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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】土壤DNA做PCR
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生物00

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】土壤DNA做PCR

我分别用普通方法和试剂盒提出DNA，没有纯化进行PCR.如果不加BSA全都P不出来，加了BSA后，用试剂盒提出的DNA能P出500bp的片段，普通方法的P不出来，但同时阴性对照也有500bp的带。我知道出阴性的原因是BSA带菌，但是为什么阴性都出了反而普通方法的P不出来呢？
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1楼 2010-01-08 17:42:21
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mever

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+1,VIP+0): 1-8 17:55
也许是你普通组的DNA里腐植酸的含量过高 影响了tag酶的活性 导致PCR反应结果不理想
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2楼2010-01-08 17:54:14
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g0079

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by mever at 2010-1-8 17:54:
也许是你普通组的DNA里腐植酸的含量过高 影响了tag酶的活性 导致PCR反应结果不理想

有没有什么方法能让普通组的也P出来呢
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3楼2010-01-08 18:09:29
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g0079

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by g0079 at 2010-1-8 18:09:

有没有什么方法能让普通组的也P出来呢

加BSA不是可以保护Taq吗
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4楼2010-01-08 18:10:35
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1514132

至尊木虫 (著名写手)
是不是和Taq的活性有关系啊？
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5楼2010-01-08 18:16:49
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g0079

新虫 (初入文坛)
★
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Originally posted by 1514132 at 2010-1-8 18:16:
是不是和Taq的活性有关系啊？

文献上用普通方法提出的DNA直接用通用引物都能P出来，我P不出来
我用的还是带GC加的引物，为了以后做DGGE,郁闷死，为什么土里的DNA问题那么多
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6楼2010-01-08 18:23:02
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mever

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by g0079 at 2010-1-8 18:09:

有没有什么方法能让普通组的也P出来呢

可以尝试将DNA纯化 降低腐植酸的污染
不少文献有纯化的方法 市场上也有纯化试剂盒卖
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7楼2010-01-08 18:31:16
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1514132

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by g0079 at 2010-1-8 18:23:

文献上用普通方法提出的DNA直接用通用引物都能P出来，我P不出来
我用的还是带GC加的引物，为了以后做DGGE,郁闷死，为什么土里的DNA问题那么多

可能是土壤中的成分很复杂吧！您想一想，那么多微生物共同生存，这之间一定有很多秘密是我们没有发现的，呵呵
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8楼2010-01-08 18:32:50
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luckyyan

新虫 (小有名气)
★
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那么你自己的引物是什么条件啊？扩出来的应该是多大的片段，好多因素导致你的实验失败。可以逐一排除。
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9楼2010-01-08 18:40:56
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unameder

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
记得以前根据文献的方法提DNA，条带很不明显，死活也P不出来，后来换用试剂盒，好像叫北京百泰克，50次1千多块，效果挺好，提前的DNA带很明显，PCR没加BSA也可，AFLP迎刃而解
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10楼2010-01-08 20:31:52
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