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【求助】怎样用namd自动生成psf文件
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namd教程中说 VMD组件中实际上提供了一个全自动的psf文件生成器(选择Extensions→Modeling→Automatic PSF Builder菜单项) 打开Automatic PSF Builder界面后，需要设置参数什么的吗，为什么我直接点reset autopsf后，生成的psf文件显示0原子0键呢？ 还有，教程中还提到了在写字板中输入一段命令，保存文件名为ubq.pgn，然后用source ubq.pgn命令调用psfgen数据包，为什么我按照要求操作了，一直显示错误呢？ 本人刚接触分子模拟，软件也是才学，这些问题很菜，可我就是转不过来弯，弄不明白，还希望各位大侠多多赐教，不要笑我哦！谢谢啦！ |
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2楼2010-01-07 15:26:21
bay__gulf
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王红6366(金币+2,VIP+0):谢谢！我用的是中文版的教程，发现有挺多错误呀，可英文版的我又看不懂，郁闷。。。还有，我不能注册分子模拟论坛，你有那个的邀请码吗？可不可以发给我一个呀？ 1-7 16:34
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 1-7 16:46
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢！ 1-8 23:21
王红6366(金币+2,VIP+0):谢谢！我用的是中文版的教程，发现有挺多错误呀，可英文版的我又看不懂，郁闷。。。还有，我不能注册分子模拟论坛，你有那个的邀请码吗？可不可以发给我一个呀？ 1-7 16:34
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 1-7 16:46
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢！ 1-8 23:21
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生成psf 文件是学习namd 之路的第一个难点. 推荐读先两个东西: 1. namd user' guide 第4章, 这一章其实就是psfgen 的ug. 2. namd-tutorial 的附录, 其中有pdb, psf 和 top 文件的格式, 其中穿插讲解了psf 的生成方法. 这两个初读起来有点难度, 但绝对是最快的入门方法. 然后再一步一步安照tutorial 中的方法来.那上面多少有点错误或不全面, 遇到问题再说. 强烈不建议初学者用autopsf, 而是应该先学习psfgen 的使用. mdbbs 的这个版块有极为丰富的关于namd 和 vmd 的资料 http://www.mdbbs.org/forum-69-1.html 有空你多去转转 [ Last edited by bay__gulf on 2010-1-7 at 16:04 ] |
3楼2010-01-07 15:59:34
