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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gonemrc

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[交流] 【求助】这个是表示什么意思呢？优化后的结果。

之前用如下结构作计算：
%chk=aminoalcol-boc.chk
# opt rb3lyp/6-31g*  freq=raman pop=full

amino-boc

0  1
0 1
C                  2.48522800    1.78517800   -0.01145900
C                  2.60848200    0.45199600   -0.00986700
C                  3.92955500   -0.27076400   -0.03279300
C                  1.40862200   -0.43995400    0.01688300
O                  1.47853300   -1.65419100    0.02233100
O                  0.23469700    0.23274200    0.03293100
C                 -0.95351000   -0.58065400    0.06746900
C                 -2.14589900    0.36192700   -0.01986500
N                 -3.38377700   -0.40806000    0.00597500
C                 -4.57855700    0.42931900    0.01969100
H                  1.51453500    2.26739600    0.00659200
H                  3.36099300    2.42867100   -0.03040100
H                  4.03641100   -0.91784100    0.84506700
H                  4.00218400   -0.92557400   -0.90843300
H                  4.76198900    0.43832200   -0.05211800
H                 -0.93040600   -1.28651400   -0.77087600
H                 -0.97851700   -1.16352400    0.99269700
H                 -2.13846500    1.02905900    0.85120300
H                 -2.03909900    1.00656100   -0.91335100
H                 -4.61589800    0.99233600    0.95962400
H                 -4.63335500    1.15922200   -0.80959900
H                 -5.46856200   -0.20666900   -0.02323000
C                 -3.42843057   -1.28465278   -1.17321589
O                 -2.85035956   -0.60785565   -2.29244756
O                 -2.63428540   -2.57243507   -0.88590031
C                 -1.43755672   -2.57910211   -1.66864933
C                 -1.64997961   -3.44568580   -2.92384223
H                 -1.38725729   -2.88238525   -3.79480117
H                 -1.03308242   -4.31787736   -2.86367800
H                 -2.67719163   -3.73890139   -2.98516170
C                 -0.28122408   -3.15980270   -0.83361541
H                  0.65278069   -2.87427846   -1.27066345
H                 -0.33786972   -2.78150875    0.16567681
H                 -0.35515764   -4.22709457   -0.81567395
C                 -1.09268230   -1.13899767   -2.09145047
H                 -1.53007648   -0.44975101   -1.39969519
H                 -0.03007987   -1.01348901   -2.09631375
H                 -1.47827012   -0.95316135   -3.07210683


计算完后，得到这样的坐标（我是由out文件直接写出的一个坐标结果）


Bq                 0.48868400    0.41539200    0.45811600
C                  3.06355300    2.06731400    0.37485900
C                  2.92407300    1.08113700    1.26976300
C                  3.98503000    0.69258900    2.26554500
C                  1.67084400    0.26967000    1.34356700
O                  1.50875600   -0.64228600    2.13118500
O                  0.72744800    0.64607700    0.44753300
C                 -0.49537600   -0.11431900    0.46924500
C                 -1.40437800    0.49498200   -0.59754100
N                 -2.71585500   -0.14179100   -0.63187400
C                 -3.78168900    0.43757700    0.17376400
H                  2.27608800    2.31567200   -0.32754600
H                  3.97801000    2.65260200    0.32432400
H                  3.61210400    0.78648500    3.29168600
H                  4.27530100   -0.35629800    2.13818800
H                  4.87313300    1.32090500    2.15399200
H                 -0.28178800   -1.16354300    0.24859200
H                 -0.94243900   -0.05936100    1.46717200
H                 -1.55097100    1.56010300   -0.38647800
H                 -0.92710000    0.41135700   -1.57533200
H                 -3.50883700    0.45634200    1.23675500
H                 -3.99222800    1.46555400   -0.14817800
H                 -4.67686000   -0.16943300    0.04687200
C                 -2.97453500   -1.28657600   -1.34829600
O                 -4.06724300   -1.83127300   -1.39661700
O                 -1.85213200   -1.71339600   -1.98149800
C                 -1.88028600   -2.89811700   -2.85624700
C                 -2.24575600   -4.14416300   -2.04296400
H                 -2.14903400   -5.03507200   -2.67380300
H                 -1.56484100   -4.25594800   -1.19181100
H                 -3.26949500   -4.08327900   -1.67174600
C                 -0.43291500   -2.97862500   -3.34923700
H                 -0.31228600   -3.83383600   -4.02236900
H                 -0.15681700   -2.06899300   -3.89271100
H                  0.25686800   -3.10148400   -2.50780200
C                 -2.84013600   -2.66425100   -4.02756600
H                 -2.57218200   -1.74609900   -4.56236700
H                 -2.76948800   -3.50012500   -4.73285000
H                 -3.87076600   -2.58348200   -3.67939600


我直接用GV4查看计算结果的freq时，发现有一个频率对应的好像是一个电子在动来动去，而不是一个原子，就是这个坐标里多出的：
Bq                 0.48868400    0.41539200    0.45811600


高人出来解释一下。谢谢！
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1楼 2009-12-05 19:18:35
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我记得Bq好像是赝原子，不是电子。电子的运动你是看不到了。呵呵。
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2楼2009-12-05 20:06:29
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
它会自己变出来?
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3楼2009-12-05 20:31:23
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neweroica

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你自己多写了一行“0  1”，高斯以为你给了个虚原子（Bq的核电荷数为0）
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4楼2009-12-06 00:15:17
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gonemrc

捐助贵宾 (正式写手)
谢谢楼上回复啦。不过我这是在GV中画出的初始结构，然后提交计算的。有点奇怪了。可能是不小心操作引起的。
   另外，搭下这个贴的车问一下：
   加的这个虚原子有什么用呢？在什么情况下会加虚原子？
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5楼2009-12-06 00:22:23
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neweroica

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 12-6 12:20
引用回帖:
Originally posted by gonemrc at 2009-12-6 00:22:
谢谢楼上回复啦。不过我这是在GV中画出的初始结构，然后提交计算的。有点奇怪了。可能是不小心操作引起的。
   另外，搭下这个贴的车问一下：
   加的这个虚原子有什么用呢？在什么情况下会加虚原子？

我用到虚原子的一般是算BSSE和求NICS
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6楼2009-12-06 08:22:50
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by neweroica at 2009-12-6 08:22:


我用到虚原子的一般是算BSSE和求NICS

当然用GV搭建分子结构时有时临时用到虚原子帮助定位
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7楼2009-12-06 08:23:50
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by neweroica at 2009-12-6 08:23:
当然用GV搭建分子结构时有时临时用到虚原子帮助定位

定位还是X比较好，呵呵，用Bq原子，如果你忘了删掉它，之后的计算它会造成影响的

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-6 at 12:25 ]
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8楼2009-12-06 12:21:37
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★
erylingjet(金币+2,VIP+0):感谢交流 12-8 09:42
引用回帖:
Originally posted by yzcluster at 2009-12-5 20:06:
我记得Bq好像是赝原子，不是电子。电子的运动你是看不到了。呵呵。

Bq是空原子，而不是虚原子，虚原子应该是X
X是“不被高斯读入”的部分，在高斯计算程序看来，X所在的位置与虚空并无二致。
Bq是空原子。在高斯计算程序看来，Bq所在的位置具有“正常的基函数和数值积分网格点”，但是没有核电荷或电子。这用于平衡计算

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-6 at 12:45 ]
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9楼2009-12-06 12:25:02
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-12-6 12:25:

Bq是空原子，而不是虚原子，虚原子应该是X
X是“不被高斯读入”的部分，在高斯计算程序看来，X所在的位置与虚空并无二致。
Bq是空原子。在高斯计算程序看来，Bq所在的位置具有“正常的基函数和数值积分网格点 ...

嗯，这个功能我没用过。比如说，是否X原子用来确定体系的对称性？BQ原子一般怎么用？能否举个例子。
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10楼2009-12-06 17:15:34
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