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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】菜鸟求助: ds中CHARMmMMPBSA.xml导入问题
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puffy581

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】菜鸟求助: ds中CHARMmMMPBSA.xml导入问题 已有2人参与

小弟刚刚开始接触DS，看教程上说，在计算结合自由能的时候，要在protocol中导入一个CHARMmMMPBSA.xml的文件，但是我导入不了，上网搜了一下解决方法，有下面这么一段话：

下面是blue_cat在分子模拟论坛提出的解决方法
“之前看到很多TX在DS中加载MM-PBSA的protocol出现的问题，现在已经有了解决的方法。具体如下：
打开PP或者是PPSE，在PP中打开DS的protocol，PBSA的protocol在sample中，大家打开这个protocol后将其另存到 DS中的Simulation(保存的目录按大家的喜好)中，然后再打开DS，在你所保存的位置的protocol中就可以看到PPSA了。


我装的DS2.1是从emule下拖下来的，也是按照网上的装法一步一步装的，pipeline pilot应该是装的，但是我找不到打开这个软件的图标啊，急死了。
另外，SciTegic文件夹，是不是就是pipeline pilot的安装文件夹呢？

麻烦大家帮帮我啊 谢谢

[ Last edited by puffy581 on 2010-1-5 at 21:32 ]
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1楼 2010-01-01 16:05:46
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weipiaoxue

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-7 16:47
puffy581(金币+20,VIP+0):谢谢提示 1-9 17:16
SciTegic就是pipeline pilot的安装文件夹
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2楼2010-01-07 15:48:14
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weipiaoxue

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 1-7 16:47
打开DS,在protocols下面的administor‘s protocols那儿右击import，找CHARMmMMPBSA.xml所在的文件夹，一般在SciTegic/app/accelrys/dsprotocol/xml/protocols/accelrys discovery studio/examples/simulation这个文件夹下，找到，选择，打开就行了!
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3楼2010-01-07 16:23:36
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arthurii

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-14 15:29
最好也装上PP，然后在PP里面加就方便了，还可以调整
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4楼2010-01-14 13:07:41
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puffy581

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谢谢你
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2010-1-14 13:07:
最好也装上PP，然后在PP里面加就方便了，还可以调整

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5楼2010-01-14 17:31:59
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blue_cat

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-12 16:55
不需要再安装PP了。
1.用记事本打开 Binding Energy with MM-PBSA.xml
2.查找 "The user who registered this component"
3.第一个匹配的
4.修改它下一行scitegic/dssimulation里面的内容,改成相应的用户名就可以导入了.

希望能对大家有所帮助。
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DS
6楼2010-04-12 16:40:36
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puffy581

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by blue_cat at 2010-04-12 16:40:36:
不需要再安装PP了。
1.用记事本打开 Binding Energy with MM-PBSA.xml
2.查找 "The user who registered this component"
3.第一个匹配的
4.修改它下一行scitegic/dssimulation ...

谢谢你
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7楼2010-04-13 09:21:21
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