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neweroica木虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】如何固定某几个原子不动？ 已有3人参与
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刚接触LAMMPS，有一个问题想请教大家： 我想在整个MD模拟过程中，固定某几个原子始终不动，请问该如何实现？ 具体用什么命令和关键词？ 谢谢！！！ |
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manual 几行英文实在有点难懂~~?_? 麻烦老虎大能说明白些 我再继续尝试一下 成功再与各位分享~~^^ 谢谢!! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- DL POLY 2 also allows atoms to be completely immobilised (i.e. “frozen” at a fixed point in theMD cell). This is achieved by setting all forces and velocities associated with that atom to zeroduring each MD timestep. Frozen atoms are signalled by assigning an atom a non-zero value forthe freeze parameter in the FIELD file. DL POLY 2 does not calculate contributions to the virialor the stress tensor arising from the constraints required to freeze atomic positions. In DL POLY 2the frozen atom option cannot be used for sites in a rigid body. As with the tethering potential,the reference position is scaled with the cell vectors in constant pressure simulations.In DL POLY 2 the frozen atom option is handled by the subroutine freeze. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ |
17楼2010-06-08 10:57:17
老虎大王
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这个有多种方法可以实现。 首先你把这几个原子放在一个group里面（比如group1），把其它原子放在另外的group（比如group2)里面。然后，你至少可以选择如下几种方法： 1. 运动方程不对这几个原子积分, 只对group2积分（但我不能确定这个时候group1里面的原子对其它原子的力的作用是否还存在（你可以作一个测试，对于一个构型手工计算一下这几个原子旁边的某一原子的势能，和程序输出的该原子的势能比较一下——用computer pe/atom命令） 2. 运动方程对所有原子积分，但是对group1里面的原子，每一步都标定它的速度，让它们的速度（或温度）为零。 3. 运动方程对所有原子积分，令group1里面的原子的初速度为零，然后用 fix setforce命令，把它们的受力搞成零。 [ Last edited by 老虎大王 on 2009-12-15 at 09:03 ] |
2楼2009-12-15 09:01:58
老虎大王
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3楼2009-12-15 09:12:48
neweroica
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非常感谢老虎大王！！！ 1. setforce好像不管用。在run之后，原子位置还是随着timestep发生变化。 2. run 100000 every 1 set group s vx 0 vy 0 vz 0管用。 但我还有个问题： 因为我将每个分子都是为一个刚体，但同时又想对系统施加NVT，所以我用了两个fix来实现： fix 1 all nvt 300.0 300.0 100.0 fix 2 all rigid group 2 mol1 mol2 但是运行后却出现警告： WARNING: One or more atoms are time integrated more than once 请问这个问题该怎么解决？ |
4楼2009-12-15 19:31:25