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【求助】大家帮帮我吧，谢谢大家了！
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大家好，我现在正构建多个突变体模型. 由于我是初学，希望能够得到大家的帮助，谢谢！ 1 我用SWISSMODEL 自动构建的蛋白模型，难道还要找保守，非保守区，一步一步的做分级优化吗。我能否直接加水，对蛋白骨架固定后整体做CG和SD的优化，然后再去跑动力学。 我看到DS演示视频都是直接最小化, 然后再做动力学, 没考虑分步. 2 我通过同源建模后，再跑动力学得到一个最后的模型。现在我想在基于这个最后的模型构建突变体，有人建议我先固定做局部优化，然后再整体优化。我想问:我该什么时侯做这一步啊? 需要做分级优化吗? 这样做的话，最后我要不要整体也跑个动力学啊? 如果最后这些模型都要来做对接，是否都要这样做动力学啊? 3 关于找保守，非保守区.. 大家多序列比对后都怎么找? 是考虑序列相似性,还是完全的一致性.还是二级结构. 有何经验? 谢谢! |
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