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gonemrc

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专业: 高分子合成化学

[交流] 【求助】这个是表示什么意思呢？优化后的结果。

之前用如下结构作计算：
%chk=aminoalcol-boc.chk
# opt rb3lyp/6-31g*  freq=raman pop=full

amino-boc

0  1
0 1
C                2.48522800 1.78517800 -0.01145900
C                2.60848200 0.45199600 -0.00986700
C                3.92955500 -0.27076400 -0.03279300
C                1.40862200 -0.43995400 0.01688300
O                1.47853300 -1.65419100 0.02233100
O                0.23469700 0.23274200 0.03293100
C                -0.95351000 -0.58065400 0.06746900
C                -2.14589900 0.36192700 -0.01986500
N                -3.38377700 -0.40806000 0.00597500
C                -4.57855700 0.42931900 0.01969100
H                1.51453500 2.26739600 0.00659200
H                3.36099300 2.42867100 -0.03040100
H                4.03641100 -0.91784100 0.84506700
H                4.00218400 -0.92557400 -0.90843300
H                4.76198900 0.43832200 -0.05211800
H                -0.93040600 -1.28651400 -0.77087600
H                -0.97851700 -1.16352400 0.99269700
H                -2.13846500 1.02905900 0.85120300
H                -2.03909900 1.00656100 -0.91335100
H                -4.61589800 0.99233600 0.95962400
H                -4.63335500 1.15922200 -0.80959900
H                -5.46856200 -0.20666900 -0.02323000
C                -3.42843057 -1.28465278 -1.17321589
O                -2.85035956 -0.60785565 -2.29244756
O                -2.63428540 -2.57243507 -0.88590031
C                -1.43755672 -2.57910211 -1.66864933
C                -1.64997961 -3.44568580 -2.92384223
H                -1.38725729 -2.88238525 -3.79480117
H                -1.03308242 -4.31787736 -2.86367800
H                -2.67719163 -3.73890139 -2.98516170
C                -0.28122408 -3.15980270 -0.83361541
H                0.65278069 -2.87427846 -1.27066345
H                -0.33786972 -2.78150875 0.16567681
H                -0.35515764 -4.22709457 -0.81567395
C                -1.09268230 -1.13899767 -2.09145047
H                -1.53007648 -0.44975101 -1.39969519
H                -0.03007987 -1.01348901 -2.09631375
H                -1.47827012 -0.95316135 -3.07210683

计算完后，得到这样的坐标（我是由out文件直接写出的一个坐标结果）

Bq                0.48868400 0.41539200 0.45811600
C                3.06355300 2.06731400 0.37485900
C                2.92407300 1.08113700 1.26976300
C                3.98503000 0.69258900 2.26554500
C                1.67084400 0.26967000 1.34356700
O                1.50875600 -0.64228600 2.13118500
O                0.72744800 0.64607700 0.44753300
C                -0.49537600 -0.11431900 0.46924500
C                -1.40437800 0.49498200 -0.59754100
N                -2.71585500 -0.14179100 -0.63187400
C                -3.78168900 0.43757700 0.17376400
H                2.27608800 2.31567200 -0.32754600
H                3.97801000 2.65260200 0.32432400
H                3.61210400 0.78648500 3.29168600
H                4.27530100 -0.35629800 2.13818800
H                4.87313300 1.32090500 2.15399200
H                -0.28178800 -1.16354300 0.24859200
H                -0.94243900 -0.05936100 1.46717200
H                -1.55097100 1.56010300 -0.38647800
H                -0.92710000 0.41135700 -1.57533200
H                -3.50883700 0.45634200 1.23675500
H                -3.99222800 1.46555400 -0.14817800
H                -4.67686000 -0.16943300 0.04687200
C                -2.97453500 -1.28657600 -1.34829600
O                -4.06724300 -1.83127300 -1.39661700
O                -1.85213200 -1.71339600 -1.98149800
C                -1.88028600 -2.89811700 -2.85624700
C                -2.24575600 -4.14416300 -2.04296400
H                -2.14903400 -5.03507200 -2.67380300
H                -1.56484100 -4.25594800 -1.19181100
H                -3.26949500 -4.08327900 -1.67174600
C                -0.43291500 -2.97862500 -3.34923700
H                -0.31228600 -3.83383600 -4.02236900
H                -0.15681700 -2.06899300 -3.89271100
H                0.25686800 -3.10148400 -2.50780200
C                -2.84013600 -2.66425100 -4.02756600
H                -2.57218200 -1.74609900 -4.56236700
H                -2.76948800 -3.50012500 -4.73285000
H                -3.87076600 -2.58348200 -3.67939600

我直接用GV4查看计算结果的freq时，发现有一个频率对应的好像是一个电子在动来动去，而不是一个原子，就是这个坐标里多出的：
Bq                0.48868400 0.41539200 0.45811600

高人出来解释一下。谢谢！

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erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 12-8 09:42

引用回帖:

Originally posted by yzcluster at 2009-12-5 20:06:
我记得Bq好像是赝原子，不是电子。电子的运动你是看不到了。呵呵。

Bq是空原子，而不是虚原子，虚原子应该是X
X是“不被高斯读入”的部分，在高斯计算程序看来，X所在的位置与虚空并无二致。
Bq是空原子。在高斯计算程序看来，Bq所在的位置具有“正常的基函数和数值积分网格点”，但是没有核电荷或电子。这用于平衡计算

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-6 at 12:45 ]