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【beefly个人文集】用GaussView或Molden画NBO轨道
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画NBO轨道，很多人会想到NBOview程序，以及后起之秀ChemCraft。或许有人还用过Molekel 4.3，不过这个不方便，还有Bug。 其实，从Gaussian 03.B开始，增加了一个新功能：把NBO存入checkpoint文件。因此，用GaussView或Molden也可以画NBO。 第一步，把NBO存入checkpoint文件。以计算HeCuF为例，输入如下。 %chk=nbo.chk #p b3lyp/6-31g Integral(Grid=UltraFine) pop=(nboread,SAVENBOS) title 0 1 CU 0.0 0.0 -0.3035456403 F 0.0 0.0 1.4288489797 HE 0.0 0.0 -1.9629084803 $nbo $end 在这个输入中，需要指定pop=(nboread,SAVENBOS)。SAVENBOS的作用是把NBO存入checkpoint文件（由%chk命令定义的nbo.chk），替换原来的MO。nboread用于执行NBO分析，它要求一个额外的$nbo输入行，你可以在这里加入一些感兴趣的关键词，如bndidx，plot，等。这里用了NBO的默认设置，因此也可以把nboread换成nbo，并去掉$nbo输入行。 做完这个计算后，就可以用任何版本的GaussView打开nbo.chk文件，画NBO了。细节略。如果不放心，还可以和不加SAVENBOS选项的MO图，以及用ChemCraft程序画的NBO作对比。ChemCraft用法见： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1585328 到这里就算完了。但是，如果你和我一样，都属于买不起GaussView、ChemCraft、NBOview的贫下中农，或者，想得到更漂亮的矢量图，那么还需要进行第二步。 第二步，把前面保存在checkpoint文件的NBO读出来，以标准格式写入Gaussian的输出文件。输入如下： %Chk=nbo.chk #P b3lyp/6-31g Geom=Check IOP(6/7=3) gfinput Guess=(Read,Only) title 0 1 这里的gfinput和IOP是MOLDEN程序必须的。Geom和Guess分别用于从checkpoint获取分子结构和轨道，因此不需要定义原子坐标。还可以加上ChkBasis，可以略去基组的定义。如果第一步是自定义基组，这会很有用。 这个计算完成后，用MOLDEN打开Gaussian输出文件，就可以画NBO了。除了用MOLDEN，还可以用GabEdit，都是免费的。 参考资料： http://www.ccl.net/chemistry/res ... .002-dir/index.html http://www.chem.ucsb.edu/~kalju/chem226/public/task2B.html http://www.sciencemag.org/cgi/data/322/5906/1360/DC1/1 更正说明： pop=(nbo,SAVENBOS)没有问题。 GaussView可以用任何版本。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:36 ] |
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