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yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
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[交流]
【量化版最重要的长期活动】各位理论高手，联合起来！
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我想，既然我们走到了一起，那么我们在量化版好好探讨理论问题是很好的，感谢emuch这个平台！想要加入这个活动的人，在此跟帖报名。放心，金币和vip那是大大的有！当然，我们来到小木虫绝不仅仅是为了一个虚拟的金币而已，我们感受的是每一步成长的喜悦。 coolrainbow专家提议http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1724268，我认为非常好非常好！还有，yzcluster专家，您的idea，也搬到这里来吧。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1715809 两个活动合二为一，成为我们正式建设“量子化学版基础理论基地”的宏壮前奏吧！ 报名者请简单介绍一下自己的研究方向，以及您擅长的领域或软件。至于真实身份就不必透漏了，呵呵 在量化这方面，Gaussian软件确实起了很大的作用，他简单易学，使得毫无量化基础的人可以很快上手，一般不到一个月就可以做相当复杂的计算，为计算的普及做了极大的贡献。 不幸的是，这个Gaussian的优点也正是他的缺点。正是因为他好用，使得搞计算的人中出现了一批批的“Gaussian机器人”，一开机，胡选个方法基组就开始opt-freq-sp这个套路，然后拿出一堆能量一减，就开始攒文章。至于其中的原理，甚至是常识性的基本原理，几乎就不懂。举几个例子，我知道某个搞分析的，想在文章里加个计算，学了几天Gaussian，算了一堆水簇，化了两个多月，结果文章一投就被编辑鄙视了回来：基组没加极化函数！还有小卒举过的一个例子，什么算过渡态，结果反应物和生成物没有优化～像这种错误简直是让人无语。这不由得人思考：为什么搞有机的愿意花费很长时间去学习NMR、XRD、色谱这样的分析技术，而很多搞物化的却不愿意静下心来研究下计算的理论、Linux的操作？ 按大多数人的说法，这是因为化学的天生对数学有抵触情绪。我觉得不完全对.我的一个搞超分子的师兄，为了测定超分子的解离常数，专门化了一周跟人学核磁滴定去，把其中的理论、操作的流程及注意事项连参考文献都总结的非常全面，简直成为了他们组的一个“红宝书”。为什么？我觉得是因为nmr滴定，从治样到操作仪器到数据分析必须要有人的全程参与，他不把东西吃透了根本无法研究。相反，计算的东西，对于Gaussian 而言，win下写几个字一点按钮就一切OK了，根本不用研究者操心。因此，就造就了一大群所谓的“Gaussian机器人”。这就是黑箱的缺点。 可是，计算中真的有黑箱吗？所谓的黑箱，实际是指计算实现细节是可以不由研究人员参与的，而并不是说计算的理论常识可以一窍不通。比如上面的极化函数，以及Gaussian中的许多细微参数，如果不对理论有一点了解，根本无法理解其含义，也就不可能精确调控计算的细节，也就无法完成高水平的计算。去看看高档次的计算文章，人家的某些计算，单凭几个opt的参数是根本实现不了的，必须设置非常细微的Iop（如果人家用的是Gaussian），这些在文章里通常是不会给出的，是需要对物理本质和底层理论有一定理解才能做的的。如果转向Molpro这种软件，如果不懂理论，他那个说明书你可能一个字都看不懂 所以，对于专门搞计算且以后打算搞科研的，还是应当拿出一段时间学学理论，到那时，你会发现读起Gaussian的说明书就会容易的多，对那些参数的理解也会与没学过理论时不同，发现“Error termination”时，可以根据某些信息就可以自己判断出出错的原因，而不用到处去找人问，可以大大提高学习的效率。 说实在的，我觉得我成为专家顾问了，就该为大家干点什么。最近看了几个贴，发现很多虫子对理论也发生了兴趣，感觉很高兴，找到了知音。因为我学过一段时间的理论，所以我也想给大家做点贡献，我初步设想，版主支持下，在周日开一个类似置顶的活动贴（像以前的NAMD、Gaussian FAQ一样），开一个“理论FAQ”，由虫子们提问，由其他几位大牛和我（我就不揣鄙陋了）给大家回答，方向是量子化学从头算、密度泛函、势能面等等理论的问题，理论的学习方法，参考书，linux的东西等，不知道大家支持不支持？ 我觉得数学上的东西可以放一放，如果讨论数学能讨论什么，泛函分析还是实变函数？如果非要讨论，群论倒是不错的。当然主要指群论的应用，比如可以限定在空间群跟点群（主要是不可约表示跟物理化学性质的联系）方面，连续群比如李群之类可以先放放。电动力学也是没有必要的，量子力学还可以讨论一点，但主要是量子力学的应用-量子化学。另外，编程也可以讨论，因为很多人对编程还是很感兴趣的，比如偶。虽然偶没有编过大型程序，但是几百行的小程序还是编过的。 分子模拟（例如MC或是MD）可以暂时不包括，但是固体量化是可以包括的。因为分子或是固体只是不同形态的物体，没有本质区别，只是描述方式有所不同。至于多维动力学本人没有关注这方面的东西，不多说。 其实，咱们量化版中，理论高手是很多的。平时感觉不出来，但是看看这个帖子，我们就知道了量化版潜伏着多少理论高手！！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1701367 我想，既然我们走到了一起，那么我们在量化版好好探讨理论问题是很好的，感谢emuch这个平台！！想要加入这个活动的人，在此跟帖报名。放心，金币和vip那是大大的有！当然，我们来到小木虫绝不仅仅是为了一个虚拟的金币而已，我们感受的是每一步成长的喜悦。 还有，yzcluster专家，您的idea，也搬到这里来吧。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1715809 两个活动合二为一，成为我们正式建设“量子化学版基础理论基地”的宏壮前奏吧！ 报名者请简单介绍一下自己的研究方向，以及您擅长的领域或软件。至于真实身份就不必透漏了，呵呵 最后，小卒我篡改一下《国际歌》 从来就没有什么救世主，也不靠神仙皇帝。 要学习量化的深层，全靠我们自己！ 我们要珍惜学习条件，让思想冲破牢笼。 快把那炉火烧的通红，趁热打铁才能成功！ 这是艰苦的斗争，团结起来到明天， JACS和Angew就一定要实现。 这是艰苦的斗争，团结起来到明天， JACS和Angew就一定要实现。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-11 at 21:17 ] |
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 第一性原理 |
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zhangmt
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报名报名，不收报名费吧，我是来学习的。 之所以敢乱说，是想暴露错误的观点请方家指正的。 本科分析专业，接触的原子发射光谱。 硕士物化专业，做有机小分子模拟，其实就是编写软件，类似givew一类的人机图形化界面，博士有机专业，不过还是编程，数据处理，数据挖掘一类的。十几年没操作过化学实验了，每天接触的都是计算机。知识陈旧了，刚步入量化计算，做金属有机模拟，学gaussian不到一年。希望能跟大家共同进步。知无不言，言无不尽，说错的地方请不吝指教。 [ Last edited by zhangmt on 2009-12-11 at 19:51 ] |
4楼2009-12-11 19:49:43
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