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veronica5129

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】提取基因组DNA问题

大家好 最近用酚氯仿的方法抽提了Hela cell 的gDNA ,跑样看有蛋白质和RNA污染(胶孔里有杂质),大家建议一下怎么除净里面的蛋白 啊?谢谢
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性格决定命运
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

★ ★ ★
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1949stone(金币+2,VIP+0):同意 1-4 16:45
酚氯仿抽提时取上清液不要贪多,尽量不要吸到中间的那层。
Thank-you,so-blue.
2楼2010-01-04 13:55:06
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
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1949stone(金币+4,VIP+0):有的老板白菜也舍不得买啊 1-4 16:46
我们一般也是酚:氯仿:异戊醇抽提一次,再用氯仿:异戊醇抽提两次,就差不多了,就是注意吸取上清的时候宁缺毋滥,不要吸到中间蛋白层。如果还是蛋白很多可以再用氯仿异戊醇再抽提一次,这样提取的DNA应该能满足PCR,酶切等。你也可以用试剂盒提,好像现在这些东西价格跟白菜差不多了
几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
3楼2010-01-04 14:03:48
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jasco

木虫 (正式写手)

★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0):谢谢交流 1-4 16:46
引用回帖:
Originally posted by fungixx at 2010-1-4 14:03:
我们一般也是酚:氯仿:异戊醇抽提一次,再用氯仿:异戊醇抽提两次,就差不多了,就是注意吸取上清的时候宁缺毋滥,不要吸到中间蛋白层。如果还是蛋白很多可以再用氯仿异戊醇再抽提一次,这样提取的DNA应该能满足 ...

建议用kit吧,方便多了,提取质量也好
4楼2010-01-04 14:55:43
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won7

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
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1949stone(金币+2,VIP+0):同意 1-4 16:46
如果不是很高要求,有一些RNA和蛋白质污染不会影响后续实验,如PCR、SOUTHERN BLOT等,无必要浪费时间和精力去消除这些污染。
5楼2010-01-04 15:01:18
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gandalf886

银虫 (小有名气)

用酚氯仿再抽一次
有蛋白不影响PCR
6楼2010-01-04 17:21:55
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veronica5129

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by fungixx at 2010-1-4 14:03:
我们一般也是酚:氯仿:异戊醇抽提一次,再用氯仿:异戊醇抽提两次,就差不多了,就是注意吸取上清的时候宁缺毋滥,不要吸到中间蛋白层。如果还是蛋白很多可以再用氯仿异戊醇再抽提一次,这样提取的DNA应该能满足 ...

担心再次抽屉会损失太多,我提的基因组需要做酶切,进行splinkerette PCR(LM-PCR),可惜每次酶切都很难完全切开,不知是不是DNA纯度问题。
性格决定命运
7楼2010-01-04 22:29:27
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veronica5129

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-1-4 15:01:
如果不是很高要求,有一些RNA和蛋白质污染不会影响后续实验,如PCR、SOUTHERN BLOT等,无必要浪费时间和精力去消除这些污染。

我提的基因组需要做酶切,进行splinkerette PCR(LM-PCR),可惜每次酶切都很难完全切开,不知是不是DNA纯度问题。
性格决定命运
8楼2010-01-04 22:30:41
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xyls6868

新虫 (小有名气)


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酶切似乎可以用来检测DNA的质量了呵呵
9楼2010-01-05 10:12:34
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wangtengxu

木虫 (正式写手)


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1.少吸中间层
2.多抽提一次
想和有趣的人一起做有趣的事。
10楼2010-01-05 11:52:51
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