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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » 【请教】请教diamond手动输入晶体数据的问题
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lovelovely

银虫 (正式写手)

[交流] 【请教】请教diamond手动输入晶体数据的问题

diamond教程中，以SiO2为例手动输入数据来画其结构图，其中在输入空间群和abc的下一步中，要输入atom，x/a  ，y/b ，z/c ，在SiO2例子中，它输入的是
atom: Si+4         x/a ：0.4487，  z/c： 0.3333。
请问0.4487和0.3333是怎么得出来的？我想画ZrO2的结构图，空间群和abc都知道，只是不知x/a  ，z/c 是什么，大家知道的帮帮忙吧！
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1楼 2010-01-13 13:53:23
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mole1944

金虫 (正式写手)
同问，帮顶之
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2楼2010-01-13 14:56:14
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w6y8d0

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 1-13 21:42
lovelovely(金币+10,VIP+0):非常感谢！还有一个问题，希望你再帮忙一下，呵呵~~ 1-14 11:47
data_157621-ICSD
_database_code_ICSD                157621
_audit_creation_date               2008-02-01
_chemical_name_systematic
'Zirconium oxide - nanocrystalline'
_chemical_formula_structural      
'Zr O2'
_chemical_formula_sum              
'O2 Zr1'
_publ_section_title               
'O2 Zr1'
loop_
_citation_id
_citation_journal_abbrev
_citation_year
_citation_journal_volume
_citation_page_first
_citation_page_last
_citation_journal_id_ASTM
primary 'Scripta Materialia' 2006 55 553 556 SCMAF7
loop_
_publ_author_name
Lamas, D.G.;Rosso, A.M.;Suarez Anzorena, M.;Fernandez, A.;Bellino, M.G.;\
Cabezas, M.D.;Walsoe de Reca, N.E.;Craievich, A.F.
_cell_length_a                     3.6007(3)
_cell_length_b                     3.6007(3)
_cell_length_c                     5.178(2)
_cell_angle_alpha                  90.
_cell_angle_beta                   90.
_cell_angle_gamma                  90.
_cell_volume                       67.1303
_cell_formula_units_Z              2.000
_symmetry_space_group_name_H-M     'P 42/n m c'
_symmetry_Int_Tables_number        137
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
   1   '-y+1/2, -x+1/2, z+1/2'
   2   'y+1/2, x+1/2, z+1/2'
   3   '-y, -x, -z'
   4   'y, x, -z'
   5   'y+1/2, -x+1/2, z+1/2'
   6   '-y+1/2, x+1/2, z+1/2'
   7   'y, -x, -z'
   8   '-y, x, -z'
   9   'x+1/2, -y+1/2, -z+1/2'
  10   '-x+1/2, y+1/2, -z+1/2'
  11   'x, -y, z'
  12   '-x, y, z'
  13   '-x+1/2, -y+1/2, -z+1/2'
  14   'x+1/2, y+1/2, -z+1/2'
  15   '-x, -y, z'
  16   'x, y, z'
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_oxidation_number
Zr4+     4.
O2-     -2.
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_Wyckoff_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_B_iso_or_equiv
_atom_site_occupancy
Zr1 Zr4+ 2 a 0. 0. 0. 0. 1.
O1 O2- 4 d 0. 0.5 0.218(1) 0. 1.
#End of data_157621-ICSD
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3楼2010-01-13 17:40:03
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gyliu

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
lovelovely(金币+2,VIP+0):我又追加了，呵呵~~ 1-14 20:20
引用回帖:
Originally posted by lovelovely at 2010-1-13 13:53:
diamond教程中，以SiO2为例手动输入数据来画其结构图，其中在输入空间群和abc的下一步中，要输入atom，x/a  ，y/b ，z/c ，在SiO2例子中，它输入的是
atom: Si+4         x/a ：0.4487，  z/c： 0.3333。
请问 ...

"atom: Si+4         x/a ：0.4487，  z/c： 0.3333"的意思是，Si原子分数坐标是（0.4487，0.4487，1/3），这里分数坐标是以轴长为单位的，这个例子中，这个Si是处在特殊位置的，你可以看到在要求输入原子坐标的栏的上方有一个等效点系的选择，打开下拉菜单后选择（x，x，1/3）这个等效点系。如果你直接输入0.3333会出问题的，当你放大图时，看到的Si原子可能是几个原子的集团，因为0.3333是不等于1/3的。
至于ZrO2的原子坐标，已经有朋友给你查了，我就不列出了
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4楼2010-01-14 10:50:10
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lovelovely

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by w6y8d0 at 2010-1-13 17:40:
data_157621-ICSD
_database_code_ICSD                157621
_audit_creation_date               2008-02-01
_chemical_name_systematic
'Zirconium oxide - nanocrystalline'
_chemical_formula_structu ...

Zr和O的坐标：  Zr1 Zr4+ 2 a 0. 0. 0. 0. 1.
O1 O2- 4 d 0. 0.5 0.218(1) 0. 1.
这几个数字有点乱，请问Zr是0，0，0 ；而O是0， 0.5，0.218或者1吗？为什么可以是0.218也可以是1呢，不是只有一种结构吗？还有后面的0.1是什么呢？
先谢谢大家的帮忙！

[ Last edited by lovelovely on 2010-1-14 at 11:52 ]
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5楼2010-01-14 11:50:49
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lovelovely

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gyliu at 2010-1-14 10:50:

"atom: Si+4         x/a ：0.4487，  z/c： 0.3333"的意思是，Si原子分数坐标是（0.4487，0.4487，1/3），这里分数坐标是以轴长为单位的，这个例子中，这个Si是处在特殊位置的，你可以看到在要求输入 ...

非常谢谢你，只是太不好意思了，我把金币给送完了。后面我还有一个问题，你能帮忙解答一下吗？again，太谢谢你了！
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6楼2010-01-14 11:54:19
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gyliu

铁杆木虫 (职业作家)
★
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢参与 1-19 11:16
引用回帖:
Originally posted by lovelovely at 2010-1-14 11:50:

Zr和O的坐标：  Zr1 Zr4+ 2 a 0. 0. 0. 0. 1.
O1 O2- 4 d 0. 0.5 0.218(1) 0. 1.
这几个数字有点乱，请问Zr是0，0，0 ；而O是0， 0.5，0.218或者1吗？为什么可以是0.218也可以是1呢，不是只有一种结构吗？还有 ...

"O1 O2- 4 d 0. 0.5 0.218(1) 0. 1.”
O1 是原子Label
O2- 是O的负2价阴离子
4d 是等效点系符号，即O占在4d这个等效点系的位置上，其特点是x=0,y=1/2,z是不固定的
0.218后面括号中的1是误差，因为z是不固定的，所以实验测得的肯定有误差的
0.218(1)之后的那个0是温度因子，通常这个数字是不为零的，为零表示原子在格点上是静止不动的，但这是不肯能的
最后一个1表示该原子在4d这个位置上的占有率，即这个位置全部为O原子占满
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7楼2010-01-15 09:49:38
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gyliu

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by lovelovely at 2010-1-14 11:54:

非常谢谢你，只是太不好意思了，我把金币给送完了。后面我还有一个问题，你能帮忙解答一下吗？again，太谢谢你了！

呵呵，我回答你的问题不是为了金币了
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8楼2010-01-15 09:50:22
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lovelovely

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gyliu at 2010-1-15 09:50:


呵呵，我回答你的问题不是为了金币了

我不是那个意思啊，只是觉得应助者都很好，自己想也只能用那个来表示心意了，呵呵。太谢谢你啦，我两天时间学到了不少，懂了不少！
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9楼2010-01-15 10:24:44
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DME催化剂

银虫 (小有名气)
★
lovelovely(金币+1):谢谢参与
cell_formula_units_Z              2.000
指的什么啊？谢谢
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10楼2010-01-18 14:55:23
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