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[资源] 【beefly个人文集】用GaussView或Molden画NBO轨道

画NBO轨道,很多人会想到NBOview程序,以及后起之秀ChemCraft。或许有人还用过Molekel 4.3,不过这个不方便,还有Bug。

其实,从Gaussian 03.B开始,增加了一个新功能:把NBO存入checkpoint文件。因此,用GaussView或Molden也可以画NBO。

第一步,把NBO存入checkpoint文件。以计算HeCuF为例,输入如下。

%chk=nbo.chk
#p b3lyp/6-31g Integral(Grid=UltraFine) pop=(nboread,SAVENBOS)

title

0 1
CU    0.0   0.0  -0.3035456403
F     0.0   0.0   1.4288489797
HE    0.0   0.0  -1.9629084803

$nbo $end

在这个输入中,需要指定pop=(nboread,SAVENBOS)。SAVENBOS的作用是把NBO存入checkpoint文件(由%chk命令定义的nbo.chk),替换原来的MO。nboread用于执行NBO分析,它要求一个额外的$nbo输入行,你可以在这里加入一些感兴趣的关键词,如bndidx,plot,等。这里用了NBO的默认设置,因此也可以把nboread换成nbo,并去掉$nbo输入行。

做完这个计算后,就可以用任何版本的GaussView打开nbo.chk文件,画NBO了。细节略。如果不放心,还可以和不加SAVENBOS选项的MO图,以及用ChemCraft程序画的NBO作对比。ChemCraft用法见:

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1585328

到这里就算完了。但是,如果你和我一样,都属于买不起GaussView、ChemCraft、NBOview的贫下中农,或者,想得到更漂亮的矢量图,那么还需要进行第二步。

第二步,把前面保存在checkpoint文件的NBO读出来,以标准格式写入Gaussian的输出文件。输入如下:

%Chk=nbo.chk
#P b3lyp/6-31g Geom=Check IOP(6/7=3) gfinput Guess=(Read,Only)

title

0  1

这里的gfinput和IOP是MOLDEN程序必须的。Geom和Guess分别用于从checkpoint获取分子结构和轨道,因此不需要定义原子坐标。还可以加上ChkBasis,可以略去基组的定义。如果第一步是自定义基组,这会很有用。

这个计算完成后,用MOLDEN打开Gaussian输出文件,就可以画NBO了。除了用MOLDEN,还可以用GabEdit,都是免费的。

参考资料:
http://www.ccl.net/chemistry/res ... .002-dir/index.html
http://www.chem.ucsb.edu/~kalju/chem226/public/task2B.html
http://www.sciencemag.org/cgi/data/322/5906/1360/DC1/1

更正说明:
pop=(nbo,SAVENBOS)没有问题。
GaussView可以用任何版本。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:36 ]
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neweroica

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3楼2010-01-06 21:35:25
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