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【讨论】Dmol3总电荷密度怎么得到每个坐标所占有的电荷数
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真心求教 比如一个晶胞，Na单胞，体心立方，9个Na原子 Grid msbox 3 0.1500 0.1500 0.1500 3.0000 总电荷密度文件 DMol3 total electron density (1p,e12.5) 4.300 4.300 4.300 90.000 90.000 90.000 29 29 29 1 0 29 0 29 0 29 5.64421E+03 4.34773E+01 1.62093E+01 5.40983E+00 1.68742E+00 5.41494E-01 1.89900E-01 7.98564E-02 4.45863E-02 3.30118E-02 2.89678E-02 2.72192E-02 2.61780E-02 2.54675E-02 2.50775E-02 ……………… 如何得到对应格点所分配的电荷数 单胞中的总电荷数应该是9*11呢，还是算平均一个胞有2个Na，总电荷数取2*11呢？ [ Last edited by positron on 2009-12-11 at 15:08 ] |
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aylayl08
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2楼2009-12-11 15:55:18
acridine
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aylayl08(金币+5,VIP+0):感谢acridine老兄指点 12-12 10:50
positron(金币+5,VIP+0):感谢acridine兄热心帮助，这个我之前试了，把每个格点的电荷密度值乘以格点体积【sum(:)*0.15^3】也不等于单胞内电荷数（均不等于99or22） 12-12 13:20
aylayl08(金币+5,VIP+0):感谢acridine老兄指点 12-12 10:50
positron(金币+5,VIP+0):感谢acridine兄热心帮助，这个我之前试了，把每个格点的电荷密度值乘以格点体积【sum(:)*0.15^3】也不等于单胞内电荷数（均不等于99or22） 12-12 13:20
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“每个坐标所占有的电荷数”这个说法好像不太合适。 我们知道在计算时晶格被划分N1*N2*N3的网格，电荷密度文件给出的是每个网格点所对应的电荷密度值。我想楼主的意思可能是希望得到每个网格内部的电荷数，那么把密度值乘以每个网格的体积应该可以得到近似的结果。当然，最后作为验证可以把所有网格内的电荷数加起来，看是否接近体系实际电荷数。 ps：楼主用的DMOL，有全电子计算选项。  但计算时要注意网格的数目，这个文件中第四行的： 29 29 29是描述XYZ方向的网格点数目，但我忘记这29里是否包括网格的零点了。可以在帮助文件中找到关于*.grd文件的介绍，里面有详细的解释 |
3楼2009-12-11 16:53:40
cationly
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aylayl08(金币+2,VIP+0):感谢cationly老兄参与讨论 12-12 10:50
positron(金币+5,VIP+0):感谢cationly兄参与讨论，应该是从（0，0，0）开始的 12-12 13:23
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positron(金币+5,VIP+0):感谢cationly兄参与讨论，应该是从（0，0，0）开始的 12-12 13:23
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想问一下，比如三个基矢长度为 a，b，c；晶格划分为N1*N2*N3的网格，那么这些格点具体坐标是什么样的，比如第一个点是（0，0，0）还是[a/(2*N1),b/(2*N2), c/(2*N3)] ? 比如对附件里面，二维的格子基矢长度为a和b，划分为4*4，应该是红色的，还是蓝色的选取方法？ [ Last edited by cationly on 2009-12-11 at 19:20 ] |
4楼2009-12-11 19:03:23
acridine
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5楼2009-12-12 05:40:01
cationly
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aylayl08(金币+1,VIP+0):感谢参与 12-12 10:50
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DMol里面的帮助，依然没看懂，网格格点到底怎么分布的 Example GRD file Each .grd file begins with a title, which is the descriptive of the volumetric field. A typical title would be "DMol3 total electron density". The second line of each file contains a FORTRAN format descriptor of the data as written by the program that generated it. This format is typically (1p,e12.5). The third line specifies the volume of space containing the data to be plotted: the cell lengths a, b, and c in Å, followed by the cell angles α, β, and γ. The unit cell is the size of the grid used for plotting. By convention, the first axis, a, is taken to be parallel to the Cartesian x axis. The fourth line indicates the number of grid spaces in each direction, a, b, and c. The fifth line contains seven integers indicating which index varies the fastest and the location of the Cartesian origin relative to the edges of the volumetric data. The first integer in the fifth line must be 1, corresponding to a, or 3, corresponding to b. The fastest varying index cannot be c. The next six integers in the fifth line indicate the number of grid spaces to the left and right of the origin in directions a, b, and c. The subsequent lines contain the actual data. If the number of spaces indicated on line 4 are Na, Nb, and Nc, then there will a total of (Na+1) x (Nb+1) x (Nc+1) data points. Below is a sample .grd file. DMol3 total electron density (1p,e12.5) 9.000 8.200 9.400 90.000 90.000 90.000 45 41 47 1 -23 22 -20 21 -22 25 0.00000E+00 0.00000E+00 2.57683E-13 1.43774E-12 2.01988E-10 8.71334E-10 1.28986E-09 1.11599E-09 4.72026E-10 1.59762E-11 2.83878E-12 ... |
6楼2009-12-12 09:35:45
