24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 221  |  回复: 2
当前主题已经存档。

arthurii

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教有什么方法可以把小分子数据库sdf文件里面的杂离子去掉?

有几个不算小分子sdf库,想拿来做虚筛,但是里面有很多都加了小离子中和电荷,想把那些小离子批量去掉,请教有什么方法?
本来想用Pipeline pilot做,但找不到可以用的模块。
谢谢!
忘记填BB了,回帖再一个个发

sdf的文本格式上想直接替换掉离子貌似不行,原子记录的行,离子和非离子没有编码差异,是另外添加行认定的……删除掉离子定义行,原子记录那里保留,出来结果离子并没去掉……不想用编程方法搞……

[ Last edited by arthurii on 2009-12-1 at 10:15 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_steven

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你可以使用MOE里面的Wash模块去除盐离子、对氨基和羧基质子化或去质子化。Wash模块使用起来非常简单。
2楼2009-12-01 19:43:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by _steven at 2009-12-1 19:43:
你可以使用MOE里面的Wash模块去除盐离子、对氨基和羧基质子化或去质子化。Wash模块使用起来非常简单。

我要去除4000个分子sdf数据库里面的盐离子,请问MOE这个模块支持sdf文件吗?
好奇怪……改版以后不能追加金币奖励了?
3楼2009-12-01 23:02:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 arthurii 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 有没有学校收留 +3 蒋昌鹏qtj 2026-04-20 3/150 2026-04-22 20:25 by 学员JpLReM
[基金申请] 国自然面上和省基金B类撒花 +13 花田半亩~白 2026-04-21 13/650 2026-04-22 19:29 by David1982
[考博] 华师大读博 +3 xq83 2026-04-22 5/250 2026-04-22 10:42 by xq83
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +5 yexuqing 2026-04-19 5/250 2026-04-22 10:01 by easeheart
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
信息提示
请填处理意见