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britney137803

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于蛋白质或肽的结构模拟!高手请进!!

第一次在这个版块发帖,对分子模拟不大了解
问题可能很简单,希望高手能够给予指导
我现在想设计一个实验,将蛋白质与一个小分子进行结合
蛋白质的组成已知,小分子物质结构也已知
但不知道两者是否有结合可能性
所以想问问大家分子模拟是否可以给出两者结合的概率?
如果可以,分子模拟是不是只适用于一种介质?
也就是说,如果分子模拟是假设结合反应结合发生在水中
若我实际上使用有机溶剂,模拟所得出来的结果是不是就没有参考价值了?
谢谢大家了
实在想的没有头绪了,希望大家能够帮忙!
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
britney137803(金币+1,VIP+0):谢谢,你的意思是可以计算的是吗?那用什么软件呢? 12-17 20:57
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-21 10:07
可以通过计算结合自由能表征结合的概率.这个可以用多种方法计算.
分子模拟采用的是显式溶剂模型, 研究水溶液中的反应就加大量的水进去;
研究有机溶剂就加大量的有机小分子进去,只要有合适的力场即可.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-12-17 at 20:46 ]
2楼2009-12-17 20:45:41
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wmh820312

木虫 (著名写手)

★ ★
britney137803(金币+1,VIP+0):谢谢交流,能具体说明吗? 12-18 12:39
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-21 10:07
应该可以试试蛋白对接吧
是不是对节后再进行动力学呢?
我也想知道怎么设计
3楼2009-12-17 21:46:55
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
britney137803(金币+1,VIP+0):很高深的样子,从没接触过模拟,能不能再说详细一点呢?谢谢了!! 12-18 12:39
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-21 10:08
gmx 和 namd 是这个课题的首选.
4楼2009-12-18 11:00:23
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