应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】Dmol3总电荷密度怎么得到每个坐标所占有的电荷数
51/1返回列表
查看: 822  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 positron 的 32 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

positron

木虫 (职业作家)

[交流] 【讨论】Dmol3总电荷密度怎么得到每个坐标所占有的电荷数

真心求教

比如一个晶胞，Na单胞，体心立方，9个Na原子

Grid                          msbox  3       0.1500 0.1500 0.1500 3.0000

总电荷密度文件
DMol3 total electron density                  
(1p,e12.5)  
   4.300   4.300   4.300  90.000  90.000  90.000
   29   29   29
    1    0   29    0   29    0   29
5.64421E+03
4.34773E+01
1.62093E+01
5.40983E+00
1.68742E+00
5.41494E-01
1.89900E-01
7.98564E-02
4.45863E-02
3.30118E-02
2.89678E-02
2.72192E-02
2.61780E-02
2.54675E-02
2.50775E-02
………………

如何得到对应格点所分配的电荷数

单胞中的总电荷数应该是9*11呢，还是算平均一个胞有2个Na，总电荷数取2*11呢？

[ Last edited by positron on 2009-12-11 at 15:08 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-12-11 15:05:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+5,VIP+0):感谢acridine老兄指点 12-12 10:50
positron(金币+5,VIP+0):感谢acridine兄热心帮助，这个我之前试了，把每个格点的电荷密度值乘以格点体积【sum(:)*0.15^3】也不等于单胞内电荷数（均不等于99or22） 12-12 13:20
“每个坐标所占有的电荷数”这个说法好像不太合适。
我们知道在计算时晶格被划分N1*N2*N3的网格，电荷密度文件给出的是每个网格点所对应的电荷密度值。我想楼主的意思可能是希望得到每个网格内部的电荷数，那么把密度值乘以每个网格的体积应该可以得到近似的结果。当然，最后作为验证可以把所有网格内的电荷数加起来，看是否接近体系实际电荷数。
ps：楼主用的DMOL，有全电子计算选项。
但计算时要注意网格的数目，这个文件中第四行的： 29   29   29是描述XYZ方向的网格点数目，但我忘记这29里是否包括网格的零点了。可以在帮助文件中找到关于*.grd文件的介绍，里面有详细的解释
赞一下(19人) 回复此楼
3楼2009-12-11 16:53:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
positron(金币+5,VIP+0):谢谢天蝎版版，是出于计算势能的需要，才想知道每个格点的电荷数 12-12 13:16
记得超软赝势考虑Na的电子组态是:2s2 2p6 3s1 ，共9个，而不是11个。楼主不会用的是全电子吧？
考虑的原子应是9个Na。
总原子数和电子数，结果文件里有。
至于每个坐标下也就是每个Na原子的电荷数，难道楼主的意思是把总电荷密度空间分隔为各个原子所属空间来算？我觉得楼主倒不如对每个Na原子的DOS积分分析一下，不知道楼主算这个的用途，呵呵
以上个人意见，不对的地方欢迎高手纠正指导。
赞一下(10人) 回复此楼
珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
2楼2009-12-11 15:55:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cationly

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+2,VIP+0):感谢cationly老兄参与讨论 12-12 10:50
positron(金币+5,VIP+0):感谢cationly兄参与讨论，应该是从（0，0，0）开始的 12-12 13:23
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2009-12-11 16:53:
“每个坐标所占有的电荷数”这个说法好像不太合适。
我们知道在计算时晶格被划分N1*N2*N3的网格，电荷密度文件给出的是每个网格点所对应的电荷密度值。我想楼主的意思可能是希望得到每个网格内部的电荷数，那么把 ...

想问一下，比如三个基矢长度为 a，b，c；晶格划分为N1*N2*N3的网格，那么这些格点具体坐标是什么样的，比如第一个点是（0，0，0）还是[a/(2*N1),b/(2*N2), c/(2*N3)] ?


比如对附件里面，二维的格子基矢长度为a和b，划分为4*4，应该是红色的，还是蓝色的选取方法？

[ Last edited by cationly on 2009-12-11 at 19:20 ]
赞一下(18人) 回复此楼
4楼2009-12-11 19:03:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+1,VIP+0):感谢参与 12-12 10:50
positron(金币+3,VIP+0):感谢热情，热心的给大家热心帮助，感谢 12-12 13:25
引用回帖:
Originally posted by cationly at 2009-12-11 19:03:


想问一下，比如三个基矢长度为 a，b，c；晶格划分为N1*N2*N3的网格，那么这些格点具体坐标是什么样的，比如第一个点是（0，0，0）还是[a/(2*N1),b/(2*N2), c/(2*N3)] ?


比如对附件里面，二维的格子基矢长 ...

这个应该要看文件的第五行，如果我没记错的话，这一行里面的0，29好像是第一个和最后一个点的坐标，具体的还是查看帮助文件中关于grd文件的介绍吧，里面介绍的很仔细。
赞一下(17人) 回复此楼
5楼2009-12-12 05:40:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭