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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】ATK中两边电极能用不同材料做吗？
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panjinbo87

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ATK中两边电极能用不同材料做吗？

请问各位大虾：在ATK中，两边电极能采用不同材料制成吗？例如左边金电极，右边铝电极。我本想先通过MS试试再输入到ATK中，但感觉挺麻烦的，而且我MS懂得也不多。希望有经验的高手不吝赐教。
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1楼 2010-01-18 21:19:01
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coco505

银虫 (小有名气)
★
zxzj05(金币+1):谢谢回帖交流 2010-03-09 21:27
【求助】ATK中两边电极能用不同材料做吗？
在回答第一个问题吧 可以用不同材料做
二楼说照着改就可以 但是要要注意你选的第二种材料所有的参数是不一样的啊 都要改哦 包括electrode_cell
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5楼2010-03-09 10:44:18
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-19 17:45
在atk的input文件中输入两个电极原子坐标肯定是可以实现两个不同电极的的。早期版本vnl图形界面窗口只能建立同样电极，不知道新版本有没有解决这个问题，但至少在输入文件以及结构文件中可以自己编辑。
PS: 这个输入文件的格式很很容易看懂，可以先建立个相同电极的输入文件，打开之后,找到描述电极原子坐标的部分，照着改就可以了。

[ Last edited by acridine on 2010-1-19 at 00:41 ]
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2楼2010-01-19 00:37:06
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panjinbo87

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2010/1/19 00:37:
在atk的input文件中输入两个电极原子坐标肯定是可以实现两个不同电极的的。早期版本vnl图形界面窗口只能建立同样电极，不知道新版本有没有解决这个问题，但至少在输入文件以及结构文件中可以自己编辑。
PS: 这个 ...

from ATK.TwoProbe import *
# Scattering elements and coordinates
scattering_elements = [Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold,
                       Gold, Gold, Gold, Gold]
scattering_coordinates = [[  0.00000000e+00,   0.00000000e+00,   7.06330299e+00],
                          [ -1.44179070e+00,   2.49725485e+00,   7.06330299e+00],
                          [ -2.88358140e+00,   4.99450970e+00,   7.06330299e+00],
                          [  2.88358140e+00,   0.00000000e+00,   7.06330299e+00],
                          [  1.44179070e+00,   2.49725485e+00,   7.06330299e+00],
                          [  0.00000000e+00,   4.99450970e+00,   7.06330299e+00],
                          [  5.76716280e+00,   0.00000000e+00,   7.06330299e+00],
                          [  4.32537222e+00,   2.49725485e+00,   7.06330299e+00],
                          [  2.88358140e+00,   4.99450970e+00,   7.06330299e+00],
                          [ -2.88358140e+00,   6.65934610e+00,   9.41773796e+00],
                          [  0.00000000e+00,   1.66483653e+00,   9.41773796e+00],
                          [ -1.44179070e+00,   4.16209126e+00,   9.41773796e+00],
                          [  1.33226763e-15,   6.65934610e+00,   9.41773796e+00],
                          [  2.88358140e+00,   1.66483653e+00,   9.41773796e+00],
                          [  1.44179070e+00,   4.16209126e+00,   9.41773796e+00],
                          [  2.88358140e+00,   6.65934610e+00,   9.41773796e+00],
                          [  5.76716280e+00,   1.66483653e+00,   9.41773796e+00],
                          [  4.32537222e+00,   4.16209126e+00,   9.41773796e+00],
                          [ -2.88358140e+00,   6.65934610e+00,   1.94177389e+01],
                          [  0.00000000e+00,   1.66483653e+00,   1.94177389e+01],
                          [ -1.44179070e+00,   4.16209126e+00,   1.94177389e+01],
                          [  1.33226763e-15,   6.65934610e+00,   1.94177389e+01],
                          [  2.88358140e+00,   1.66483653e+00,   1.94177389e+01],
                          [  1.44179070e+00,   4.16209126e+00,   1.94177389e+01],
                          [  2.88358140e+00,   6.65934610e+00,   1.94177389e+01],
                          [  5.76716280e+00,   1.66483653e+00,   1.94177389e+01],
                          [  4.32537222e+00,   4.16209126e+00,   1.94177389e+01],
                          [ -1.44179070e+00,   5.82692766e+00,   2.17721732e+01],
                          [  1.44179070e+00,   8.32418263e-01,   2.17721732e+01],
                          [  0.00000000e+00,   3.32967305e+00,   2.17721732e+01],
                          [  1.44179070e+00,   5.82692766e+00,   2.17721732e+01],
                          [  4.32537222e+00,   8.32418263e-01,   2.17721732e+01],
                          [  2.88358140e+00,   3.32967305e+00,   2.17721732e+01],
                          [  4.32537222e+00,   5.82692766e+00,   2.17721732e+01],
                          [  7.20895386e+00,   8.32418263e-01,   2.17721732e+01],
                          [  5.76716280e+00,   3.32967305e+00,   2.17721732e+01]]*Angstrom
        

electrode_elements = [Gold, Gold, Gold]
electrode_coordinates = [[  0.00000000e+00,   0.00000000e+00,   0.00000000e+00],
                         [  1.11022302e-16,   1.66483653e+00,   2.35443440e+00],
                         [  1.44179073e+00,   8.32418264e-01,   4.70886880e+00]]*Angstrom

electrode_cell = [[ 2.88358145,  0.        ,  0.        ],
                  [-1.44179073,  2.49725479,  0.        ],
                  [ 0.        ,  0.        ,  7.06330319]]*Angstrom

# Set up electrodes
electrode_configuration = PeriodicAtomConfiguration(
    electrode_cell,
    electrode_elements,
    electrode_coordinates
    )

# Set up two-probe configuration
twoprobe_configuration = TwoProbeConfiguration(
    (electrode_configuration,electrode_configuration),
    scattering_elements,
    scattering_coordinates,
    electrode_repetitions=[[3,3],[3,3]],
    equivalent_atoms=([0,0],[-1,-1])
    )
在最后两行 electrode_repetitions=[[3,3],[3,3]],
    equivalent_atoms=([0,0],[-1,-1])
是什么意思啊？
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3楼2010-01-20 15:44:25
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coco505

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zxzj05(金币+3):谢谢回帖交流 2010-03-09 21:27
呵呵 我来回答吧  
electrode_repetitions=[[3,3],[3,3]] 电极的堆积大小也就是平时文章里经常说的3x3啊或者5X5大小的电极
equivalent_atoms=([0,0],[-1,-1])这个是电极匹配时的对称原子以为输入文件只写了一个起点为零的电极元包（不信自己看），但是这个电极怎么和中间散射区的电极原子正正好好的连接呢？当然就是这个对称原子了，[0,0]是指你电极的第一个原子和中间散射区包含的电极的第一个原子正好是（XY）相同而Z相差整个元包长度这样左电极正好和中间散射区的电极连接在一起啦，[-1,-1]照此类推就是电极元包的最后一个原子和中间散射区右边的电极的最后一个原子相等，那么这个初始电极就会自动加到散射区右边形成右电极啦
不过如果是两个不同的电极，情况就麻烦了 自己摸索吧
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4楼2010-03-09 10:40:17
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