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arthurii木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】Autodock在run dock时提示缺乏AD4.1_bound.dat
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Parameters for the atom type "Q" were initialised with the following default values: R-eqm = 4.00 Angstrom, weighted epsilon = 0.025, At.frag.vol. = 33.510, At.solv.par. = -0.001, Hb R-eqm = 0.000, weighted Hb epsilon = 0.000, Hb type = 0, bond index = 0 Preparing Energy Tables for Bound Calculation: Calculating distance-dependent dielectric function using the method of Mehler & Solmajer Preparing Energy Tables for Unbound Calculation: Calculating distance-dependent dielectric function using the method of Mehler & Solmajer ___________________________________________________ PARSING INPUT DOCKING PARAMETER FILE ___________________________________________________ Docking parameter file (DPF) used for this docking: first.dpf DPF> outlev 1 # diagnostic output level Output Level = 1. MINIMUM OUTPUT DURING DOCKING. Output every 100 generations. DPF> parameter_file AD4.1_bound.dat # parameter library filename Sorry, I can't find or open AD4.1_bound.dat Using read_parameter_library() to try to open and read "AD4.1_bound.dat". Sorry, I can't find or open AD4.1_bound.dat 以上是最后一部分的信息，使用的软件版本：Windows XP sp3，python-2.5.4，MGLTools-1.5.2，autodock4.exe（4.2.1），在默认路径下运行。cygwin使用在线安装的。 求教！ 谢谢！！ |
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arthurii
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3楼2009-12-18 19:44:44
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-21 10:11
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你的autodock是不是从源码编译的？如果是的话，你可能没有加入AD4.1bond.dat这个文件。 如果是预编译的话，很可能你下载的是个bug版本，建议你重新下载一个新的: http://autodock.scripps.edu/down ... -4-2-download-page/ |
2楼2009-12-18 18:00:24
javacfish
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这个问题，关键看你的需求了，Autodock3.05是要写纸质申请的。 他们用的算法是相同的，但是autodock4的打分方式有所提升，考虑到去溶剂化效应。它们在使用算法上不会有太的差别，只不过，autodock3.05有些功能4没有，但是和无所谓，autodock4+MGLTOOLS基本上都能满足大家的需求了。 [ Last edited by javacfish on 2009-12-18 at 20:24 ] |
4楼2009-12-18 20:17:10
arthurii
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