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【求助】请教如何用GMX中的OPLSaa力场生成自定义的有机物分子的top文件
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请教如何用GMX中的OPLSaa力场生成自定义的有机物分子的top文件 我首先在PRODRG server 中生成了乙醇分子的PDB文件，其实PRODRG server 也同时生成了乙醇在Gromos96力场下的top文件，但是我想要它在OPLSaa力场中的top文件。 我的做法是把PRODRG server 中生成了乙醇分子的PDB文件放在主目录下运行 pdb2gmx –ignh –ff oplsaa –f ethanol.pdb –o e.pdb –p e.top 但是总是提示错误： Source code line:.../..../..../...../src/kernel/resall.c,line;436 Fatal error: Residue'DRG' not found in residue topology database 还有我改用G43a1力场也就是这个命令pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f ethanol.pdb –o e.pdb –p e.top运行也是提示上面的错误。 请问各位大侠这是怎么回事呢？难道是因为GMX本身就不能生成我自己定义的有机物分子的top文件吗？还是我的做法有问题？ |
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