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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】如何固定某几个原子不动？
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢解惑 12-19 15:06
DLPOLY2 和DLPOLY3不存在谁的版本高的问题，它们可以看成是看上去很相似的两件软件，它们都在分别更新。它们的区别主要在于并行算法的设计。DLPOLY3是为了更大规模的计算而开发的。一般情况下，DLPOLY2就比较适用。
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11楼2009-12-19 09:09:33
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skfire

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
有人可以确切说明一下如何固定 dlpoly 的原子吗 ?
谢谢~~
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12楼2010-06-06 21:26:50
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-07 10:34:20
引用回帖:
Originally posted by skfire at 2010-06-06 21:26:50:
有人可以确切说明一下如何固定 dlpoly 的原子吗 ?
谢谢~~

FIELD文件中atoms 一栏中 令ifrz>0。谢谢。
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13楼2010-06-07 08:36:07
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skfire

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
感谢~~来尝试看看~~^^
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14楼2010-06-07 09:55:07
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skfire

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我把 field 文件 atom 一栏后面加  ifrz>0
结果似乎还是没能把分子固定住
-------------------------------------------------------
ATOMS     65    ifrz>0
-------------------------------------------------------
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15楼2010-06-08 09:49:25
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-08 12:09:13
引用回帖:
Originally posted by skfire at 2010-06-08 09:49:25:
我把 field 文件 atom 一栏后面加  ifrz>0
结果似乎还是没能把分子固定住
-------------------------------------------------------
ATOMS     65    ifrz>0
--------------------------------------- ...



哪有你那样写的。你看看Manual再写好不好。
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16楼2010-06-08 10:07:52
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skfire

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
manual 几行英文实在有点难懂~~?_?
麻烦老虎大能说明白些
我再继续尝试一下
成功再与各位分享~~^^
谢谢!!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
DL POLY 2 also allows atoms to be completely immobilised (i.e. “frozen” at a fixed point in theMD cell). This is achieved by setting all forces and velocities associated with that atom to zeroduring each MD timestep. Frozen atoms are signalled by assigning an atom a non-zero value forthe freeze parameter in the FIELD file. DL POLY 2 does not calculate contributions to the virialor the stress tensor arising from the constraints required to freeze atomic positions. In DL POLY 2the frozen atom option cannot be used for sites in a rigid body. As with the tethering potential,the reference position is scaled with the cell vectors in constant pressure simulations.In DL POLY 2 the frozen atom option is handled by the subroutine freeze.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
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17楼2010-06-08 10:57:17
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-08 12:09:24
Please看看FIELD文件的写法。

ifrz是一个数，你设置它是一个大于0的数就可以了。
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18楼2010-06-08 11:03:05
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skfire

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
原来如此~~
我试看看~~
谢谢!!
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19楼2010-06-08 14:13:25
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jiangtao9571

新虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-30 14:20:04
fix rigid 可以实现原子不动
引用回帖:
Originally posted by neweroica at 2009-12-14 23:54:27:
刚接触LAMMPS，有一个问题想请教大家：

我想在整个MD模拟过程中，固定某几个原子始终不动，请问该如何实现？ 具体用什么命令和关键词？  谢谢！！！

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20楼2010-06-30 12:43:02
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