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arthurii

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教有什么方法可以把小分子数据库sdf文件里面的杂离子去掉?

有几个不算小分子sdf库,想拿来做虚筛,但是里面有很多都加了小离子中和电荷,想把那些小离子批量去掉,请教有什么方法?
本来想用Pipeline pilot做,但找不到可以用的模块。
谢谢!
忘记填BB了,回帖再一个个发

sdf的文本格式上想直接替换掉离子貌似不行,原子记录的行,离子和非离子没有编码差异,是另外添加行认定的……删除掉离子定义行,原子记录那里保留,出来结果离子并没去掉……不想用编程方法搞……

[ Last edited by arthurii on 2009-12-1 at 10:15 ]
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_steven

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你可以使用MOE里面的Wash模块去除盐离子、对氨基和羧基质子化或去质子化。Wash模块使用起来非常简单。
2楼2009-12-01 19:43:49
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arthurii

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by _steven at 2009-12-1 19:43:
你可以使用MOE里面的Wash模块去除盐离子、对氨基和羧基质子化或去质子化。Wash模块使用起来非常简单。

我要去除4000个分子sdf数据库里面的盐离子,请问MOE这个模块支持sdf文件吗?
好奇怪……改版以后不能追加金币奖励了?
3楼2009-12-01 23:02:38
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