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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】模建蛋白的优化
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syfnet

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】模建蛋白的优化

我同源模建了一个蛋白，用软件评价了一下，发现在Ramachandran Plot图上有不少异常的氨基酸，而作为模板结晶解析的蛋白同样也存在很多不合理的氨基酸，
请问该如何优化一下结构？实验解析的也存在不合理氨基酸，为何？
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1楼 2010-01-11 14:43:15
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-11 15:54
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 1-12 16:21
这应该是正常的, 蛋白质的进化是在300k 的温度下进行, 而不是接近绝对0度.
如果对大量的数据进行的话, 不合理结构引起的能量升高应该等于300k 下的热量子.
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2楼2010-01-11 15:06:53
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syfnet

新虫 (初入文坛)
如果这是正常那么Ramachandran Plot分析还有其他的什么意义？

我用ds进行side-chain refinement，总是出错，也没有什么报错的信息，这是为什么？
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3楼2010-01-12 17:56:39
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