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zwdbordeaux木虫 (正式写手)
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DNA Microarray基因芯片试验设计:single lable or dual lable?（求助）
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本人打算做基因芯片，通过初步阅读发现存在几种不同的测定设计： 1）one-chanel array：单色标记，一个杂交点加载一个样品； 2）two-chanel array：双色标记（cy3,cy5） 双色标记情况下又有几种设计： 2.1 reference design，用cy3标记参比样品（reference），用cy5标记样品（sample），之后在一个杂交点上加载参比样品和测定样品； 2.2 balanced block design， 用cy3标记一个样品（sample1），用cy5标记另外一个样品，之后再每一个杂交点加载两个样品（sample1+sample2） 2.3 loop design，.... 我不知道在是否存在选择one-chanel还是two-chanel的标准，两个方法的区别和各自的优缺点？ 在运用one-chanel array的时候，如何对数据进行标准化，也就说怎么选择一个参照点。 比如说我需要检测6个处理（Tre1, Tre2,Tre3,Tre4,Tre5,Tre6）在12个连续时间点下的基因表达。最后想看不同处理之间以及同一处理不同时间之间基因表达的差别。 在这种情况下该选择哪种试验设计？ 多谢指点！！ |
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junjiew7781
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2楼2010-02-09 10:40:54
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| 不论是单通道one-chanel array还是双通道two-chanel array，对芯片数据处理都是要一个参照，即一个比另外一个高或低多少（一组比另外一组）。就上面您提到的问题最好选择单通道芯片，总共要做72张芯片（6treX12个点）。您可以比较任意两个样品或两个组，分别提取他们的数据，得到有表达基因的中位值，比较同样一个基因在两个样或两个组表达的强度。采用 Lowess (Locally-weighted Regression) *方法对芯片数据进行归一化（Normalization），一般认为差异倍数大于2倍为有意义数据，实验设计有生物学重复（Biological repeats），我们认为p<0.01 的分析数据为真实的生物学差异（Biological variation）。 |
3楼2010-02-21 23:17:34
zhangwei_18
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5楼2010-02-22 15:00:47
10