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wfbgc木虫 (小有名气)
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【讨论】[img][img]论tanloer虫友关于用origin画MS电子密度等高线图之错误与遗漏[/img
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前不久，一位叫tanloer的虫友发了一个叫“MS电荷密度在Origin中作图方法，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1627651”的帖子，本人非常感兴趣，按照tanloer来画图，发现，tanloer的方法有很大的问题或者说是遗漏。因此，本人特发帖与大家一起讨论。 首先需要描述一下castep中输出的电子密度文件：*.charg_frm。用写字板或origin打开后会发现有三例：a,b,c,charge。分别对应于x,y,z三个轴和电子密度。 用tanloer的方法是固定某一个轴的分量，使之为常数。例如(100)以及与之平等的面。余下两个轴为变量，组成一个面，再用 origin中的contour模块来画电子密度图。对于(100),(010),(001)面等，这种方法是可行的，但是对于不能用两个变量描述的平面，这种方法是不可行的。 origin中的contour模块简单介绍： origin中的contour模块是用一个二维数组描述一个平面，即用x,y轴来描述平面。用Z轴来描述平面上某点P(x,y)对应的一个值。使用这个模块必须明确，x,y是用来确定点的位置，Z是这个点的值。画电子密度的等高线的平面图的关键是如何确定平面。 (100)面上任一点的坐标为A(1,y,z)。y，z 的取值从理论上可以从负无穷到正无穷，但考虑一个晶胞，y，z的取值应从0取到1.由于，A点的取值在x轴上永远为1，为一定值，所以可以用一个二维空间的平面来描述三维空间中平面，即用两个变量描述一个平面。就此可以用origin中的contour模块来画出(100),(010),(001)面的电子密度分布。 对于（110），（111）面而言，平面上的任一点A(x,y,z)在三个轴上不再是一定值，就此必须用三个变量描述一个平面，此时，origin中的contour模块不再适用。 对于如何在origin里用三个变量来描述一个平面的问题，我一直没想到好的办法，希望大家能一起思考这个问题，如果谁解决了这个问题，请与广大虫友分享。 当然我发这个帖子绝对没有针对tanloer的意思，只是想把问题提出来，供大家一起来讨论。 |
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2楼2009-12-04 01:02:19
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+5,VIP+0):谢谢讨论，很有意义 1-21 10:10
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对于如何在origin里用三个变量来描述一个平面的问题，我一直没想到好的办法，希望大家能一起思考这个问题，如果谁解决了这个问题，请与广大虫友分享。 我们最终要做出的是某个面的“电荷密度图”，所以我觉得三个变量（不知道楼主说的是不是空间点的位置xyz？）还是可以转换成两个变量的问题，例如我们选择了（110），那么我们选择电荷密度文件：*.charg_frm中，（110）所对应的abc charge，然后选择 b c charge 或者a c charge这三个量做出tanloer 所描述的图（因为a，b的值是把空间按格点分割成多少等份，它把（110）的底边分成了相应的等份），应该就可以了吧？ 不知道这种做法可行否，请朋友们指正 |
7楼2009-12-07 09:57:00
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