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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何限制蛋白质中的部分残基
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z6242948

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何限制蛋白质中的部分残基

最近看了篇文献  想用amber照着跑个动力学  但文献中给位于配体分子15埃之外的蛋白质残基加了约束2kcal/mo.k  现在不知道使用什么具体的命令来加这个约束，restraint应该不行  不知道15埃是用什么命令规定的？希望各位大虾帮帮忙  谢谢

[ Last edited by z6242948 on 2009-11-27 at 15:12 ]
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1楼 2009-11-27 10:53:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-27 12:02
用的是球形边界么
这个边界自带有约束
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2楼2009-11-27 11:02:53
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z6242948

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-27 11:02:
用的是球形边界么
这个边界自带有约束

用的是amber跑动力学  不是球形边界
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3楼2009-11-27 15:11:52
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