTGGAAGACCTCGAGCTGGAAGA
CGTGCTGCAGATCGGCTACGGCGGCGTCAAGTGCGTCGAGTCCGGCGGTCCTGAGCCGGGCGTCGGCTGCGCCGGCCGCG
GCGTGATCACCGCGATCAACTTCCTGGAAGAGGAAGGCGCCTACAGCGACGACCTGGACTTCGTGTTCTACGACGTGCTG
GGCGACGTGGTGTGCGGCGGCTTCGCCATGCCGATCCGCGAGAACAAGGCCCAGGAAATCTACATCGTCAAT
期待有人能帮哈我

P.S.这是帮朋友问的，谢谢大家^_^
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满月凌空，魅弦飘洒。
1楼 2010-01-21 20:25:45
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pengyao627

捐助贵宾 (文坛精英)

忽忽家族之忽忽然
★
舞影脚(金币+1,VIP+0):谢谢帮顶，谢谢群转发，啵~ 1-21 22:21
同问  帮顶了  
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其实 哥也有淡淡的腮红
2楼2010-01-21 20:42:42
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ynu88

至尊木虫 (文坛精英)

真聪
看晕了
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3楼2010-01-21 20:55:33
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sandy_too

木虫 (著名写手)

忽忽家族之忽忽猪
★
舞影脚(金币+1,VIP+0):嘿嘿嘿，谢谢猪mm帮顶~ 1-21 22:21
我也晕了……
虽然我的课题和DNA有关……
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岁月就象一条河，左岸是无法忘却的回忆，右岸是值得把握的青春年华，中间飞快流淌的，是年轻隐隐的伤感。世间有许多美好的东西，但真正属于自己的却并不多。看
4楼2010-01-21 21:15:21
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美目盼兮
5楼2010-01-21 21:16:09
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jsz001

木虫 (职业作家)

夜猫族之木虫孤魂...
★
舞影脚(金币+1,VIP+0):O(∩_∩)O谢谢~ 1-21 22:20
你提交的序列与你给出的属性之类的不匹配

[ Last edited by jsz001 on 2010-1-21 at 21:36 ]
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我的博客我的家http://94086389.qzone.qq.com人生必做的两件事是活着与死亡;当不必面对死亡的时候,就要好好的活着.而好好活就是要做很多有意义的事
6楼2010-01-21 21:22:04
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)
★
舞影脚(金币+1,VIP+0):谢谢pam～ 1-21 22:17
你应该首先学习一下BLAST的用法
你应该选取你的基因序列的种属
而且选择高度相似性
然后选择要比对的序列的单位基因数目
然后再进行比对
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7楼2010-01-21 21:33:54
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舞影脚

金虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by jsz001 at 2010-1-21 21:22:
你提交的序列与你给出的属性之类的不匹配

哦，那怎么办呢？
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满月凌空，魅弦飘洒。
8楼2010-01-21 21:34:05
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molecula

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
舞影脚(金币+2,VIP+0):谢谢，顺风哈^_^ 1-21 22:20
如果你想要详细的知道方法
就加我的QQ：sdausym
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2010-01-21 21:34:19
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爱猫的老鼠

铁虫 (小有名气)
★
舞影脚(金币+1,VIP+0):谢谢^_^ 1-21 22:19
比对的说，多看看文章吧，你希望什么结果，多找些序列自己好好学习一下，做多了就懂了的
赞一下(2人) 回复此楼
年龄不是问题，身高不是距离，老鼠是可以爱猫的
10楼2010-01-21 21:36:14
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