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neweroica木虫 (著名写手)
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【求助】如何固定某几个原子不动？ 已有3人参与
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刚接触LAMMPS，有一个问题想请教大家： 我想在整个MD模拟过程中，固定某几个原子始终不动，请问该如何实现？ 具体用什么命令和关键词？ 谢谢！！！ |
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11楼2009-12-19 09:09:33
老虎大王
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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 12-15 09:19
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这个有多种方法可以实现。 首先你把这几个原子放在一个group里面（比如group1），把其它原子放在另外的group（比如group2)里面。然后，你至少可以选择如下几种方法： 1. 运动方程不对这几个原子积分, 只对group2积分（但我不能确定这个时候group1里面的原子对其它原子的力的作用是否还存在（你可以作一个测试，对于一个构型手工计算一下这几个原子旁边的某一原子的势能，和程序输出的该原子的势能比较一下——用computer pe/atom命令） 2. 运动方程对所有原子积分，但是对group1里面的原子，每一步都标定它的速度，让它们的速度（或温度）为零。 3. 运动方程对所有原子积分，令group1里面的原子的初速度为零，然后用 fix setforce命令，把它们的受力搞成零。 [ Last edited by 老虎大王 on 2009-12-15 at 09:03 ] |
2楼2009-12-15 09:01:58
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3楼2009-12-15 09:12:48
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非常感谢老虎大王！！！ 1. setforce好像不管用。在run之后，原子位置还是随着timestep发生变化。 2. run 100000 every 1 set group s vx 0 vy 0 vz 0管用。 但我还有个问题： 因为我将每个分子都是为一个刚体，但同时又想对系统施加NVT，所以我用了两个fix来实现： fix 1 all nvt 300.0 300.0 100.0 fix 2 all rigid group 2 mol1 mol2 但是运行后却出现警告： WARNING: One or more atoms are time integrated more than once 请问这个问题该怎么解决？ |
4楼2009-12-15 19:31:25