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lilonghelang

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】生物信息学

一、        某一GenBank数据库记录(记录Y17186)
1)这是否为一条编码蛋白质的序列?如果是,该序列编码什么蛋白?
2)该序列分离自何种生物体?
3)对该序列进行BLASTN搜索:返回多少序列?
4)对该序列进行BLASTX搜索,并与BLASTN的搜索结果进行比较:两者有何差别?为什么?
5)对该序列进行PSIBLAST搜索:搜索结果与上面的BLAST搜索结果有何差异?
6)应根据何种情况来采用这三种不同的搜索策略?

二、        某天,Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中又发现了一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序,得到部分序列:

GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAGAGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT

1. 这个基因在小鼠中是哪个基因?基因的标识符是什么?这个基因的在基因组上的定位是怎样的?
2. 这个基因在人中的同源物是哪一个?标识符是什么?
3. 在人中,这个基因标码的蛋白质是什么?具有什么样的功能?细胞亚定位在何处?这个基因是一个酶吗,什么酶?具有什么样的功能结构域?
4. 这个基因在酵母中保守吗?如果保守,哪个基因是人中的同源物?
5. 这个基因在人中的同源物,编码的蛋白质有3级结构的信息吗?如果有,给出在PDB中的标识符。
6. 对该序列编码的氨基酸序列进行BLASTp搜索, 选择8个有代表性的序列构建进化树
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Peoplecomeintoyourlifeforareason,aseaonoralifetime,whenyoufigureoutwhichoneitis,youwillknowwhattodoforeachperson.
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ysxnj

金虫 (小有名气)

2楼2010-01-13 23:50:56
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lilonghelang

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by lilonghelang at 2010-1-12 21:57:
一、        某一GenBank数据库记录(记录Y17186)
1)这是否为一条编码蛋白质的序列?如果是,该序列编码什么蛋白?
2)该序列分离自何种生物体?
3)对该序列进行BLASTN搜索:返回多少序列?
4)对该序列进行BLAS ...

谢谢你了!!!
Peoplecomeintoyourlifeforareason,aseaonoralifetime,whenyoufigureoutwhichoneitis,youwillknowwhattodoforeachperson.
3楼2010-01-14 08:18:57
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liuxiaohui0908

禁言 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

4楼2010-01-14 08:24:08
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