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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS三维模型中显示原子编号
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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huangliwu84

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】MS三维模型中显示原子编号

在计算出的Atomic population和 bond population结果中,每个原子都有一个编号,如对于Na原子,有Na1,Na2... 想请教一下各位怎样在三维模型中显示出相应的原子编号.谢谢了.
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1楼 2010-01-18 18:52:32
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-20 12:58
需要在左下name那自己写
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2楼2010-01-18 19:02:30
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

学习者
лл
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xuexizhe
3楼2010-01-18 20:22:14
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huangliwu84

木虫 (著名写手)
先谢谢2楼的回答.根据这个方法虽然可以添加原子的编号,但是还是不能在三维模型中找到与bond population中对应的原子编号啊,因为这样看上去是随意的,而bond population中的原子的编号是对应于三维模型中的相应原子.例如Na1-O2,Na1-O1,如果手动填加的话,怎么才能在三维模型中找出对应的原子呢?也就是说怎么知道哪个原子是O1以及哪个原子是O2?(O1和O2都是O原子,只是原子位置不同,而三维模型中只能看出是O,但是没有诸如有编号的O1和O2.)谢谢了!

[ Last edited by huangliwu84 on 2010-1-18 at 21:57 ]
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4楼2010-01-18 21:45:01
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-20 13:00
右键--->Label，在properties里选Name，然后点Apply。
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5楼2010-01-18 22:30:56
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huangliwu84

木虫 (著名写手)
首先谢谢5楼的回答,该方法可以标原子编号,但是按照该方法标出的原子编号与bond population中的原子编号还是不能一一对应上啊.有些在bond population中出现的原子(如O1等)在三维模型中就没有标出来,而且三维模型中有些原子并没有编号,只有元素符号,如O.
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6楼2010-01-18 22:54:54
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朙天儿

至尊木虫 (著名写手)

☪望者★★
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
不知道这个方法是不是你想要的，
输出一个.pdb格式的文件，然后右键记事本打开。
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入世而生，缘梦而行，随兴而栖，执念而逝。待几世放下我执？
7楼2010-01-19 14:00:50
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
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珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
8楼2010-01-19 14:59:54
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huangliwu84

木虫 (著名写手)
首先谢谢7楼的回复.但是还是不能在三维模型中找到与population中对应的各个原子的原子编号.如下表所示(计算后的各原子的坐标),  对于"H", 其"Atom Number"从1-32, 但是在三维模型中却显示不出像这样的编号,各位是否有相关办法能在三维模型中显示出来对应的带有编号的原子?谢谢了.
                  -------------------------------
                                     Cell Contents
                           -------------------------------

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x
            x            Number           u          v          w      x
            x----------------------------------------------------------x
            x  H            1         0.207961   0.305682   0.303434   x
            x  H            2         0.138726   0.316222   0.875927   x
            x  H            3         0.010099   0.290269   0.052611   x
            x  H            4         0.123775   0.986911   0.075088   x
            x  H            5         0.707961   0.805682   0.303434   x
            x  H            6         0.638726   0.816222   0.875927   x
            x  H            7         0.510099   0.790269   0.052611   x
            x  H            8         0.623775   1.486911   0.075088   x
            x  H            9        -0.207961   0.305682   0.196566   x
            x  H           10        -0.138726   0.316222  -0.375927   x
            x  H           11        -0.010099   0.290269   0.447389   x
            x  H           12        -0.123775   0.986911   0.424912   x
            x  H           13         0.292039   0.805682   0.196566   x
            x  H           14         0.361274   0.816222  -0.375927   x
            x  H           15         0.489901   0.790269   0.447389   x
            x  H           16         0.376225   1.486911   0.424912   x
            x  H           17        -0.207961  -0.305682  -0.303434   x
            x  H           18        -0.138726  -0.316222  -0.875927   x
            x  H           19        -0.010099  -0.290269  -0.052611   x
            x  H           20        -0.123775  -0.986911  -0.075088   x
            x  H           21         0.292039   0.194318  -0.303434   x
            x  H           22         0.361274   0.183778  -0.875927   x
            x  H           23         0.489901   0.209731  -0.052611   x
            x  H           24         0.376225  -0.486911  -0.075088   x
            x  H           25         0.207961  -0.305682   0.803434   x
            x  H           26         0.138726  -0.316222   1.375927   x
            x  H           27         0.010099  -0.290269   0.552611   x
            x  H           28         0.123775  -0.986911   0.575088   x
            x  H           29         0.707961   0.194318   0.803434   x
            x  H           30         0.638726   0.183778   1.375927   x
            x  H           31         0.510099   0.209731   0.552611   x
            x  H           32         0.623775  -0.486911   0.575088   x
            x  Mg           1         0.264391   0.485957   0.083411   x
            x  Mg           2         0.764391   0.985957   0.083411   x
            x  Mg           3        -0.264391   0.485957   0.416589   x
            x  Mg           4         0.235609   0.985957   0.416589   x
            x  Mg           5        -0.264391  -0.485957  -0.083411   x
            x  Mg           6         0.235609   0.014043  -0.083411   x
            x  Mg           7         0.264391  -0.485957   0.583411   x
            x  Mg           8         0.764391   0.014043   0.583411   x
            x  Mg           9         0.000000   0.022971   0.250000   x
            x  Mg          10         0.000000   0.525662   0.250000   x
            x  Mg          11         0.500000   0.522971   0.250000   x
            x  Mg          12         0.500000   1.025662   0.250000   x
            x  Mg          13         0.000000  -0.022971  -0.250000   x
            x  Mg          14         0.000000  -0.525662  -0.250000   x
            x  Mg          15         0.500000   0.477029  -0.250000   x
            x  Mg          16         0.500000  -0.025662  -0.250000   x
            x  Ni           1         0.119922   0.229326   0.080419   x
            x  Ni           2         0.619922   0.729326   0.080419   x
            x  Ni           3        -0.119922   0.229326   0.419581   x
            x  Ni           4         0.380078   0.729326   0.419581   x
            x  Ni           5        -0.119922  -0.229326  -0.080419   x
            x  Ni           6         0.380078   0.270674  -0.080419   x
            x  Ni           7         0.119922  -0.229326   0.580419   x
            x  Ni           8         0.619922   0.270674   0.580419   x
            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
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