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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】提取基因组DNA问题
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veronica5129

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】提取基因组DNA问题

大家好 最近用酚氯仿的方法抽提了Hela cell 的gDNA ,跑样看有蛋白质和RNA污染（胶孔里有杂质），大家建议一下怎么除净里面的蛋白 啊？谢谢
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性格决定命运
1楼 2010-01-04 13:25:09
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷
★ ★ ★
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1949stone(金币+2,VIP+0):同意 1-4 16:45
酚氯仿抽提时取上清液不要贪多，尽量不要吸到中间的那层。
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Thank-you，so-blue.
2楼2010-01-04 13:55:06
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
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1949stone(金币+4,VIP+0):有的老板白菜也舍不得买啊 1-4 16:46
我们一般也是酚：氯仿：异戊醇抽提一次，再用氯仿：异戊醇抽提两次，就差不多了，就是注意吸取上清的时候宁缺毋滥，不要吸到中间蛋白层。如果还是蛋白很多可以再用氯仿异戊醇再抽提一次，这样提取的DNA应该能满足PCR,酶切等。你也可以用试剂盒提，好像现在这些东西价格跟白菜差不多了
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几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
3楼2010-01-04 14:03:48
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jasco

木虫 (正式写手)
★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-4 16:46
引用回帖:
Originally posted by fungixx at 2010-1-4 14:03:
我们一般也是酚：氯仿：异戊醇抽提一次，再用氯仿：异戊醇抽提两次，就差不多了，就是注意吸取上清的时候宁缺毋滥，不要吸到中间蛋白层。如果还是蛋白很多可以再用氯仿异戊醇再抽提一次，这样提取的DNA应该能满足 ...

建议用kit吧，方便多了，提取质量也好
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4楼2010-01-04 14:55:43
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won7

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
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1949stone(金币+2,VIP+0):同意 1-4 16:46
如果不是很高要求，有一些RNA和蛋白质污染不会影响后续实验，如PCR、SOUTHERN BLOT等，无必要浪费时间和精力去消除这些污染。
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5楼2010-01-04 15:01:18
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gandalf886

银虫 (小有名气)
用酚氯仿再抽一次
有蛋白不影响PCR
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6楼2010-01-04 17:21:55
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veronica5129

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by fungixx at 2010-1-4 14:03:
我们一般也是酚：氯仿：异戊醇抽提一次，再用氯仿：异戊醇抽提两次，就差不多了，就是注意吸取上清的时候宁缺毋滥，不要吸到中间蛋白层。如果还是蛋白很多可以再用氯仿异戊醇再抽提一次，这样提取的DNA应该能满足 ...

担心再次抽屉会损失太多，我提的基因组需要做酶切，进行splinkerette PCR(LM-PCR)，可惜每次酶切都很难完全切开，不知是不是DNA纯度问题。
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性格决定命运
7楼2010-01-04 22:29:27
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veronica5129

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-1-4 15:01:
如果不是很高要求，有一些RNA和蛋白质污染不会影响后续实验，如PCR、SOUTHERN BLOT等，无必要浪费时间和精力去消除这些污染。

我提的基因组需要做酶切，进行splinkerette PCR(LM-PCR)，可惜每次酶切都很难完全切开，不知是不是DNA纯度问题。
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性格决定命运
8楼2010-01-04 22:30:41
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xyls6868

新虫 (小有名气)
★
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酶切似乎可以用来检测DNA的质量了呵呵
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9楼2010-01-05 10:12:34
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wangtengxu

木虫 (正式写手)
★
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1.少吸中间层
2.多抽提一次
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想和有趣的人一起做有趣的事。
10楼2010-01-05 11:52:51
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