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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助成功】关于ubuntu
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CADD

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】关于ubuntu

在ubuntu8.04上安装sybyl8.0时出错。
而且新立得软件包管理器也不能用了，说是无解析域名。
为什么

[ Last edited by CADD on 2009-12-9 at 09:42 ]
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1楼 2009-12-04 14:40:44
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 14:41
新立得不能用了可不是小问题啊，先把这个解决了吧，是不是你的网络设置有问题。
安装的具体错误提示是什么，上个图，我在8.04和9.10上都装过sybyl，可以用~
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2楼2009-12-06 08:48:16
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CADD

银虫 (正式写手)
我觉得应该不是网络的问题，当时我在别的电脑上试过，也不行。（这个ubuntu是我在网上下载的，会不会是ubuntu本身的问题？还有新立得离线也能用吧？）就是在运行sudo apt-get install yum 时。说无法找到软件包yum。我就想在新立得上下一个。打开新立得下载yum时，是这样提示的：“w：无法下载http：//cn.archive.ubuntu.com/unubtu/dist/hardy/Release.gpg  无法解析域名cn.archive.ubuntu.com.“
麻烦您帮忙看一下，谢谢。
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3楼2009-12-06 10:21:57
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3,VIP+0): 12-6 12:40
新立得离线可以管理已下载软件, 但不能安装新的软件了
yum 是红帽系的新立得, 而红帽系和debian系的矛盾大大滴, 肯定装不上这. 可以试个小点的软件, 如bvi
至于无法解析域名的问题,是新立得的配置出错了, 我手头没有Ubuntu, 你可以google 一下, 这类问题很多
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4楼2009-12-06 11:11:37
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
zeoliters(金币+5,VIP+0):谢谢分享！ 12-8 14:42
[原创]Ubuntu8.04下SYBYL8.0安装方法 相关搜索: Ubuntu, sybyl, 安装本帖最后由 truemantwo 于 2009-7-11 22:39 编辑

目前网上有不少SYBYL的安装方法，但平台却不是Ubuntu的，小弟经过几天的摸索，终于在Ubuntu8.04上把SYBYL8.0安装成功，现在把步骤给出，也方便一下大家。

打开终端，顺序执行如下命令：
sudo apt-get install yum
sudo apt-get install python-sqlitecachec
sudo apt-get install libmotif3
sudo apt-get install ksh

目前下载的SYBYL大多是iso格式的，一共有cd一张，DVD两张。其中，DVD1里是主安装程序，cd是“Bookshelf”，DVD2是数据库。小弟安装时发现，若将iso文件直接挂载，这样安装的时候会报错，大概是说“没有权限“之类的。为了避免该情况，应该把这三个iso文件里的内容解压到硬盘上，并且保证解压后文件所在的文件夹有“读+写+执行”权限。
这里是我放置解压后文件的目录：
/home/truemantwo/sybyl/cd
/home/truemantwo/sybyl/dvd1
说明：这里我没有安装数据库，所以dvd2就没有解压。

查看/usr目录下是否有tmp文件夹。若无，用如下命令创建之：
sudo mkdir /usr/tmp

执行如下命令以更改权限：
sudo chmod 777 -R /usr/tmp

建立许可证文件的存放目录并更改权限
sudo mkdir -p /usr/local/flexlm/licenses
sudo chmod 777 -R /usr/local/flexlm

假设你的计算机名是：truemantwo
打开/home/truemantwo/sybyl/dvd1/crack下的license.dat，将第一行中的this_host改为truemantwo，使其变成下面的样子：
SERVER truemantwo ANY 27000
保存并关闭该文件

将修改后的license.dat复制到/usr/local/flexlm/licenses路径下

为避免程序出现找不到libtiff.so.3错误，我们来玩一个小把戏：
sudo cp /usr/lib/libtiff.so.4 /usr/lib/libtiff.so.3

为避免许可证服务器启动失败，执行如下操作：
sudo gedit /etc/hosts
在打开的文件的末尾，加入如下内容：
127.0.0.1 localhost
保存并关闭该文件

进入到安装程序所在目录(我这里是/home/truemantwo/sybyl/dvd1)：
cd /home/truemantwo/sybyl/dvd1

开始安装：
ksh
./install.sh

按提示操作即可。下面是几个注意事项：
问“Do you have a license file?”，选“Yes”，在Location那里填入许可证文件所在的路径即可。也可以右边的Browse按钮来定位。

在BROWSER SETUP对话框中输入:
/usr/bin/firefox

问"Please insert the Tripos Bookshelf CD"时，输入：
/home/truemantwo/sybyl/cd

安装到最后，会问是否安装别的软件，选择不安装，按Exit退出。

至此，安装完成！


以上是我在网上找的在ubuntu安装sybyl的方法。但是运行sudo apt-get install yum就出错了，错误信息如下：
正在读取软件包系列...完成
正在分析软件包的依赖关系树
Reading  state information ...完成
E:无法找到软件包yum   .
我以前在ubuntu8.04上安装过sybyl8.0，成功了。但不知道为什么这次就不行呢
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5楼2009-12-06 14:43:06
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 14:42
上面的方法没有问题，我估计是你的源的问题，你现在的源可能不全，换个源试试吧
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6楼2009-12-06 15:00:51
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CADD

银虫 (正式写手)
什么意思？能不能说的详细些？我下载的镜像文件用过一次，能装上，但是后来第二次用时，就装不上了。您有好的下载地址吗？
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7楼2009-12-06 17:39:25
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
CADD(金币+4,VIP+0): 12-7 12:57
zeoliters(金币+3,VIP+0):多谢分享！ 12-8 14:43
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup
sudo gedit /etc/apt/sources.list
用这两行命令打开源列表文件，把原来内容清空换成新的源地址，比如换成“骨头”源：
deb http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic main restricted universe multiverse
deb http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-security main restricted universe multiverse
deb http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-updates main restricted universe multiverse
deb http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-proposed main restricted universe multiverse
deb http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic main restricted universe multiverse
deb-src http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://Ubuntu.srt.cn/ubuntu/ karmic-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.Ubuntu.com/ubuntu karmic-security main restricted
deb-src http://security.Ubuntu.com/ubuntu karmic-security main restricted
deb http://security.Ubuntu.com/ubuntu karmic-security universe
deb-src http://security.Ubuntu.com/ubuntu karmic-security universe
deb http://security.Ubuntu.com/ubuntu karmic-security multiverse
deb-src http://security.Ubuntu.com/ubuntu karmic-security multiverse


然后保存关闭，再在终端输入sudo apt-get update
更新完后试一下你的新立得是不是能用了

另外可以从ubuntu官网下到9.10的iso~
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8楼2009-12-07 12:11:31
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CADD

银虫 (正式写手)
太感谢了。顺便问一句，在断网的情况下，上述操作可以进行吗？ubuntu对sybyl8.0的支持率好吗？以后会不会有什么问题呀？
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9楼2009-12-07 12:59:48
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 14:43
断网是不可以的~目前用着没什么问题，就是帮助文件看不了，不知道是不是我设置的问题~
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10楼2009-12-07 18:16:15
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