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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物二聚体
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青青草hwj

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物二聚体

各位友们，我跑的PCR总出现引物二聚体，请问怎么去除哦，用的退火温度是引物的退火减5度，要增加退火温度么？谢谢啦
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1楼 2010-01-07 08:28:58
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
amisking(金币+1,VIP+0): 1-7 16:51
能扩出来就增
如果不是做RT半定量，下游可以割胶的，都不怕dimer啦~
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2楼2010-01-07 09:04:21
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cato8163

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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amisking(金币+3,VIP+0): 1-7 16:51
小可认为，引物二聚体有关的有：1.退火温度。建议你做个梯度PCR。2.引物加量，引物加量为：0.2--0.4（10uL体系），引物浓度为10uM/L,当加0.2时，就比0.4引物二聚体少很多。3.用的酶。这就看你买的了酶的特性了。4.操作。在冰上操作。
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3楼2010-01-07 09:05:27
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-7 19:16
引用回帖:
Originally posted by cato8163 at 2010-1-7 09:05:
小可认为，引物二聚体有关的有：1.退火温度。建议你做个梯度PCR。2.引物加量，引物加量为：0.2--0.4（10uL体系），引物浓度为10uM/L,当加0.2时，就比0.4引物二聚体少很多。3.用的酶。这就看你买的了酶的特性了。4 ...

很有道理，二聚体主要是提高退火温度，和降低引物用量就可以减少，不过一般也不影响实验，除非定量PCR
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4楼2010-01-07 09:15:30
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0): 1-7 19:17
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Originally posted by 青青草hwj at 2010-1-7 08:28:
各位友们，我跑的PCR总出现引物二聚体，请问怎么去除哦，用的退火温度是引物的退火减5度，要增加退火温度么？谢谢啦

一方面与你的引物设计有关，另外可能是退火温度太低了，如上所述如果能在你的退火温度下能p出来，增加退火温度吧
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几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
5楼2010-01-07 11:21:24
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luckydong1

铜虫 (小有名气)
★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0): 1-7 19:17
引物说明书上的退火温度仅供参考，不用太理会的。你先参考那个退火温度做梯度PCR,找出最适的退火温度，另外，把你的引物再稀释
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6楼2010-01-07 11:31:00
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青青草hwj

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by luckydong1 at 2010-1-7 11:31:
引物说明书上的退火温度仅供参考，不用太理会的。你先参考那个退火温度做梯度PCR,找出最适的退火温度，另外，把你的引物再稀释

我的引物是7.5uM的，还用稀释么？谢谢哦
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7楼2010-01-07 14:35:02
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feng509

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by cato8163 at 2010-1-7 09:05:
小可认为，引物二聚体有关的有：1.退火温度。建议你做个梯度PCR。2.引物加量，引物加量为：0.2--0.4（10uL体系），引物浓度为10uM/L,当加0.2时，就比0.4引物二聚体少很多。3.用的酶。这就看你买的了酶的特性了。4 ...

很详细 呵呵 我也碰过这种问题
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爱，起于微笑，浓于亲吻，逝于泪水
8楼2010-01-07 14:44:11
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apple-z

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0): 1-7 16:52
若改变退火温度和改变引物用量等都起不到效果，可以考虑酶，改用可以减少引物二聚体形成的酶；或者如果你的目的条带亮度还可以的话，可以采用切胶的方式将目的条带切下来进行胶回收。
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9楼2010-01-07 16:51:11
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刘超_2009

新虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-1-7 09:15:


很有道理，二聚体主要是提高退火温度，和降低引物用量就可以减少，不过一般也不影响实验，除非定量PCR

疑惑：用量降低了后，在P时是不是影响它的扩增效果啊?倒觉得增加模板浓度，同时适当降低引物浓度也可以达到效果吧，让更多的模板去竞争引物，这样引物的二聚化现象会减少些
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10楼2010-01-08 09:43:58
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