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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接出了问题望高手解决？
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ymdlove

[交流] 【求助】分子对接出了问题望高手解决？

autogrid4: ERROR:  Unknown receptor type: "Na"
-- Add parameters for it to the parameter library first!



autogrid4: ERROR:  Unsuccessful completion.




这个错误时怎么产生的··我是刚学会用软件·所以看不懂··求高手帮忙··
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1楼 2010-01-06 21:07:12
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javacfish

金虫 (小有名气)
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 1-6 21:46
就是autodock中的library的参数里面没有Na这个参数，你需要添加这个金属离子的参数，

对接时，na离子如果不是必须的，不在活性位点处，你考虑将其删除之

[ Last edited by javacfish on 2010-1-6 at 21:17 ]
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2楼2010-01-06 21:16:24
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-7 08:40
原则上，要把水分子和金属离子删除的，很影响计算结果的。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-01-07 06:59:31
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ymdlove

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-1-7 06:59:
原则上，要把水分子和金属离子删除的，很影响计算结果的。

那请问我改怎么删除金属离子呢··谢谢
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4楼2010-01-07 10:42:23
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ymdlove

引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2010-1-6 21:16:
就是autodock中的library的参数里面没有Na这个参数，你需要添加这个金属离子的参数，

对接时，na离子如果不是必须的，不在活性位点处，你考虑将其删除之

[ Last edited by javacfish on 2010-1-6 at 21:17 ...

那我该怎样操作删除Na离子呢···谢谢
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5楼2010-01-07 10:43:14
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-7 22:05
用vi编辑器，处理原始的PDB文件。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-01-07 21:55:47
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ymdlove

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-1-7 21:55:
用vi编辑器，处理原始的PDB文件。

谢谢···我现在又出现了新的问题··运行autodock4.0出现下面的错误··不知您能否解答···
autodock4: I'm sorry; I can't find or open "Ru_3N12.maps.fld"
________________________________________________________________________________


autodock4: I'm sorry; I can't find or open "Ru_3N12.maps.fld"
Real= 0.69,  CPU= 0.11,  System= 0.02
__________________________________________________________
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7楼2010-01-08 11:12:07
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