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zhanping

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于gaussian结构的查找

现在的学习基本处于停滞的阶段,因为不知道怎们找化学物质的键长、键角、二面角。原来有问过,说有《兰氏手册》,下了粗劣看了下,只有键长。说可以查文献,得是就像找论文一样。例如:我找2,6-DNT,多数论文都有涉及,但很少涉及
那么详细的结构参数。请各位高手指点一下!
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★ ★
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erylingjet(金币+3,VIP+0): 12-4 13:36
(1)这个东西是ccdc能查
我已经替你查出来了
在附件里,是个cif文件,包含两个晶体
如果你不了解晶体,你找个懂晶体的同学,帮你测量这个cif文件中的两个晶体,各个键长键角二面角都能测量
(2)文献的正文中,确实很少提供详细的结构参数。详细的结构参数往往在SI的cif中
(3)http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1577069
如果你想学习如何查cif,你可以看看这个帖子的第三章第一个教程
如果你想学习如何从cif中获得详细的结构参数,你可以看看这个帖子的第三章第二个教程
(4)我想已经没有遗漏的事情了吧,学去吧,呵呵

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-30 at 20:29 ]
2楼2009-11-30 20:23:05
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普通回帖

abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西


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楼上好详尽阿 我也学习了
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
3楼2009-11-30 21:07:10
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zhanping

金虫 (正式写手)

很感谢版主 !
4楼2009-12-01 10:23:00
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

★ ★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+3,VIP+0):感谢您对化学界的杰出贡献,管理层决定,授予您2010年诺贝尔化学奖 12-1 22:05
算分子找结构,当然是有文献的找文献,或者从数据库中去搜。如版主说的,这些结构数据通常在文献的support information中去找。
没有文献以及数据库中也没有的,那就自己来画个大概的,就用gview默认的去画就好——当然会有几个看来都比较合理的异构体或不同构象,那就分别优化,选定能量最低的那个。
如果有文献或数据库中的结构,也要把那个结构做初始结构,再去优化一下。如果优化的结果跟实验结构很接近,说明你的算法和基组合理,你可以继续做设想中的其他计算了,比如找过渡态之类的,如果结构数据相差比较多,就要考虑自己的算法和基组在哪里不大合理了,要重新修改算法或者基组。
否则你计算的其他数据同样不可信。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-12-3 at 16:40 ]
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2009-12-01 12:37:42
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zhanping

金虫 (正式写手)

谢谢zhangmt!
原来画分子结构时使用的是chemdraw,里面有很多模板,但不能肯定其结构参数是否正确。今算了一个2,4-DNT,因为有详细的参数(张希成的书),所以无甚大碍。于是,在ccdc中找了2,4-DNT的结构,想对照一下参数,不同!很疑惑,到底分子的结构参数有没有统一的值?我不是学化学的,所以一直很不解。
还望赐教!
6楼2009-12-01 16:42:39
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
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yjcmwgk(金币+1,VIP+0):感谢您对化学界的杰出贡献,管理层决定,授予您2010年诺贝尔化学奖 12-1 22:05
分子结构的参数不同条件下应该是有别的,单一分子状态(比如张希成的书)和晶体状态(比如CCDC)因为键、键角、双面角在所处的环境下会发生改变,故而有差异。但通过合理的计算应该结论是相同的(都变成了单一状态)。
7楼2009-12-01 17:38:17
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zhanping

金虫 (正式写手)

非常感谢!
8楼2009-12-03 11:09:25
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liujodan

木虫 (正式写手)


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学习了,都是高手,呵呵
9楼2009-12-03 13:24:58
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zhanping

金虫 (正式写手)

还想请教下,我在ccdc中找到的分子,然后导入GV,因为是个晶体结构所以它的分子很多,本来一个分子20左右原子,现在却是80左右。我是想问:要算这个分子必须手动写入输入文件。因为20和80的计算量不是一个量级的。
10楼2009-12-03 19:15:09
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