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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【分享】VASP编译命令
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qnsyhanjiu

木虫 (著名写手)

[交流] 【分享】VASP编译命令

有关VASP的编译命令

[ Last edited by aylayl08 on 2010-1-11 at 15:20 ]
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1楼2010-01-09 20:14:44
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calos818

木虫 (著名写手)

新人菜鸟

1

并行编译的写得蛮好的，支持楼主
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2楼2010-01-09 20:21:02
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qnsyhanjiu

木虫 (著名写手)
你也用VASP吗
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3楼2010-01-09 20:56:04
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)

1

谢谢楼主
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相逢是缘！
4楼2010-01-11 14:20:27
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主

1

VASP程序的编译
ID:8 分类:VASP/安装与编译 日期:2005-4-25

关键词：VASP,编译

发信人: valenhou (VASP&TranSIESTAC), 信区: Gaussian
标 题: VASP程序的编译
发信站: BBS 大话西游站 (Tue Jul 6 21:19:59 2004), 站内

下面以编译VASP4.4.5版本为例，编译更新的版本VASP4.5.5、VASP4.6和VASP5.0（即将发布）的步骤与此相同。

1、 所需文件和程序

VASP源代码：vasp.4.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz

数学库：LAPACK和BLAS (http://www.netlib.org/)，

或mkl（配合intel的fotran编译器用），

或ATLAS (http://math-atlas.sourceforge.net/)

或Lib GOTO (http://www.cs.utexas.edu/users/flame/goto/)

Fortran编译器：PGI fortran 至少4.0以上版本(http://www.pgroup.com/)，

或Intel的 ifc (8.0以上版本是ifort, http://www.intel.com/software/products/compilers/flin/)，前者可以从网站上下载到15天的试用版本，后者可以从网站下载到免费的版本。

2、下面采用PGI fortan编译器pgf90、ATLAS数学库对VASP4.4.5进行编译

这里假定已经安装好了fortran编译器，所有文件都放在/home/xxx/VASP_SRC目录下，机器的操作系统是Linux: Redhat9.0。

A) 从http://math-atlas.sourceforge.net/下载atlas3.6.0_Linux_P4SSE2.tar.gz，并用如下命令解压：tar xzvf atlas3.6.0_Linux_P4SSE2.tar.gz

解压后得到一个目录Linux_P4SSE2，在此目录下有个lib子目录，该lib子目录中的文件为libatlas.a, libcblas.a, libf77blas.a, liblapack.a, 这些就是编译vasp时所需要的数学库文件之一。

B) 用如下命令解压vasp.4.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz：

tar xzvf vasp.4.4.5.tar.gz

tar xzvf vasp.4.lib.tar.gz

解压后分别得到目录vasp.4.4和vasp.4.lib，目录vasp.4.4中文件是vasp的主要源代码，vasp.4.lib是编译vasp时需要的一些特定的数学库程序，在这两个目录中都有编译时所用的makefile文件，针对机器和fortran编译器，选择相应的makefile。

C) 进入vasp.4.lib目录，选择makefile.linux_pg，并把它拷贝成makefile，然后键入make命令开始编译。整个命令如下：

cd vasp.4.lib

cp makefile.linux_pg makefile

make

编译成功后，得到libdmy.a文件。

D) 退出vasp.4.lib目录，进入vasp.4.4目录，选择makefile.linux_pg，并把它拷贝成makefile，编辑makefile文件，通过修改LIB变量的赋值而采用基于ATLAS的数学库文件，修改的地方和方法是：

在第87和88行前加上#，把这两行注释掉，然后去掉第91,92和93行前的#。

修改前和后的内容为分别为：

LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \

../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a

#

# the following lines should allow you to link to atlas based blas

#LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \

# ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \

# -L$(HOME)/archives/BLAS_OPT/ATLAS/lib/Linux_ATHLONTB/ -lf77blas –latlas

#LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \

# ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a

#

# the following lines should allow you to link to atlas based blas

LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \

../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \

-L../Linux_P4SSE2/lib/ -lf77blas -latlas

修改后保存makefile文件，键入make命令开始编译vasp。整个命令为：

cd ..

Cd vasp.4.4

cp makefile.linux_pg makefile

编辑修改makefile文件

make

编译成功后，就可以得到VASP的可执行文件vasp。

E) 以root帐号登录机器，把成功编译VASP后得到的vasp放到/bin目录下，则任何一个普通用户都可以使用vasp。此时vasp可以当成于一个linux的命令来使用了，不再需要把vasp拷贝到当前的计算目录下。


[点击:372] [评论(1)] [文本模式]

Source :
Presenter :valenhou
CrossRef :
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Editor :gentboy



简单组建linux集群及并行编译vasp过程

我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。
集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。
服务器：P4 3.2， 内存2 G ，硬盘：160G ，显示器 ，网卡：2个千兆网卡  （money：8千多）
节点（10台）： P4 3.2， 内存：2 G， 硬盘：80G ， 网卡：千兆网卡 （5千多每台）
华为24口千兆交换机（4千多）
集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi就好了。推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。
Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。
1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。
2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）
服务器的：192.168.1.253     hostname：node0  域名：node0.cluster
节点机器：192.168.1－192.168.1.10    hostname：node1－node10 域名：node*.cluser
掩码：255.255.255.0
3.服务器的配置
3.1．Nfs设置
NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。在使用NFS时，我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去，想使用这个资源的机器使用mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上，然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。
进入图形yast－network－nfs server，之后开始配置， 点击add directory：之后设置两个共享目录， /home,/usr/local/，然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync。其实配置nfs就是修改/etc/exports 文件，你也可以直接修改成
/home/ 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
/usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)
Ok，NFS就这样配置好了。
3.2 NIS的配置
     NIS(Network Information Service)是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户，而是在master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。
下面是我的配置过程：
Yast－network－nis server－create nis master server之后填入nis domain name，就是域名，我们填node0.Cluster，之后一些信息一般选默认就可以了，之后要配置hosts：
netmask：255.255.255.255 network：127.0.0.1
netmask：255.255.0.0 network：192.168.0.0
ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。注意的是如果你新建用户了，要注意执行make命令更新nis信息。
最后启动网络服务yast－network-start service进入设置，开启shell，login两项服务。
3.3 rsh的配置
注意修改这两个文件/etc/hosts /etc/hosts.equiv 所建立用户的.rhosts，这个文件和/hosts.equiv文件内容设置相同。
Hosts的文件信息，最后修改成：
127.0.0.1    localhost
192.168.1.253    node0.cluster     node0
192.168.1.1        node1.cluster    node1
     
192.168.1.10    node10.cluster    node10
Hosts.equiv:
Node0
Node1
  
Node10
把所有节点的信息输入到这两个文件，等节点机器的配置好后，你就可以用命令rlogin node*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。
节点机器的配置
配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入yast的时候选择的是nis客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。之后启动rsh服务，启动过程，编辑/etc/xinetd.d/rsh 将其中内容“disable＝yes”改成“disable＝no”，重新restart xinetd，激活rsh #chkconfig –level 345 rsh on
#/etc/rc.d/xinetd restart,这样就配置好rsh了，

Lam－mpi的编译安装使用。
（1）    到lam－mpi官方网站www.lam-mpi.org下载最新的源代码，注意不要下载rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的
（2）    用“tar zxvf lam-7.1.1.tar.gz”解压
（3）    进入该目录配置编译信息(后面编译vasp中的makefile有)
./configure—prefix =/usr/local/lam-7.1.1 ――with CFLAGS=―O ―with –fc=ifort ―― with ―f77flags=―O ―without ―romio
几点说明，前面是配置lam－mpi的安装路径/usr/local/lam-7.1.1,指定的编译器是intel的fortran编译器ifort
（4）    然后执行make进行编译，最后执行make install安装，ok成功安装lam－mpi
之后最好把/usr/local/lam-7.1.1/bin加入到搜索路径中，具体做法vi编辑/etc/profile找到
#make path more comfortable
＃if test ………then
ATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/lam-7.1.1/bin
Ok, 这样就设置好路径了，注意的是服务器和节点机器都要设置，因为我们是通过nfs共享lam。之后新建一个文件，lamhosts，输入node0，执行lamboot － lamhosts
如果显示有lam的相关信息，那说明安装成功。
之后顺便说一下lam的使用的几个命令，注意执行lam不能在root下操作
1）    新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器，vi lamhosts
加入你要计算的机器，比如node0 node1 node2 …每个机器一行
2）    lamboot －v lamhosts 启动lam－mpi
3）    mpirun － np * program   *为你运行机器的台数，progran为并行程序，在vasp中我就直接运行mpirun －np 10 vasp
4）    运行结束，记得wipe －v lamhosts 释放机器，否则节点机器无法关机，我经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机.。
Ifc8.0并行vasp的编译（参考了本论坛的[转帖]VASP程序的编译(valenhou)）
感觉vasp安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在suse中并行vasp4.6我编译不成功，并行vasp4.5成功，串行4.6也成功，在rhas4.0中串行vasp4.6无法成功编译，vasp4.5则没有问题，大家如果编译不成功的话，可以试试不同版本。下面讲讲我的并行编译。首先要安装好fortran的编译器ifc这个不详细讲了，重要是要配置好路径，节点机器也是同样问题，ifc可以通过nfs共享，节点机器只要设置好路径就好了。
1．    下载数学库libgoto，我的是intel平台我下libgoto_prescott32p-r1.00.so，之后我把他放在vasp上一级目录/usr/local/lib中
2．    解压vasp.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz，注意把vasp安装在usr/local的共享目录中
Tar zxvf vasp.4.5.tar.gz     tar zxvf vasp.4.lib.tar.gz
3.    cd  vasp.4.lib  
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把当中的编译命令ifc改为ifort，在8.0中的命令是ifort不是ifc
之后执行make命令得到libdmy.a。
4.    cd vasp.4.5
cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
vi makefile 把前面第50行的FC=IFC部分用＃注释掉，第80－82的cpp部分也注释掉
之后就是136行blas＝/usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so -lsvml
LAPACK用139行vasp自带的lapack，
把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的  
#FFT3D   = fft3dfurth.o fft3dlib.o  
#FFT3D   = fftw3d.o fft3dlib.o   /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a
之后把202，203行mpi部分fc＝mpif77的＃去掉   
把212行有关CPP的行前的注释号去掉
把226和227行有关SCA的行，加上注释号
把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：  
# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller  
FFT3D   = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o
# fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available  
#FFT3D   = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o  
/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a  
把这些都修改后，保存，再make得到vasp的可执行程序，为了和串行区别之后我把vasp修改为vaspmpi，copy到/bin中去。这样就大功告成了。
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…………
5楼2010-01-11 15:06:17
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肖湘

银虫 (初入文坛)
顶一下，谢谢楼主。
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xiwang
6楼2010-01-11 20:05:56
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happyjwx

木虫 (小有名气)
最好能讲一下对于非线性磁矩处理时的编译问题
发一下能计算非线性磁结构的makefile文件看看
赞一下 回复此楼
夜半追忆往昔
7楼2010-01-12 13:04:17
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wjhwoods

铜虫 (正式写手)

太感谢了，对于我们新手很重要

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
太感谢了，对于我们新手很重要
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8楼2010-02-05 04:02:14
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