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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】问个 g03 内存分配的问题，谢谢！
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】问个 g03 内存分配的问题，谢谢！

主要是看不懂帮助中所说的 :-(

我现在有一台机器，配 16G 内存，2个4核CPU

可供 Gaussian 使用的总的最大内存为 12GB，可以全部使用8个核进行计算。

请问我该如何写 %mem 和 %nprocs

我现在计算 MP2 Freq 中使用的设置是 %mem=12GB %nprocs=8，但只有 3 个核在工作……

请问我该如何设置，才能使 8 个核全部参加工作？

谢谢！！
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1楼 2009-12-25 15:43:31
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
先看看uname -ra的信息
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
2楼2009-12-25 16:50:53
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
%mem=1400MB
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2009-12-25 16:53:30
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mengfc

金虫 (正式写手)
8核的话要用linda并行
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4楼2009-12-25 17:01:19
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by abbott at 2009-12-25 16:50:
先看看uname -ra的信息

谢谢，uname -ra 输出信息如下：

Linux localhost.localdomain 2.6.18-92.el5 #1 SMP Tue Jun 10 18:51:06 EDT 2008 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
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5楼2009-12-25 20:00:16
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2009-12-25 16:53:
%mem=1400MB

这个运行不下小，中间出错，可能与我的体系有关，现在还不知道原因……
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6楼2009-12-25 20:01:08
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by mengfc at 2009-12-25 17:01:
8核的话要用linda并行

我目前用的这个版本似乎不用，因为之前我跑过一些计算，top 中显示全部 CPU 都参与了运算。
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7楼2009-12-25 20:02:15
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llhxaustin

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4,VIP+0): 12-26 20:31
snoopyzhao(金币+2,VIP+0):我现在就是在做 MP2 FREQ，卡在 l906 这一步了，似乎特别慢…… 12-30 01:03
体系有多大？这个很重要。
如果在20个以内，
%mem＝80MW 和 %nprocs＝8就会很快了啊，多了也没用
如果是UNIX系统，你交上作业后可以TOP一下，看内存在每个LINK的时候的分配情况你就清楚应该用多少了。如果不够用，作业跳出后会告诉你应该加到多大的内存的，建议的。稍微多给点儿也行。

我碰到过一个不大的体系，给了好大的内存，结果导致L301之前做了好几十分钟，CPU利用率几乎是0，也不知是什么原因。如果是MP2　FREQ，最注意控制%mem=和maxdisk=，这二个选项控制合适，会使你的作业快得很。
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8楼2009-12-26 11:14:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 12-27 10:43
snoopyzhao(金币+1,VIP+0):谢谢，看 gaussian 的手册说，gaussian 会自己根据已有的资源进行计算策略的选择…… 12-30 01:02
引用回帖:
Originally posted by llhxaustin at 2009-12-26 11:14:
体系有多大？这个很重要。
如果在20个以内，
%mem＝80MW 和 %nprocs＝8就会很快了啊，多了也没用
如果是UNIX系统，你交上作业后可以TOP一下，看内存在每个LINK的时候的分配情况你就清楚应该用多少了。如果不够 ...

用gaussian做计算，并不是内存越大越好，关键是要合适，这个可以自己估算一下多大比较合适,估算方法见《Explore……》这本书。我忘了是第几章了。

如果体系太小，高斯根本用不到那么大的资源，白白浪费
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9楼2009-12-26 13:09:47
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
★ ★ ★ ★
erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 12-27 10:43
snoopyzhao(金币+1,VIP+0):我现在的机器在您提到的这些方面都没有问题，呵呵…… 12-30 01:04
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2009-12-25 20:00:


谢谢，uname -ra 输出信息如下：

Linux localhost.localdomain 2.6.18-92.el5 #1 SMP Tue Jun 10 18:51:06 EDT 2008 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

test3-p@node1 ~]$ uname -ra
Linux node1 2.6.9-78.ELlargesmp #1 SMP Wed Jul 9 16:03:59 EDT 2008 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
[test3-p@node1 ~]$ free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:         96677       6894      89783          0        116       4785
-/+ buffers/cache:       1992      94685
Swap:         8095          0       8095

Tasks: 271 total,  17 running, 254 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu0  : 72.7% us, 18.2% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  9.1% si
Cpu1  :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu2  :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu3  : 80.0% us, 10.0% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi, 10.0% si
Cpu4  :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu5  :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu6  :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu7  :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu8  :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu9  : 80.0% us, 10.0% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi, 10.0% si
Cpu10 : 100.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu11 :  0.0% us,  0.0% sy,  0.0% ni, 100.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu12 : 72.7% us, 18.2% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  9.1% si
Cpu13 : 80.0% us, 10.0% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi, 10.0% si
Cpu14 : 88.9% us, 11.1% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu15 : 88.9% us, 11.1% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu16 : 80.0% us, 10.0% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi, 10.0% si
Cpu17 : 80.0% us, 10.0% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi, 10.0% si
Cpu18 : 80.0% us, 20.0% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu19 : 88.9% us, 11.1% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  0.0% si
Cpu20 : 72.7% us, 18.2% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  9.1% si
Cpu21 : 81.8% us,  9.1% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  9.1% si
Cpu22 : 77.8% us, 11.1% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi, 11.1% si
Cpu23 : 72.7% us, 18.2% sy,  0.0% ni,  0.0% id,  0.0% wa,  0.0% hi,  9.1% si
Mem:  98998188k total,  7061404k used, 91936784k free,   119596k buffers
Swap:  8289532k total,        0k used,  8289532k free,  4900052k cached
[test3-p@node1 ~]$ cat /etc/redhat-release
Red Hat Enterprise Linux AS release 4 (Nahant Update 7
注意你安装的时候，调整你的内核参数；
看看这个机器，使用的是RHEL 4.7
有6个4核心的CPU， 96GiB内存，
高斯作业可以同时使用这24个CPU (效率比16个快不了多少)

ELlargesmp 这个是大内存支持！
我没有做过，不知道如何弄出来这个....
我用的机器，都没有这么大内存的...
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
10楼2009-12-27 09:06:56
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