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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 混合细菌的16S rDNA PCR后条带出现问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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fanxing001

铜虫 (小有名气)

[交流] 混合细菌的16S rDNA PCR后条带出现问题

各位，我用带GC夹子的引物扩增了约430多bp的16S rDNA片段（V6-V8区），模板是口腔复杂的细菌。但是PCR后发现，好像那条亮带横跨了500bp引物那条线（如图）。这是由于不同细菌的16S rDNA片段（V6-V8区）长度不同导致的，还是由于非特异性扩增导致的呢？期待解答中

补充说明：似乎右侧那条亮带中间有个缝······

[ Last edited by amisking on 2009-12-1 at 21:21 ]
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1楼 2009-11-30 10:59:49
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MellonCHEN

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
个人感觉因该不是由非特异性扩增导致的，因为看起来不像啊。不过这也是我的个人意见。
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2楼2009-11-30 13:53:11
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mever

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2,VIP+0): 11-30 20:46
楼主太过于小心了吧
以你现在的电泳条件 根本无法区分430pb和500pb的
这个就是你的产物 试验结果很不错的
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3楼2009-11-30 20:30:14
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spiderboy

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼主不必忧虑，电泳毕竟还没有那么精确，往往PCR产物多时，会使整条带型变粗，因为单位体积琼脂糖容纳DNA的量是有限的，量多时会使DNA带型整体往前挤，所以会超过MARKER，。。。比较真实的情况应是以带的中央为参考。
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4楼2009-12-01 21:15:12
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