应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】Siesta赝势文件的生成和测试判断标准
151/2返回列表12下一页
查看: 1916  |  回复: 14
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 wangle_xq 的 5 个金币

wangle_xq

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Siesta赝势文件的生成和测试判断标准已有3人参与

最近一段时间正在研究Siesta。编译成功以后就是赝势的生成了。

我的问题就是如何判断Siesta的赝势是否合适。
按照手册上的说法，如果AE(全电子)-PT(测试)小于等于1mRy就是好的势。

从结果上看要如何判断？
我贴出了Cu的势文件生成测试过程，和测试结果。各位帮忙看看这样的结果算不算一个合适的势。

先来介绍我的赝势是如何生成的。
在~/atom/文件夹下运行
CODE:
# make

得到atm程序
进入文件夹~/atom/Tutorial/Cu运行命令
CODE:
# ../pg.sh Cu.3dtm2.inp

Cu.3dtm2.inp文件内容
CODE:
#
# Cu
#
   pg      Cu with 3d states in valence (as in TM paper)
        tm2     2.60
n=Cu c=car     
       0.0       0.0       0.0       0.0       0.0       0.0
    5    3
    4    0      1.00      0.00
    4    1      0.00      0.00
    3    2     10.00      0.00
      2.10      2.30      2.10     

#23456789012345678901234567890123456789012345678901234567890

建立文件Cu.test.inp(文件内容见附件)运行命令
CODE:
# ../pt.sh Cu.test.inp Cu.3dtm2.vps
#grep '&d' OUT

得到以下输出
CODE:
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu GS 3d10 4s1                                  &v&d
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu 3d9 4s1 4p1                                  &v&d
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu 3d9 4s1                                      &v&d
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu 3d9 4s2  *** sd transfer                     &v&d
&d total energy differences in series
&d          1        2        3        4
&d  1    0.0000
&d  2    0.5108   0.0000
&d  3    0.8759   0.3651   0.0000
&d  4    0.1495  -0.3613  -0.7264   0.0000
*----- End of series ----* spdfg &d&v
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu GS 3d10 4s1                                  &v&d
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu 3d9 4s1 4p1                                  &v&d
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu 3d9 4s1                                      &v&d
ATM 3.2.2  9-DEC-09     Cu 3d9 4s2  *** sd transfer                     &v&d
&d total energy differences in series
&d          1        2        3        4
&d  1    0.0000
&d  2    0.5193   0.0000
&d  3    0.8844   0.3651   0.0000
&d  4    0.1548  -0.3645  -0.7296   0.0000
*----- End of series ----* spdfg &d&v
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

siesta问题 SIESTA 第一性原理和电化学

» 猜你喜欢
网络日志 http://blog.163.com/wangle_xq/ 关注计算材料科学的应用，以及相关的计算机技术。文章以转贴为主，少量原创。欢迎参观
1楼2009-12-10 08:27:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 12-10 20:47
wangle_xq(金币+2,VIP+0):感谢讨论 12-11 23:33
用生成的赝势就算一个 dimer Cu的键长，跟实验值比一比，误差在20%以内就可以接受了。
赞一下(14人) 回复此楼
2楼2009-12-10 15:10:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangle_xq

银虫 (小有名气)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流2 12-13 16:35
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-12-10 15:10:
用生成的赝势就算一个 dimer Cu的键长，跟实验值比一比，误差在20%以内就可以接受了。

手册上也看到这么一句："The real proof of good transferability, remember, can only come from a molecular or solid-state calculation"

应该说的就是楼上的意思吧。那自带的这个判断结果怎么样呢？
赞一下(10人) 回复此楼
网络日志 http://blog.163.com/wangle_xq/ 关注计算材料科学的应用，以及相关的计算机技术。文章以转贴为主，少量原创。欢迎参观
3楼2009-12-10 23:47:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangle_xq

银虫 (小有名气)
自己顶一下。还没得到回答啊
赞一下 回复此楼
网络日志 http://blog.163.com/wangle_xq/ 关注计算材料科学的应用，以及相关的计算机技术。文章以转贴为主，少量原创。欢迎参观
4楼2009-12-12 21:28:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yello

金虫 (正式写手)
★
wangle_xq(金币+1,VIP+0):这是个问句，还是给我的一个建议？感谢参与。期待更详细解答 12-13 05:28
和实验值比比？
回复此楼
做最好最牛的自己
5楼2009-12-12 23:29:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 12-14 18:39
wangle_xq(金币+2,VIP+0):欢迎继续参与！ 12-15 00:26
自带的结果应该是个前提条件。它的意义在于赝势能够比较好地描述整个波函数。

建议还是去算个键长 和键能和实验值比一比。
赞一下(13人) 回复此楼
6楼2009-12-14 16:50:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maomao1210

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 12-14 18:40
wangle_xq(金币+2,VIP+0):意思是说，除了比较价电轨道，还应该和实验值比较是吧？ 12-15 00:27
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2009-12-14 16:50:
自带的结果应该是个前提条件。它的意义在于赝势能够比较好地描述整个波函数。

建议还是去算个键长 和键能和实验值比一比。

支持该贴，呵呵，赝势好坏最终是由计算的结果好与坏决定的，呵呵，
当然了，如果你要是依据赝势与全电子势之间的比较，或者全电子波函数与赝势波函数之间的比较的话，那仅仅只能说明该赝势可以重现单个原子的价电轨道的计算，呵呵，仅仅暗示说，该赝势有可能是好的，是有可能重现用全电子计算的结果的。但实际计算别的东西的话，结果如何，天知道。呵呵。
赞一下(13人) 回复此楼
7楼2009-12-14 18:01:17
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chrinide

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
wangle_xq(金币+3,VIP+0):请问上面我给出的结果能不能判断和是否重现了全电子的结果呢？ 12-15 00:28
引用回帖:
Originally posted by maomao1210 at 2009-12-14 18:01:

支持该贴，呵呵，赝势好坏最终是由计算的结果好与坏决定的，呵呵，
当然了，如果你要是依据赝势与全电子势之间的比较，或者全电子波函数与赝势波函数之间的比较的话，那仅仅只能说明该赝势可以重现单个原子的价 ...

能重现全电子的结果可是根本啊，“皮之不存，毛之焉附？”
赞一下(3人) 回复此楼
未知必须借由更深的未知去获悉，隐晦必须借由更深的隐晦来明了
8楼2009-12-14 21:26:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maomao1210

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by chrinide at 2009-12-14 21:26:


能重现全电子的结果可是根本啊，“皮之不存，毛之焉附？”

呵呵，能重现全电子价建轨道是必要条件，呵呵，但能重现全电子的价建轨道，就适合于别的计算吗？呵呵，偶从来没计算过，也没真正计算过，多指教哈。
赞一下 回复此楼
9楼2009-12-14 22:00:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangle_xq

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by chrinide at 2009-12-14 21:26:
能重现全电子的结果可是根本啊，“皮之不存，毛之焉附？”

看到一个支持与全电子结果比较的。请问，我上面给出的结果是否可以判断势能的好坏？
或者说，上面提出的势能算不算是好势？判断的标准是什么？要看那些数据？

如果不足够判断，应该从什么地方入手？
赞一下 回复此楼
网络日志 http://blog.163.com/wangle_xq/ 关注计算材料科学的应用，以及相关的计算机技术。文章以转贴为主，少量原创。欢迎参观
10楼2009-12-15 00:30:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangle_xq 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭