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britney137803

至尊木虫 (著名写手)

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专业: 食品科学基础

[交流] 【求助】关于蛋白质或肽的结构模拟！高手请进！！

第一次在这个版块发帖，对分子模拟不大了解
问题可能很简单，希望高手能够给予指导
我现在想设计一个实验，将蛋白质与一个小分子进行结合
蛋白质的组成已知，小分子物质结构也已知
但不知道两者是否有结合可能性
所以想问问大家分子模拟是否可以给出两者结合的概率？
如果可以，分子模拟是不是只适用于一种介质？
也就是说，如果分子模拟是假设结合反应结合发生在水中
若我实际上使用有机溶剂，模拟所得出来的结果是不是就没有参考价值了？
谢谢大家了
实在想的没有头绪了，希望大家能够帮忙！

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1楼 2009-12-17 20:33:24

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

★ ★ ★ ★
britney137803(金币+1,VIP+0):谢谢，你的意思是可以计算的是吗？那用什么软件呢？ 12-17 20:57
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-21 10:07

可以通过计算结合自由能表征结合的概率.这个可以用多种方法计算.
分子模拟采用的是显式溶剂模型, 研究水溶液中的反应就加大量的水进去;
研究有机溶剂就加大量的有机小分子进去,只要有合适的力场即可.

[ Last edited by bay__gulf on 2009-12-17 at 20:46 ]