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xinying7006

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】未知序列如何测得基因全长?如何从全长中筛选目的基因

对研究对象的基因测序背景一无所知,目的基因序列未知,想得到其全长并分析基因表达情况及功能,请各位高手不吝赐教,十分感谢  感谢~~~
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tianpingpe

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+3,VIP+0):谢谢交流 12-11 19:06
你的问题好笼统,一般情况是将你要做的东西,丢到ncbi里面进行搜索,然后收集序列,最好选择与你做的基因的来源亲缘关系近的物种,选择出来后在ncbi中进行blast进行比对,然后找到保守序列,设计简并引物,可以从基因组中扩增也可以从rna进行扩增,如果扩增的得到的不是全基因序列,可以用walking等方法扩增得到全基因序列。得到序列后你就可以进行转化表达,分析功能了
如果你的东西DNA水平的同源性比较低的话,就要多找很多序列进行分析,然后找到比较保守的block区域。可以用codehop在线网站进行block的寻找和简并引物的设计
2楼2009-12-11 18:13:50
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695

木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by tianpingpe at 2009-12-11 18:13:
你的问题好笼统,一般情况是将你要做的东西,丢到ncbi里面进行搜索,然后收集序列,最好选择与你做的基因的来源亲缘关系近的物种,选择出来后在ncbi中进行blast进行比对,然后找到保守序列,设计简并引物,可以从 ...

very best, bless
3楼2009-12-11 18:55:08
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xinying7006

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tianpingpe at 2009-12-11 18:13:
你的问题好笼统,一般情况是将你要做的东西,丢到ncbi里面进行搜索,然后收集序列,最好选择与你做的基因的来源亲缘关系近的物种,选择出来后在ncbi中进行blast进行比对,然后找到保守序列,设计简并引物,可以从 ...

主要是亲缘物种没有可利用的相关信息,在ncbi中无相关资料。我有一点不太明白,请赐教:RACE法得到的全长序列是指基因组序列全长还是目的基因序列全长,谢谢了。对于测序前的工作思路已基本清晰,谢谢你。那测序后要怎么分析搞不清楚了,怎样确定我得到了目的基因序列全长。
4楼2009-12-13 09:39:26
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