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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】DS中虚拟筛选的问题
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chenzheng86325

金虫 (初入文坛)

[交流] 【讨论】DS中虚拟筛选的问题 已有1人参与

请问各位虫友，在DS下用药效团做虚拟筛选，应该注意哪些问题呢？用于筛选的数据库有什么格式要求吗？在筛选之前，是否要对数据库内的化合物生成不同构象呢？
先谢过各位了~
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1楼 2010-01-13 13:56:21
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-14 15:28
chenzheng86325(金币+5,VIP+0): 1-14 20:59
查一下相关的文献吧……数据库基本上什么格式都可以，sd和sdf比较方便，其他的用PP转一下也行
柔性程度之类的就看你自己的需要了吧
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2楼2010-01-14 12:57:26
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blue_cat

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-02 12:26
chenzheng86325(金币+5):嗯，谢谢啦，目前已经完成了相应的工作，希望以后多多交流！ 2010-04-02 17:59
先将sdf或者其它格式的配体文件使用build 3d database，然后使用search 3d database进行基于药效团筛选。
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DS
3楼2010-04-02 11:18:08
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tingjun

木虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-07 09:53
在做虚拟筛选之前是不需要做数据库的构象搜索的，因为在筛的过程中会自动进行构象搜索
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4楼2010-04-07 08:53:45
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