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oilseed6059

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何从拟南芥基因序列找到油菜的基因序列

现我需要做油菜中抗镉和盐基因RT-PCR,在拟南芥中找到了一些基因(例如,抗镉基因:AT2G19110 即 ATHMA4),如何找该基因对应的油菜的基因序列,使用该基因的DNA序列还是cDNA序列在油菜基因组中找?
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zzw1221

木虫 (著名写手)

找兼并引物同源克隆比较简单,但是这个基因的未知性不是很清楚,一楼说的同源克隆的方法很全了。如果做cDNA-AFLP差异显示工作量增大,但是往往会有不错的结果,建议先同源试试,毕竟简单!
5楼2009-12-21 14:34:29
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stelyo

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+3,VIP+0): 12-20 20:30
oilseed6059(金币+8,VIP+0):很详细,研究研究 12-21 12:36
找到油菜的各种库,用找到的拟南芥基因与油菜的库比对。cDNA比cDNA,DNA比DNA,或与Unic Gene比,也可以比蛋白库,设计兼并引物。做RT的话,还是cDNA好一些吧。得到的序列再进一步分析。得到的序列可以在有关抗盐的油菜芯片中查找,看有没有找到的序列信息。如果通过拟南芥比对找到的序列在芯片中也有那这个基因就很有可能是跟抗盐相关的了。当然还可以把它设计成标记,跟表型挂钩。实在不行还可以cDNA-AFLP筛标记嘛。
2楼2009-12-20 17:20:54
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割麦者

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
oilseed6059(金币+3,VIP+0):谢谢 12-21 12:35
楼上的说的很全了
你可以查查拟南芥中有没有相关抗性基因的分子标记
有的话直接用于筛选油菜的相关基因
3楼2009-12-21 09:58:55
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liyong1981

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
oilseed6059(金币+3,VIP+0):我不是华中的,ZJU的 12-21 12:35
楼主是华中农业大学的吧?师从那位?做油菜没有比这个学校强的了、
4楼2009-12-21 11:30:32
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