应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】Dmol3总电荷密度怎么得到每个坐标所占有的电荷数
61/1返回列表
查看: 817  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 positron 的 32 个金币

positron

木虫 (职业作家)

[交流] 【讨论】Dmol3总电荷密度怎么得到每个坐标所占有的电荷数

真心求教

比如一个晶胞，Na单胞，体心立方，9个Na原子

Grid                          msbox  3       0.1500 0.1500 0.1500 3.0000

总电荷密度文件
DMol3 total electron density                  
(1p,e12.5)  
   4.300   4.300   4.300  90.000  90.000  90.000
   29   29   29
    1    0   29    0   29    0   29
5.64421E+03
4.34773E+01
1.62093E+01
5.40983E+00
1.68742E+00
5.41494E-01
1.89900E-01
7.98564E-02
4.45863E-02
3.30118E-02
2.89678E-02
2.72192E-02
2.61780E-02
2.54675E-02
2.50775E-02
………………

如何得到对应格点所分配的电荷数

单胞中的总电荷数应该是9*11呢，还是算平均一个胞有2个Na，总电荷数取2*11呢？

[ Last edited by positron on 2009-12-11 at 15:08 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-12-11 15:05:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
positron(金币+5,VIP+0):谢谢天蝎版版，是出于计算势能的需要，才想知道每个格点的电荷数 12-12 13:16
记得超软赝势考虑Na的电子组态是:2s2 2p6 3s1 ，共9个，而不是11个。楼主不会用的是全电子吧？
考虑的原子应是9个Na。
总原子数和电子数，结果文件里有。
至于每个坐标下也就是每个Na原子的电荷数，难道楼主的意思是把总电荷密度空间分隔为各个原子所属空间来算？我觉得楼主倒不如对每个Na原子的DOS积分分析一下，不知道楼主算这个的用途，呵呵
以上个人意见，不对的地方欢迎高手纠正指导。
赞一下(10人) 回复此楼
珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
2楼2009-12-11 15:55:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+5,VIP+0):感谢acridine老兄指点 12-12 10:50
positron(金币+5,VIP+0):感谢acridine兄热心帮助，这个我之前试了，把每个格点的电荷密度值乘以格点体积【sum(:)*0.15^3】也不等于单胞内电荷数（均不等于99or22） 12-12 13:20
“每个坐标所占有的电荷数”这个说法好像不太合适。
我们知道在计算时晶格被划分N1*N2*N3的网格，电荷密度文件给出的是每个网格点所对应的电荷密度值。我想楼主的意思可能是希望得到每个网格内部的电荷数，那么把密度值乘以每个网格的体积应该可以得到近似的结果。当然，最后作为验证可以把所有网格内的电荷数加起来，看是否接近体系实际电荷数。
ps：楼主用的DMOL，有全电子计算选项。
但计算时要注意网格的数目，这个文件中第四行的： 29   29   29是描述XYZ方向的网格点数目，但我忘记这29里是否包括网格的零点了。可以在帮助文件中找到关于*.grd文件的介绍，里面有详细的解释
赞一下(19人) 回复此楼
3楼2009-12-11 16:53:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cationly

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+2,VIP+0):感谢cationly老兄参与讨论 12-12 10:50
positron(金币+5,VIP+0):感谢cationly兄参与讨论，应该是从（0，0，0）开始的 12-12 13:23
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2009-12-11 16:53:
“每个坐标所占有的电荷数”这个说法好像不太合适。
我们知道在计算时晶格被划分N1*N2*N3的网格，电荷密度文件给出的是每个网格点所对应的电荷密度值。我想楼主的意思可能是希望得到每个网格内部的电荷数，那么把 ...

想问一下，比如三个基矢长度为 a，b，c；晶格划分为N1*N2*N3的网格，那么这些格点具体坐标是什么样的，比如第一个点是（0，0，0）还是[a/(2*N1),b/(2*N2), c/(2*N3)] ?


比如对附件里面，二维的格子基矢长度为a和b，划分为4*4，应该是红色的，还是蓝色的选取方法？

[ Last edited by cationly on 2009-12-11 at 19:20 ]
赞一下(18人) 回复此楼
4楼2009-12-11 19:03:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+1,VIP+0):感谢参与 12-12 10:50
positron(金币+3,VIP+0):感谢热情，热心的给大家热心帮助，感谢 12-12 13:25
引用回帖:
Originally posted by cationly at 2009-12-11 19:03:


想问一下，比如三个基矢长度为 a，b，c；晶格划分为N1*N2*N3的网格，那么这些格点具体坐标是什么样的，比如第一个点是（0，0，0）还是[a/(2*N1),b/(2*N2), c/(2*N3)] ?


比如对附件里面，二维的格子基矢长 ...

这个应该要看文件的第五行，如果我没记错的话，这一行里面的0，29好像是第一个和最后一个点的坐标，具体的还是查看帮助文件中关于grd文件的介绍吧，里面介绍的很仔细。
赞一下(17人) 回复此楼
5楼2009-12-12 05:40:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cationly

木虫 (正式写手)
★
aylayl08(金币+1,VIP+0):感谢参与 12-12 10:50
DMol里面的帮助，依然没看懂，网格格点到底怎么分布的

Example GRD file
Each .grd file begins with a title, which is the descriptive of the volumetric field. A typical title would be "DMol3 total electron density".

The second line of each file contains a FORTRAN format descriptor of the data as written by the program that generated it. This format is typically (1p,e12.5).

The third line specifies the volume of space containing the data to be plotted: the cell lengths a, b, and c in Å, followed by the cell angles α, β, and γ. The unit cell is the size of the grid used for plotting. By convention, the first axis, a, is taken to be parallel to the Cartesian x axis.

The fourth line indicates the number of grid spaces in each direction, a, b, and c.

The fifth line contains seven integers indicating which index varies the fastest and the location of the Cartesian origin relative to the edges of the volumetric data.

The first integer in the fifth line must be 1, corresponding to a, or 3, corresponding to b. The fastest varying index cannot be c.

The next six integers in the fifth line indicate the number of grid spaces to the left and right of the origin in directions a, b, and c.

The subsequent lines contain the actual data. If the number of spaces indicated on line 4 are Na, Nb, and Nc, then there will a total of (Na+1) x (Nb+1) x (Nc+1) data points.

Below is a sample .grd file.

DMol3 total electron density            
(1p,e12.5)  
   9.000   8.200   9.400  90.000  90.000  90.000
   45   41   47
    1  -23   22  -20   21  -22   25
0.00000E+00
0.00000E+00
2.57683E-13
1.43774E-12
2.01988E-10
8.71334E-10
1.28986E-09
1.11599E-09
4.72026E-10
1.59762E-11
2.83878E-12
...
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2009-12-12 09:35:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 positron 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭