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【求助】大家好，菜鸟提出一个问题！
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大家好，我是菜鸟提出一个问题！ 我对这方面知道很少，所以提出这个疑问。 我个人想做病毒和细胞受体突变蛋白相互作用的研究。现在我知道病毒上的是某个小分子与受体蛋白相互作用，所以我用分子对接的技术来研究病毒小分子和细胞受体蛋白相互作用的影响。而我比较主要考虑蛋白定点突变后对分子对接的影响，我研究是受体基因上突变位点的作用。 那么我可以依据野生型的蛋白模型构造无数突变体蛋白模型，然后将都他们对接一个配体中，依据打分情况来判断他们相应位点与配体相互作用的重要性吗。 当然突变可以是任意的位置，可能发生在结合口袋，影响对接分数。也有可能不是发生在口袋内的，所以分数变化不大。如果是口袋外的突变，影响了口袋的构型，也会对分数有些影响，导致病毒感染效率的变化。 而我肯定也会构建尽量多个被定点突变的受体表达载体，导入本身不表达这种受体的细胞中，表达我构建的这种突变型或野生型的受体，然后用病毒感染检测我的N多突变和野生型受体表达细胞，检测他们感染的效率差异。 我想用这个过程，得到的对接分数不是定量的关系，可能也不是什么直线关系，最多打分结果也只是一种参考。但也至少可以作为一种参考，提示我哪些位点是有很大影响的，不能任意突变，否则会明显增加或减少与配体的结合能力。 我是这样想的，不知道这个想法研究突变受体蛋白和病毒配体作用对不对。 由于我对这方面了解很少，所以问问可以这样分析一下吗，我找了很多论坛，发现这里可能会为我提供一些帮助。另外我也不知道我还该看哪些材料和文章，有什么样免费的，图形化的，构建模型，或对接打分的分数比较适合我这种情况软件我可以使用一下吗。 谢谢各位网友的指点迷津！ |
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3楼2009-12-10 14:15:22
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 12-16 14:30
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您可以先学习AutoDock这个软件 不过，在此之前您还要学习基本的Linux命令行操作。 如果您不知道什么是Linux命令行操作，那就在Windows上找“开始-运行-cmd” 然后，您就在那个黑色的窗口里输入白色的命令，一个字符一个字符地。 AutoDock是根据牛顿力学的原理，把小分子和蛋白质的每个原子看作球，而原子之间的化学键看成是弹簧。当原子们互相接近/疏远时，其势能就会发生变化。 当然，如果原子上还有电荷，那么还得考虑静电相互作用。 通过AutoDock，您可以先给定一个蛋白质，再把一个小分子（暂时叫参照分子吧）与这个蛋白质的相互作用搞清楚（这个很难，最好有实验依据）。那么，其他的小分子都向这个参照分子尽量看齐。 变换蛋白质的残基，这个对软件来说不算什么，只是有些残基的电荷需要认真处理。 AutoDock还有一个功能，就是小分子、残基都能有一定的“柔性”，这样对接起来更合理一些。 ---------------- Wild type叫野生型？俺真不知道该怎么翻译。 |
2楼2009-12-10 10:45:23
