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yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
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[交流]
【量化版最重要的长期活动】各位理论高手，联合起来！
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我想，既然我们走到了一起，那么我们在量化版好好探讨理论问题是很好的，感谢emuch这个平台！想要加入这个活动的人，在此跟帖报名。放心，金币和vip那是大大的有！当然，我们来到小木虫绝不仅仅是为了一个虚拟的金币而已，我们感受的是每一步成长的喜悦。 coolrainbow专家提议http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1724268，我认为非常好非常好！还有，yzcluster专家，您的idea，也搬到这里来吧。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1715809 两个活动合二为一，成为我们正式建设“量子化学版基础理论基地”的宏壮前奏吧！ 报名者请简单介绍一下自己的研究方向，以及您擅长的领域或软件。至于真实身份就不必透漏了，呵呵 在量化这方面，Gaussian软件确实起了很大的作用，他简单易学，使得毫无量化基础的人可以很快上手，一般不到一个月就可以做相当复杂的计算，为计算的普及做了极大的贡献。 不幸的是，这个Gaussian的优点也正是他的缺点。正是因为他好用，使得搞计算的人中出现了一批批的“Gaussian机器人”，一开机，胡选个方法基组就开始opt-freq-sp这个套路，然后拿出一堆能量一减，就开始攒文章。至于其中的原理，甚至是常识性的基本原理，几乎就不懂。举几个例子，我知道某个搞分析的，想在文章里加个计算，学了几天Gaussian，算了一堆水簇，化了两个多月，结果文章一投就被编辑鄙视了回来：基组没加极化函数！还有小卒举过的一个例子，什么算过渡态，结果反应物和生成物没有优化～像这种错误简直是让人无语。这不由得人思考：为什么搞有机的愿意花费很长时间去学习NMR、XRD、色谱这样的分析技术，而很多搞物化的却不愿意静下心来研究下计算的理论、Linux的操作？ 按大多数人的说法，这是因为化学的天生对数学有抵触情绪。我觉得不完全对.我的一个搞超分子的师兄，为了测定超分子的解离常数，专门化了一周跟人学核磁滴定去，把其中的理论、操作的流程及注意事项连参考文献都总结的非常全面，简直成为了他们组的一个“红宝书”。为什么？我觉得是因为nmr滴定，从治样到操作仪器到数据分析必须要有人的全程参与，他不把东西吃透了根本无法研究。相反，计算的东西，对于Gaussian 而言，win下写几个字一点按钮就一切OK了，根本不用研究者操心。因此，就造就了一大群所谓的“Gaussian机器人”。这就是黑箱的缺点。 可是，计算中真的有黑箱吗？所谓的黑箱，实际是指计算实现细节是可以不由研究人员参与的，而并不是说计算的理论常识可以一窍不通。比如上面的极化函数，以及Gaussian中的许多细微参数，如果不对理论有一点了解，根本无法理解其含义，也就不可能精确调控计算的细节，也就无法完成高水平的计算。去看看高档次的计算文章，人家的某些计算，单凭几个opt的参数是根本实现不了的，必须设置非常细微的Iop（如果人家用的是Gaussian），这些在文章里通常是不会给出的，是需要对物理本质和底层理论有一定理解才能做的的。如果转向Molpro这种软件，如果不懂理论，他那个说明书你可能一个字都看不懂 所以，对于专门搞计算且以后打算搞科研的，还是应当拿出一段时间学学理论，到那时，你会发现读起Gaussian的说明书就会容易的多，对那些参数的理解也会与没学过理论时不同，发现“Error termination”时，可以根据某些信息就可以自己判断出出错的原因，而不用到处去找人问，可以大大提高学习的效率。 说实在的，我觉得我成为专家顾问了，就该为大家干点什么。最近看了几个贴，发现很多虫子对理论也发生了兴趣，感觉很高兴，找到了知音。因为我学过一段时间的理论，所以我也想给大家做点贡献，我初步设想，版主支持下，在周日开一个类似置顶的活动贴（像以前的NAMD、Gaussian FAQ一样），开一个“理论FAQ”，由虫子们提问，由其他几位大牛和我（我就不揣鄙陋了）给大家回答，方向是量子化学从头算、密度泛函、势能面等等理论的问题，理论的学习方法，参考书，linux的东西等，不知道大家支持不支持？ 我觉得数学上的东西可以放一放，如果讨论数学能讨论什么，泛函分析还是实变函数？如果非要讨论，群论倒是不错的。当然主要指群论的应用，比如可以限定在空间群跟点群（主要是不可约表示跟物理化学性质的联系）方面，连续群比如李群之类可以先放放。电动力学也是没有必要的，量子力学还可以讨论一点，但主要是量子力学的应用-量子化学。另外，编程也可以讨论，因为很多人对编程还是很感兴趣的，比如偶。虽然偶没有编过大型程序，但是几百行的小程序还是编过的。 分子模拟（例如MC或是MD）可以暂时不包括，但是固体量化是可以包括的。因为分子或是固体只是不同形态的物体，没有本质区别，只是描述方式有所不同。至于多维动力学本人没有关注这方面的东西，不多说。 其实，咱们量化版中，理论高手是很多的。平时感觉不出来，但是看看这个帖子，我们就知道了量化版潜伏着多少理论高手！！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1701367 我想，既然我们走到了一起，那么我们在量化版好好探讨理论问题是很好的，感谢emuch这个平台！！想要加入这个活动的人，在此跟帖报名。放心，金币和vip那是大大的有！当然，我们来到小木虫绝不仅仅是为了一个虚拟的金币而已，我们感受的是每一步成长的喜悦。 还有，yzcluster专家，您的idea，也搬到这里来吧。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1715809 两个活动合二为一，成为我们正式建设“量子化学版基础理论基地”的宏壮前奏吧！ 报名者请简单介绍一下自己的研究方向，以及您擅长的领域或软件。至于真实身份就不必透漏了，呵呵 最后，小卒我篡改一下《国际歌》 从来就没有什么救世主，也不靠神仙皇帝。 要学习量化的深层，全靠我们自己！ 我们要珍惜学习条件，让思想冲破牢笼。 快把那炉火烧的通红，趁热打铁才能成功！ 这是艰苦的斗争，团结起来到明天， JACS和Angew就一定要实现。 这是艰苦的斗争，团结起来到明天， JACS和Angew就一定要实现。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-11 at 21:17 ] |
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理论化学原理与应用（帅志刚
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目录 序一 序二 主编者的话 各章(节)编写人员 第0章 理论化学概论 帅志刚 邵久书 0.1 引言 0.2 量子化学 0.3 化学动力学和统计力学 0.4 理论与计算化学应用 0.5 展望 参考文献 第一篇 电子结构理论 第1章 密度泛函理论及其数值方法 1.1 密度泛函理论基本概念 1.2 交换关联能量泛函 1.3 含时密度泛函理论 1.4 密度泛函理论的扩展形式 1.5 离散方法 1.6 线性标度计算方法 1.7 密度泛函理论的应用 参考文献 第2章 相对论量子化学基本原理及相对论密度泛函理论 刘文剑 2.1 引言 2.2 相对论量子化学方法与变分原理 2.3 矩阵表示 2.4 相对论密度泛函理论 2.5 结论与展望 参考文献 第3章 概念密度泛函理论与浮动电荷分子力场 杨忠志 3.1 概念密度泛函理论 3.2 分子力学 3.3 分子动力学模拟简述 3.4 ABEEM/MM浮动电荷蛋白质力场模型 3.5 ABEEM/MM蛋白质力场模拟分子构象 3.6 实际蛋白质分子Crambin结构模拟 参考文献 第4章 耦合簇方法的研究进展 黎书华 帅志刚 4.1 引言 4.2 单参考耦合簇方法的基本原理 4.3 单参考耦合簇方法的线性标度算法 4.4 一种新的多参考耦合簇理论——块相关耦合簇方法 4.5 运动方程耦合簇方法 4.6 总结与展望 参考文献 第5章 多参考态组态相互作用 文振翼 王育彬 5.1 引言 5.2 组态函数和组态相互作用方法 5.3 CI的酉群算法 5.4 近似MRCI方法 5.5 Xi’an-CI程序 5.6 基于Slater行列式的CI方法 5.7 单参考态与多参考态方法的比较 5.8 MRCI方法展望 附录 参考文献 第6章 密度矩阵重整化群与半经验价键理论刘春根 武 剑 帅志刚 6.1 引言 6.2 价键理论在半经验模型中的应用 6.3 密度矩阵重整化群方法 6.4 DMRG在共轭体系的价键理论计算中的应用 6.5 DMRG在共轭体系的PPP模型计算中的应用 6.6 对称化DMRG与共轭高分子激发态结构 6.7 总结与展望 参考文献 第二篇 化学动力学和光谱及统计力学 第7章 多原子分子振转光谱的精确量子力学研究 周燕子 冉翃 谢代前 7.1 多原子分子核运动动能算符的量子力学表达式 7.2 有限基组表象与离散变量表象 7.3 求解大型稀疏矩阵本征问题的Lanczos递推算法 7.4 光谱强度的计算 7.5 振动共振态的计算 7.6 应用 参考文献 第8章 分子反应动力学的含时波包与非绝热过程理论 韩克利 楚天舒 张岩 8.1 绝热含时波包理论 8.2 化学反应的绝热及非绝热效应 8.3 非绝热含时波包理论 8.4 非绝热量子含时波包理论在化学反应中的应用 参考文献 第9章 实时和虚时量子演化半经典近似 邵久书 9.1 概论 9.2 半经典传播子 9.3 无指前因子的FBSD方法 9.4 热平衡算符的时间演化高斯近似TEGA 9.5 结论和展望 参考文献 第10章 化学反应速率常数的量子瞬子理论 赵 仪 王文己 10.1 引言 10.2 瞬子理论 10.3 QI理论 10.4 QI理论的应用 10.5 总结 附录 参考文献 第11章 量子耗散体系随机描述方法 邵久书 周匀 11.1 概论 11.2 量子耗散体系的随机描述 11.3 级联方程组方法、混合随机-确定性方法和可变随机-确定性方法 11.4 自旋-玻色模型在零温度下的耗散动力学 11.5 总结和展望 附录 随机过程、随机微积分的一些基本概念 参考文献 第12章 量子耗散动力学理论介绍徐瑞雪 严以京 12.1 引言 12.2 线性响应理论与相关函数 12.3 影响泛函路径积分 12.4 Brown振子体系 12.5 通过路径积分求导建立微分量子耗散方程 12.6 小结 附录 附录A Brown振子体系的路径积分 附录B 方程(12.66)的推导 参考文献 第13章 非平衡非线性化学动力学 侯中怀 辛厚文 13.1 非线性化学动力学简介 13.2 噪声和无序的积极作用 13.3 介观化学振荡体系中的内涨落效应 13.4 总结和展望 参考文献 第三篇 理论与计算化学应用 第14章 有机电子学材料的理论化学研究 帅志刚 彭 谦 陈丽平 王林军 杨笑迪 14.1 引言 14.2 光吸收与光发射谱的基本特征 14.3 高分子电致发光内量子效率可以超过25\%的自旋统计极限 14.4 预测分子发光效率的理论方法 14.5 有机电子输运的小极化子模型与第一性计算 14.6 局域电子传输理论——Marcus电荷转移与扩散 14.7 总结与展望 参考文献 第15章 有机分子非线性光吸收理论 帅志刚 朱凌云 易院平 15.1 引言 15.2 张量方法研究卟啉类化合物的多光子吸收性质 15.3 修正矢量方法及其在共轭分子的多光子吸收的应用 15.4 总结与展望 参考文献 第16章 酶的结构及催化反应机理 吕文彩 李泽生 16.1 引言 16.2 酶的结构与功能 16.3 蛋白质三维结构预测 16.4 蛋白质活性位点的预测及酶催化反应的反应机理 16.5 展望 参考文献 第17章 多相催化理论模拟：现代簇模型方法 17.1 引言 17.2 表面理论研究 17.3 金属簇模型方法 17.4 金属氧化物簇模型方法 17.5 结语和展望 参考文献 第18章 高分子材料的理论研究：从单分子链到分子聚集体 马晶 18.1 引言 18.2 窄能隙共轭高分子材料的理论设计 18.3 分子间相互作用：分子模拟在凝聚相体系中的应用 18.4 基于有机高聚物的pn结 18.5 其他固体表面体系 18.6 挑战与展望 参考文献 |
23楼2009-12-11 22:19:12
2楼2009-12-11 19:19:54
ice_rain
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3楼2009-12-11 19:37:17
zhangmt
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报名报名，不收报名费吧，我是来学习的。 之所以敢乱说，是想暴露错误的观点请方家指正的。 本科分析专业，接触的原子发射光谱。 硕士物化专业，做有机小分子模拟，其实就是编写软件，类似givew一类的人机图形化界面，博士有机专业，不过还是编程，数据处理，数据挖掘一类的。十几年没操作过化学实验了，每天接触的都是计算机。知识陈旧了，刚步入量化计算，做金属有机模拟，学gaussian不到一年。希望能跟大家共同进步。知无不言，言无不尽，说错的地方请不吝指教。 [ Last edited by zhangmt on 2009-12-11 at 19:51 ] |
4楼2009-12-11 19:49:43