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【分享】VASP编译命令
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有关VASP的编译命令 [ Last edited by aylayl08 on 2010-1-11 at 15:20 ] |
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VASP程序的编译 ID:8 分类:VASP/安装与编译 日期:2005-4-25 关键词：VASP,编译 发信人: valenhou (VASP&TranSIESTAC), 信区: Gaussian 标 题: VASP程序的编译 发信站: BBS 大话西游站 (Tue Jul 6 21:19:59 2004), 站内 下面以编译VASP4.4.5版本为例，编译更新的版本VASP4.5.5、VASP4.6和VASP5.0（即将发布）的步骤与此相同。 1、 所需文件和程序 VASP源代码：vasp.4.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz 数学库：LAPACK和BLAS (http://www.netlib.org/)， 或mkl（配合intel的fotran编译器用）， 或ATLAS (http://math-atlas.sourceforge.net/) 或Lib GOTO (http://www.cs.utexas.edu/users/flame/goto/) Fortran编译器：PGI fortran 至少4.0以上版本(http://www.pgroup.com/)， 或Intel的 ifc (8.0以上版本是ifort, http://www.intel.com/software/products/compilers/flin/)，前者可以从网站上下载到15天的试用版本，后者可以从网站下载到免费的版本。 2、下面采用PGI fortan编译器pgf90、ATLAS数学库对VASP4.4.5进行编译 这里假定已经安装好了fortran编译器，所有文件都放在/home/xxx/VASP_SRC目录下，机器的操作系统是Linux: Redhat9.0。 A) 从http://math-atlas.sourceforge.net/下载atlas3.6.0_Linux_P4SSE2.tar.gz，并用如下命令解压：tar xzvf atlas3.6.0_Linux_P4SSE2.tar.gz 解压后得到一个目录Linux_P4SSE2，在此目录下有个lib子目录，该lib子目录中的文件为libatlas.a, libcblas.a, libf77blas.a, liblapack.a, 这些就是编译vasp时所需要的数学库文件之一。 B) 用如下命令解压vasp.4.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz： tar xzvf vasp.4.4.5.tar.gz tar xzvf vasp.4.lib.tar.gz 解压后分别得到目录vasp.4.4和vasp.4.lib，目录vasp.4.4中文件是vasp的主要源代码，vasp.4.lib是编译vasp时需要的一些特定的数学库程序，在这两个目录中都有编译时所用的makefile文件，针对机器和fortran编译器，选择相应的makefile。 C) 进入vasp.4.lib目录，选择makefile.linux_pg，并把它拷贝成makefile，然后键入make命令开始编译。整个命令如下： cd vasp.4.lib cp makefile.linux_pg makefile make 编译成功后，得到libdmy.a文件。 D) 退出vasp.4.lib目录，进入vasp.4.4目录，选择makefile.linux_pg，并把它拷贝成makefile，编辑makefile文件，通过修改LIB变量的赋值而采用基于ATLAS的数学库文件，修改的地方和方法是： 在第87和88行前加上#，把这两行注释掉，然后去掉第91,92和93行前的#。 修改前和后的内容为分别为： LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ # -L$(HOME)/archives/BLAS_OPT/ATLAS/lib/Linux_ATHLONTB/ -lf77blas –latlas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ -L../Linux_P4SSE2/lib/ -lf77blas -latlas 修改后保存makefile文件，键入make命令开始编译vasp。整个命令为： cd .. Cd vasp.4.4 cp makefile.linux_pg makefile 编辑修改makefile文件 make 编译成功后，就可以得到VASP的可执行文件vasp。 E) 以root帐号登录机器，把成功编译VASP后得到的vasp放到/bin目录下，则任何一个普通用户都可以使用vasp。此时vasp可以当成于一个linux的命令来使用了，不再需要把vasp拷贝到当前的计算目录下。 [点击:372] [评论(1)] [文本模式] Source : Presenter :valenhou CrossRef : Attachment: Editor :gentboy 简单组建linux集群及并行编译vasp过程 我们现在主要是用做高性能计算，下面就是我的集群的组建过程。 集群的硬件环境：做一个集群，节点机器的硬件最好相同，这样计算的效率就会高很多，同时组建集群也相对容易。以下是我的机器的配置情况（全新，组装）另外要说的是，我们的节点机没有配置显示器，全部工作由服务器完成。连接就是通过交换机连接，和一般局域网连接相同。 服务器：P4 3.2， 内存2 G ，硬盘：160G ，显示器 ，网卡：2个千兆网卡 （money：8千多） 节点（10台）： P4 3.2， 内存：2 G， 硬盘：80G ， 网卡：千兆网卡 （5千多每台） 华为24口千兆交换机（4千多） 集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi就好了。推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。 Suse配置nis，nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。 1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。 2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置） 服务器的：192.168.1.253 hostname：node0 域名：node0.cluster 节点机器：192.168.1－192.168.1.10 hostname：node1－node10 域名：node*.cluser 掩码：255.255.255.0 3.服务器的配置 3.1．Nfs设置 NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。在使用NFS时，我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去，想使用这个资源的机器使用mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上，然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。 进入图形yast－network－nfs server，之后开始配置， 点击add directory：之后设置两个共享目录， /home,/usr/local/，然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync。其实配置nfs就是修改/etc/exports 文件，你也可以直接修改成 /home/ 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync) /usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync) Ok，NFS就这样配置好了。 3.2 NIS的配置 NIS(Network Information Service)是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户，而是在master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。 下面是我的配置过程： Yast－network－nis server－create nis master server之后填入nis domain name，就是域名，我们填node0.Cluster，之后一些信息一般选默认就可以了，之后要配置hosts： netmask：255.255.255.255 network：127.0.0.1 netmask：255.255.0.0 network：192.168.0.0 ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。注意的是如果你新建用户了，要注意执行make命令更新nis信息。 最后启动网络服务yast－network-start service进入设置，开启shell，login两项服务。 3.3 rsh的配置 注意修改这两个文件/etc/hosts /etc/hosts.equiv 所建立用户的.rhosts，这个文件和/hosts.equiv文件内容设置相同。 Hosts的文件信息，最后修改成： 127.0.0.1 localhost 192.168.1.253 node0.cluster node0 192.168.1.1 node1.cluster node1 192.168.1.10 node10.cluster node10 Hosts.equiv: Node0 Node1 Node10 把所有节点的信息输入到这两个文件，等节点机器的配置好后，你就可以用命令rlogin node*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。 节点机器的配置 配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入yast的时候选择的是nis客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。之后启动rsh服务，启动过程，编辑/etc/xinetd.d/rsh 将其中内容“disable＝yes”改成“disable＝no”，重新restart xinetd，激活rsh #chkconfig –level 345 rsh on #/etc/rc.d/xinetd restart,这样就配置好rsh了， Lam－mpi的编译安装使用。 （1） 到lam－mpi官方网站www.lam-mpi.org下载最新的源代码，注意不要下载rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的 （2） 用“tar zxvf lam-7.1.1.tar.gz”解压 （3） 进入该目录配置编译信息(后面编译vasp中的makefile有) ./configure—prefix =/usr/local/lam-7.1.1 ――with CFLAGS=―O ―with –fc=ifort ―― with ―f77flags=―O ―without ―romio 几点说明，前面是配置lam－mpi的安装路径/usr/local/lam-7.1.1,指定的编译器是intel的fortran编译器ifort （4） 然后执行make进行编译，最后执行make install安装，ok成功安装lam－mpi 之后最好把/usr/local/lam-7.1.1/bin加入到搜索路径中，具体做法vi编辑/etc/profile找到 #make path more comfortable ＃if test ………then ATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/lam-7.1.1/bin Ok, 这样就设置好路径了，注意的是服务器和节点机器都要设置，因为我们是通过nfs共享lam。之后新建一个文件，lamhosts，输入node0，执行lamboot － lamhosts 如果显示有lam的相关信息，那说明安装成功。 之后顺便说一下lam的使用的几个命令，注意执行lam不能在root下操作 1） 新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器，vi lamhosts 加入你要计算的机器，比如node0 node1 node2 …每个机器一行 2） lamboot －v lamhosts 启动lam－mpi 3） mpirun － np * program *为你运行机器的台数，progran为并行程序，在vasp中我就直接运行mpirun －np 10 vasp 4） 运行结束，记得wipe －v lamhosts 释放机器，否则节点机器无法关机，我经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机.。 Ifc8.0并行vasp的编译（参考了本论坛的[转帖]VASP程序的编译(valenhou)） 感觉vasp安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在suse中并行vasp4.6我编译不成功，并行vasp4.5成功，串行4.6也成功，在rhas4.0中串行vasp4.6无法成功编译，vasp4.5则没有问题，大家如果编译不成功的话，可以试试不同版本。下面讲讲我的并行编译。首先要安装好fortran的编译器ifc这个不详细讲了，重要是要配置好路径，节点机器也是同样问题，ifc可以通过nfs共享，节点机器只要设置好路径就好了。 1． 下载数学库libgoto，我的是intel平台我下libgoto_prescott32p-r1.00.so，之后我把他放在vasp上一级目录/usr/local/lib中 2． 解压vasp.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz，注意把vasp安装在usr/local的共享目录中 Tar zxvf vasp.4.5.tar.gz tar zxvf vasp.4.lib.tar.gz 3. cd vasp.4.lib cp makefile.linux_ifc_P4 makefile vi makefile 把当中的编译命令ifc改为ifort，在8.0中的命令是ifort不是ifc 之后执行make命令得到libdmy.a。 4. cd vasp.4.5 cp makefile.linux_ifc_P4 makefile vi makefile 把前面第50行的FC=IFC部分用＃注释掉，第80－82的cpp部分也注释掉 之后就是136行blas＝/usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so -lsvml LAPACK用139行vasp自带的lapack， 把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的 #FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o #FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a 之后把202，203行mpi部分fc＝mpif77的＃去掉 把212行有关CPP的行前的注释号去掉 把226和227行有关SCA的行，加上注释号 把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容： # FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o # fftw.3.0.1 is slighly faster and should be used if available #FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a 把这些都修改后，保存，再make得到vasp的可执行程序，为了和串行区别之后我把vasp修改为vaspmpi，copy到/bin中去。这样就大功告成了。 |
5楼2010-01-11 15:06:17
肖湘
银虫 (初入文坛)
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happyjwx
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