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tuodecai

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】10Kb长片段连接求助 急!!!

向各位仁者求助,谁有连过大片段的经验?或有用过invitrogen TOPO XL PCR Cloning Kit 的吗?该盒子的载体是说可以连3—10kb的片段,我的片段就有10kb,可我连了两次了都没连上的。转化效率特高,每个板上长了几百个,可鉴定插入的都是些才1kb的小片段。希望师兄师姐们给点儿建议,或有更好的载体推荐一下。先谢谢了!
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tuodecai

铁杆木虫 (著名写手)

10Kb长片段连接求助 急!!!

引用回帖:
Originally posted by won7 at 2009-12-8 20:12:
我用过invitrogen TOPO XL PCR Cloning Kit 连接3kb的产物,效率很高。估计是你产物没有回收好,回收时不要用EB电泳,否则在紫外线下DNA受到损伤,对连接很有影响。建议用试剂盒附带的燃料和回收试剂回收。

谢谢!我是按试剂盒的要求做胶回收的,也没在紫外下照,而且回收后跑胶感觉效果也挺好的,比较纯,也没见小片段等杂带,但浓度不高。所以我应该不能将回收产物再做一次胶回收了,因为浓度低了跑胶是看不见的,没办法切胶回收,我第一次做胶回收的时候就没做成。在这儿我想详细咨询你以下问题:
1、你连3kb的一次就成功了吗?你做的时候一个板涂了多少µl ,长了大概多少个,你挑10个的话有几个是的?我涂了150µl ,第一次转的长了两百个,第二次转化的长得更多,会有七八百个,几乎是一片都快没办法挑菌了。我挑了两三次做菌液PCR鉴定,每次也挑了20-30个菌可都是没有连上的。
2、请问你也是用菌液PCR鉴定的吗?用的是试剂盒里的载体引物还是特异引物?酶用一般的聚合酶就可以的吧?没必要用主要试剂盒上推荐的吧,还有做菌液PCR时预变性时间你用多久,我用10min会不太长。
3、你做连接时是通过测OD后计算浓度后来确定连接体系里载体和模板的量吗?我担心咱们实验室测OD的机器不准了,就没有测过,直接按说明书上加的。昨天我测了下,大概90ng/µl ,不过应该不准。
  你觉得我哪里会有问题的地方,望你多多指教。这个实验我都搞了半年了,老板急了,催得紧,做不出来天天挨骂。真诚向你请教了!再次感谢各位。
6楼2009-12-09 14:22:28
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

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请问下为什么插入了1kb的片段呢?目的片段没有做回收?
Thank-you,so-blue.
2楼2009-12-08 18:17:32
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won7

金虫 (小有名气)

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amisking(金币+2,VIP+0): 12-8 20:23
我用过invitrogen TOPO XL PCR Cloning Kit 连接3kb的产物,效率很高。估计是你产物没有回收好,回收时不要用EB电泳,否则在紫外线下DNA受到损伤,对连接很有影响。建议用试剂盒附带的燃料和回收试剂回收。
3楼2009-12-08 20:12:49
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)

★
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引用回帖:
Originally posted by tuodecai at 2009-12-8 11:34:
向各位仁者求助,谁有连过大片段的经验?或有用过invitrogen TOPO XL PCR Cloning Kit 的吗?该盒子的载体是说可以连3—10kb的片段,我的片段就有10kb,可我连了两次了都没连上的。转化效率特高,每个板上长了几百 ...

重新将你的大片段回收下,可能回收的不干净,跑胶的时候把电压放的慢一些,使大片段与小片段彻底分开。还有就是你连的时候是平端连还是用酶切位点呢?
4楼2009-12-08 22:24:24
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