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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

[交流] DNA的吸光值,疑惑

提取DNA后测了浓度,稀释后就做PCR了。刚开始做的很顺利,都能跑出条带,后来再过重复就跑不出条带了。把所有的东西都换了一遍只有DNA 没有换,还是没跑出来。后来重新测了一下浓度,发现浓度都降低了,而且最主要的是OD值,原来刚提出来的时候测得都是1.8多,比较纯的,现在再测都是1.3~1.7之间 或者是1.9~2.2之间,P.S. 师兄帮我选的是230nm。DNA的OD值主要应该是看OD260/280吧,那od 260/230呢?惭愧,做了真么长时间的分子了,这一点总是搞不清楚。
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xiangshengyan

木虫 (正式写手)

★ ★
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350784478(金币+1,VIP+0): 11-29 09:35
应该是od260 看浓度
od260/280看纯度
从来没有用过od230
ANNA&KEVIN
2楼2009-11-29 05:58:16
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mever

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
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amisking(金币+3,VIP+0): 11-29 19:27
纯的DNA样品OD260/OD280应为1.8,OD260m/OD230应大于2.0。
1) OD260/OD280大于1.9时,表明有RNA污染。
2) OD260/OD280小于1.6时,表明样品中存在蛋白质或酚污染;
3) OD260/OD230小于2.0时,表明溶液中有残存的盐和小分子杂质,如核苷酸、氨基酸、酚等。
3楼2009-11-29 10:06:17
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lzhwin

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+5,VIP+0): 11-29 19:27
A 260 / A 280 的比值,用于评估样品
的纯度,因为蛋白的吸收峰是 280 nm。纯净的样品,比值大于 1.8(DNA)或者 2.0(RNA)。如果比值低于 1.8 或者2.0,表示存在蛋白质或者酚类物质的影响。A 230 表示样品中存在一些污染物,如碳水化合物,多肽,苯酚等,较纯净的核酸 A 260 / A 230 的比值大于 2.0。A 320 检测溶液的混浊度和其他干扰因子。纯样品,A 320 一般是 0。(320差不多也就是那条曲线刚下降到0的时候)。
所以,当我们检测260/280后,如果比值在1.8-2.0之间时,我们可以说其纯度可以,那OD260的值就有效。否则,OD260的值判为无效。你说的嘌噙与嘧啶的吸光值,确实没错。但一般情况下,我们测的都是基因组、tRNA,mRNA、cDNA,所以其CG含量都比较均匀。都适用于这种方法。然而,在测某些CG含量明显不均匀的情况下,比如人工合成的寡核苷酸、引物,在CG含量过大或者过小的情况下,我们就不能用260/280的方法了。不过一般自已合成的引物,都能保证纯度的,买来的引物,或者托公司合成的寡核苷酸,也不需要我们用OD值方法重新测一下。因为产品包装上写着多少个OD,序列长度,都非常详细,纯度也是有保证的。
4楼2009-11-29 14:05:25
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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

这个问题我明白了,谢谢大家,但是为什么我的pcr就是扩不出条带呢?之前都能阔出来的
5楼2009-11-30 05:36:16
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seahow

木虫 (著名写手)


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同意 楼上的, 还有一些希望对你帮助
的确,1.8合适,超过则有RNA污染等
230是金属离子等污染,呵呵
你等DNA里不只是有RNA 金属离子等等污染,还有糖等可以随着DNA一同被沉淀。

还有,最直接等检测方法是 胶,肉眼可见,呵呵
6楼2009-11-30 08:07:30
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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

谢谢大家了,可是我每次都是一做完pcr 就跑电泳检测的。条带都是弥散的。关键问题是以前能跑出来的,现在都跑不出来了,所以我在怀疑是不是模板降解了? 还有什么原始能导致条带弥散啊?
7楼2009-12-01 11:09:16
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