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oilseed6059

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助/交流】如何从拟南芥基因序列找到油菜的基因序列

现我需要做油菜中抗镉和盐基因RT-PCR，在拟南芥中找到了一些基因（例如，抗镉基因：AT2G19110 即 ATHMA4），如何找该基因对应的油菜的基因序列，使用该基因的DNA序列还是cDNA序列在油菜基因组中找？

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西达本胺：创新HDAC抑制剂的抗肿瘤之路已经有0人回复

1楼 2009-12-20 15:34:48

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stelyo

新虫 (初入文坛)

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amisking(金币+3,VIP+0): 12-20 20:30
oilseed6059(金币+8,VIP+0):很详细，研究研究 12-21 12:36

找到油菜的各种库，用找到的拟南芥基因与油菜的库比对。cDNA比cDNA,DNA比DNA，或与Unic Gene比，也可以比蛋白库，设计兼并引物。做RT的话，还是cDNA好一些吧。得到的序列再进一步分析。得到的序列可以在有关抗盐的油菜芯片中查找，看有没有找到的序列信息。如果通过拟南芥比对找到的序列在芯片中也有那这个基因就很有可能是跟抗盐相关的了。当然还可以把它设计成标记，跟表型挂钩。实在不行还可以cDNA-AFLP筛标记嘛。